一枚納米蟲導彈擊中坦克，在納米蟲的啃食下坦克以肉眼可見的速度被迅速腐蝕，僅僅幾秒就成了一灘鐵皮灰，如果這種導彈攻擊城市呢？鋼筋水泥做的大樓頃刻坍塌，緊接著綠色的納米蟲群會像一場綠色瘟疫自我繁殖蔓延至整座城市，只需要16分鐘 一座城市就會變成空地。
這款次時代武器是軍火製造商麥卡倫的最新作品，他將原本用以吞噬癌細胞的納米蟲進行改造，使之變成可以吞噬一切的機械瘟疫，除非用控制器停止 否則永不停歇。
在北約的資助下，他研製出了4枚未啟用的納米蟲導彈，這4枚導彈將在特種兵的保護下送往軍營，既然是美國電影，那麼這種時候必然會出現意外。夜裡 一架高科技飛行器對他們發起偷襲，彷彿幽靈一般的脈衝炮輕而易舉便摧毀了武裝直升機。
發現異常情況特種部隊連忙開槍反擊，然而子彈根本不能對飛行器造成傷害。飛行器瞄準裝甲車 一發脈衝炮將其炸飛，緊接著飛行器落地。一個領頭女人帶著幾名小弟從裡面走了出來。
特種部隊見狀對其發動了猛烈火力輸出，然而卻連對方的護甲的漆都沒刮掉，反而全被對方的脈衝步槍打得人仰馬翻。解決特種部隊後，女人從裝甲車廢墟里拿到了裝載導彈的箱子，就在女人大搖大擺準備離開時，杜克衝了上來 打算阻止他們，卻發現女人竟是自己失蹤多年的未婚妻安娜，而安娜也不客氣 一腳踢翻了杜克。
就在安娜準備撤離時，一名拿著武士刀計程車兵從天而降，三兩下便幫助杜克幹掉了敵人跟他一起的還有幾個隊員，他們也裝備了高科技裝備，對抗那群高科技士兵猶如砍瓜切菜。在他們的幫助下 杜克奪回了箱子，眼看大勢已去，安娜乘坐飛行器逃之夭夭。
危機雖然暫時解除，但杜克卻對幫助自己的眾人非常警惕，為了讓杜克放下戒心，其中一人打開了AI影像。影像裡 是赫赫有名的霍克將軍，將軍告訴杜克，他們是北約聯盟秘密派來保護彈頭的特種部隊，只有萬不得已的時候才會出手。
如今 杜克小隊只剩他和裡德，因此他們必須強制接管箱子，隨後二人便跟著小隊返回位於沙漠的秘密基地。基地內 霍克向二人介紹稱，這裡是一處北約國際秘密訓練場，北約23個國家的精銳聚集此處，他們擁有世界上最尖端的裝備，處理的 也是世界上最危險的任務。
很快麥卡倫發來了全息影像通話，要求親自檢查導彈彈頭的情況，儘管眾人再三擔保沒有問題，但他仍執意要親自檢查，這個舉動讓眾人起了疑心。果然 結束通話電話後的麥卡倫轉身便開始斥責安娜辦事不利，沒錯 他就是安排安娜去搶導彈的幕後真兇。
他從北約身上榨取130億歐元，又花了10年時間造出4枚導彈並非單純是為了服務北約，而是有著他自己的政治野心。他想把4枚導彈 用來分別攻擊中俄美法四國的首都，以此來控制這4個國家 進而統一世界。
只不過 這個完美的計劃因為霍克將軍的介入而失敗，為此他決定讓安娜帶人再去搶劫一次。剛才他檢查導彈就是為了開啟定位系統，為了保證安娜完成任務，他還讓特工白幽靈協助他。安排好任務以後，他便起身前往位於北極的研究基地，麥卡倫所有的尖端武器都是出自這裡。
他剛回到研究實驗室，毒蛇博士便給了他一份大禮。毒蛇兵 一群被植入了納米蟲溶液計程車兵，他們是一群沒有痛苦和恐懼並且體內擁有奈米機器人輔助計程車兵。麥卡倫對於這些殺戮機器非常滿意，立即派遣他們前去支援安娜。
當天夜裡 安娜便帶人開著鑽地機直搗黃龍殺進了特種兵基地，還沒反應過來的眾人遭到襲擊。工作人員被屠殺，霍克將軍也被砍傷，安娜利用他的視網膜打開了保險箱 拿走了導彈，將軍在最後時刻按下了警報，基地中人緊急響應與安娜等人爆發激烈戰鬥。可面對持有高科技武器並且進行了特殊改造的毒蛇兵，緊急應戰的部隊作用甚微，最終白幽靈帶著安娜拿著導彈瀟灑離去。
導彈是拿到手了但必須啟用之後才能使用，為此麥卡倫讓安娜帶著導彈去巴黎啟用，啟用之後 順便發射一枚導彈看看效果。
