一天，偵探團四名成員在小河邊釣魚，水面上開來一艘遙控船，船上綁著一隻紅色氣球，大約一點鐘的時候，一聲槍響，紅色氣球被遠處飛來的子彈擊中。
柯南拿起望遠鏡檢視，遠處建築物上，一名男子舉著來福槍在練習狙擊，在他周圍，有幾名男子持槍對著他，他似乎是被脅迫在做這件事。
那些人走了之後，偵探團趕到了對面那幢建築樓頂檢視，柯南確定當時他用望遠鏡檢視這邊的時候，陽光下鏡片會反光，有被那名狙擊男子注意到，他們及時報警，目暮警官趕到。
現場找到了一隻計算器，螢幕上有一長串數字，意義不明，柯南認為，那就是被脅迫的男子故意留下的線索，他想要透過這一串數字給出訊息。
回到毛利偵探事務所以後，柯南一直在紙上分析這串數字，小蘭在一旁幫忙推測可能的情況，毛利小五郎則悠閒地一邊喝飲料一邊看一本旅行雜誌，剛好翻到“平成快車”那一頁。
目暮警官召集毛利小五郎和偵探團，說明事情嚴重性，一名警員在度假期間失蹤，他是一名來福槍狙擊手，其女友被犯罪組織挾持，要求他狙擊一名男子，目暮警官拿出這名警員的照片給大家看。
柯南認出了這名警員，他就是當時望遠鏡裡看到的那名被挾持男子，也就是舉槍練習射擊的人，當時他發現了柯南的望遠鏡，在鏡頭裡朝他示意。
多次推斷嘗試無果，一次偶然，意外發現如果把計算器倒過來看，這行數字也能讀得通順，不過是以英文字母的讀取方式，也許當時狙擊手正是想以這種方式留下訊息。
毛利小五郎摸摸腦袋，說似乎在哪裡見過這些英文字母，他想起那天翻看的旅行雜誌，正是“平成快車”那一頁，狙擊手的意思正是在說“平成快車”列車，他要狙擊乘坐這輛列車的人。
符合狙擊時間的“平成快車”即將發車，被狙擊的目標人物一家已經上車，目標是一家之主的中年男子，警方在其四周部署警力，並出動直升機，目暮警官親自帶隊，試圖阻止這一場狙擊事件。
另一邊，犯罪組織也在積極準備行動，狙擊手的女友被綁得死死的，狙擊手迫於無奈，只好在犯罪組織的嚴密監視下為狙擊做準備，他不知道自己透露的訊息是否被解讀。
犯罪組織來到了鐵路附近的建築物頂上，狙擊手拿槍對準軌道上火車開來的方向，設定的狙擊位置是在橋上，槍支子彈已經上膛，只等列車開過來，難道這一切已經無法阻止？
列車準時往大橋開來，狙擊手將靶心瞄準了目標人物，那是一個微胖和善的中年男子，身邊是他的妻子和兩名可愛的孩子，只要他動動手指，眼前的溫馨幸福就瞬間灰飛煙滅。
就在狙擊手準備扣動扳機的時候，一輛直升機從空中飛來，驅散了狙擊手身旁的挾持者，狙擊手趕忙放下槍，直升機上正是趕來的目暮警官和柯南。
犯罪組織和警方在樓頂經歷了一場肉搏廝殺，關鍵時候，柯南以飛行頭盔代替足球，一腳飛踢，正中犯罪分子頭部，眼鏡片被踢碎，警方乘機制服了對手。
一場驚心動魄的大救援宣告勝利結束，狙擊手扔掉槍支，奔向被捆綁的女友，兩人相擁而泣，目暮警官不明所以，把飛行頭盔戴回到柯南頭上，告訴他小心不要再掉了。