與此同時，麥卡倫開始進行下一步的任務。他讓一名手下在臉上，注入超大量的納米蟲溶液，這使得他能隨意改變自己的面部，讓他成為一名易容大師。另一邊 在遇襲之後特種部隊對安娜以及麥卡倫進行調查，並很快發現 這一切都是麥卡倫的陰謀。
同時 他們發現安娜的丈夫正在參與一項粒子加速器專案，而這個專案或許正是用來啟用彈頭的，如果不阻止這個專案 後患無窮。制定好方案之後 小隊立即出發，然而就在特種部隊行動的時候安娜這邊已經完成了導彈的啟用，順帶捅死了工具人丈夫。
當安娜一行人準備前往巴黎鐵塔使用導彈的時候正好與杜克等人打了個照面，為了完成任務 安娜一行人立即駕車逃離，而杜克和裡德也立即追趕。儘管出師不利 但適應外骨骼裝甲後，二人立即追趕上了安娜的悍馬，安娜發射導彈阻攔，卻被二人輕鬆躲開，就是希望路人和車沒事兒。
雖然二人拼盡全力追趕，可終究還是慢了一步，白幽靈搶先一步對埃菲爾鐵塔射出導彈。奈米機器人猶如綠色瘟疫，迅速吞噬埃菲爾鐵塔與其附近的一切，周圍的人群陷入極度恐慌。如果放任不管 16分鐘以後，整座城市甚至整個法國都將淪為奈米機器人腹中餐。
此刻 只有安娜腰間的控制器能挽救這一切，杜克奮力朝著安娜追趕，而安娜卻一槍打碎了大樓的玻璃。眼看著安娜即將離開，杜克拼盡全力翻上大樓，並奮力一躍跳進了安娜的飛機並摁下了她腰間的控制器按鈕，納米蟲瞬間停止行動 巴黎保住了。
之後 特種部隊想提取安娜手下屍體的記憶，卻觸發了納米蟲的自毀系統，整具屍體化作濃漿。見到這一幕，巴黎特警將特種部隊作為恐怖分子收押，同時杜克也被安娜一行人俘虜，見到杜克被俘 麥卡倫一場興奮，不僅當著杜克的面和安娜親熱，還對著杜克大放厥詞。
享受了一輪夫目前犯的杜克對著麥卡倫就是一記頭槌，隨後被其手下毆打。看到這一幕 安娜腦海深處的記憶被逐漸喚醒，她逐漸想起了和杜克在一起的日子，但很快 她穩定了下來，現在還不能聲張，為了懲罰杜克野蠻的行為麥卡倫打算把他變成沒有思想的毒蛇兵。
同時 他讓人用運載火箭，啟動剩下的三枚納米蟲彈頭，只要以此摧毀中美俄三國的首都他就是這個世界的新主人。關鍵時刻 特種部隊透過，屍體腦海中的碎片記憶感到這裡蛇眼利用雪地摩托上裝載的導彈，射毀了飛往北京的彈頭。裡德則駕駛飛機追趕另外兩枚其餘人負責前往基地抓捕麥卡倫。
而杜克這邊就在他即將被注入納米蟲溶液的前一秒，安娜打暈了博士救下了杜克。時間緊迫 情況緊急，二人立即用嘴唇緊貼的方式傳遞情報，但還沒完成資訊傳遞 安娜就抽搐倒地。博士在安娜身上安裝了特殊儀器，只要他按下按鈕 安娜就必死無疑。
很快麥卡倫也趕到這裡，就在雙方僵持不下的時候，特種小隊傳送了座標。霍克將軍的特種部隊軍團殺到了這裡，他們對著麥卡倫的基地發起進攻，為了攔截他們 麥卡倫也派遣部隊予以還擊，這一幕彷彿是穿越到了 隔壁星球大戰片場。
外面的戰鬥殃及到了基地，趁著眾人分神的時候，杜克撿起脈衝槍殺死了衛兵。麥卡倫拿起噴火器想把二人燒死，卻被杜克擊毀了噴火器，引發的爆炸讓麥卡倫渾身燃燒。博士也被戰鬥波及，丟掉了手裡的控制器。杜克趁機解除了對安娜的控制。
眼見大勢已去，博士只能帶著麥卡倫趕緊撤退，卻被特種部隊包圍，雙雙落網。另一邊小黑開著戰機輕而易舉擊碎了飛往莫斯科的彈頭並在導彈即將爆炸的最後一刻成功摧毀了導彈。並將被納米蟲腐蝕的飛機丟到了太空，納米蟲導彈危機徹底解除，特種部隊獲得了最後的勝利。
但就在白宮方面宣佈危機解除的前一刻，一名特工突然出手殺死了總統附近的保鏢，並讓一個神秘人接近總統看來故事仍在繼續.......
影片《特種部隊：眼鏡蛇的崛起》由同名漫畫進行改編，並於2009年上映。影片對於漫畫的情節進行大量刪改，但影片的刪改非常不錯。近2個小時的影片裡讓每個角色都塑造豐滿，並且劇情流暢不拖沓 有不少幽默情節把控借走，還擁有大量經費爆炸的打戲。這一點 放12年後的今天都毫不過時。這裡 也非常推薦大家在節假日休息的時候觀看，絕對會是一個非常暢快的體驗。
