所謂妖書，指的是一篇名為《續憂危竑議》的文章，文章很短，僅僅幾百字而已，充其量只能算得上是反動傳單，但是，讓人難以想象的是，就是這樣簡簡單單的一篇文章，被一群別有用心的大臣利用為荼毒朝臣的工具，奇案就此發生。透過案件的真相，我們似乎還能聽到大明王朝的衰落之聲。
大明萬曆十六年（1588年），山西按察御史呂坤把歷史上賢德女人的故事以圖解的方式編成了一本書，命名為《閨範》。此書一出，隨即傳遍大江南北，“成閨門至寶矣”。
書傳到了萬曆皇帝之手，萬曆皇帝看後大為讚賞，當即命人拿給後宮嬪妃們看。妃嬪看後個個感觸頗多，然而感覺深受教育的，當屬鄭貴妃。萬曆最寵愛的妃子鄭貴妃，是一個心計多端的女人，她恃寵而驕，尤其是在生下皇三子朱常洵後，更是不可一世。
早年，萬曆皇帝曾經偶然臨幸過一位姓王的宮女，意外地生下太子朱常洛。鄭貴妃既然得寵，於是就在暗中覬覦太子之位。
萬曆二十三年（1595年），鄭貴妃讀了《閨範》後，自作主張地在書裡面增補了十二人，公然把宮人出身的明德皇后作為開篇，把自己作為末篇，還作了序，書名為《閨範圖說》。
萬曆二十六年（1598年），事情發生變化，市面上流傳這一篇文章——《憂危竑議》。這篇作者署名為“燕山朱東吉”的《憂危竑議》，是專門為鄭貴妃的《閨範圖說》作的跋。主要內容是說，《閨範圖說》之所以把明德皇后作為開篇，是為了幫鄭貴妃榮登皇后寶座造勢。
一時，風聲四起。鄭貴妃見事情牽連到自己，第一反應是跑到萬曆那裡去哭。對鄭貴妃寵愛至深的萬曆連忙把所有事情攬在自己身上，此事到此為止。
然而一波未平，一波又起。萬曆三十一年（1603年）十一月十一日的早晨，京城某些人家門口放著一封信，封面上寫著“國本攸關”的字樣。裡面的文章是署名為“鄭福成”的《續憂危竑議》。“反書”的力量是驚人的，這本書很快就在京師流傳開來，一夜之間就傳遍了宮門街巷。此書以問答體寫成，說皇上冊立朱常洛為太子是出於不得已，還說鄭貴妃與一些大臣勾結，欲廢朱常洛另立自己的兒子為太子。整篇文章用詞閃爍詭妄，“鄭福成”的託名，也蘊含了“鄭氏”的兒子“福王”朱常洵“當成”的意思，人稱“妖書”。被鄭福成點名批評的還有內閣輔臣沈一貫，其餘被點名的官員也有十多個。
萬曆一見此書，當即怒斥“胡鬧”，命錦衣衛速速查辦，一下子掀起了一股濫捕之風。許多人藉此發洩黨爭仇隙、個人恩怨。這個與同僚不和，便說妖書是同僚搞的；那個人看別人不順眼，就報告說他是“妖人”；連和尚、醫生都被抓了起來，一時廷獄人滿為患，京城人人自危。
當時內閣只有三位輔臣，首輔沈一貫，另外兩個是朱庚和沈鯉。沈一貫是鄭貴妃的人，他一向善於排斥異己。他與次輔沈鯉一向不和，沈鯉以前曾經做過萬曆皇帝的侍講官，入閣以後也很受器重。他的門人弟子郭正城這時正在做東宮侍講，也很受太子朱常洛的信任和尊敬。於是，“妖書案”一出，沈一貫以首輔的身份親自辦理此案，首先將矛頭指向威脅到自己地位的沈鯉，上奏說沈鯉勾結黨人，反對朝廷，希望皇帝嚴懲沈鯉等人。萬曆皇帝這時已經被鬧得暈了頭，一見到奏疏，就馬上下令逮捕沈鯉進行審問。接下來沈一貫便找郭正城清算。郭正城曾是太子的老師，所以正當沈一貫要整郭正城之時，太子出面了，幾經努力，才使得郭正城免遭毒手。沈一貫又派人去沈鯉家中搜查，也沒查出什麼東西。
十一月二十一日，錦衣衛捕獲了一名可疑的男子，據他供認，其兄皦生光有重大嫌疑。皦生光，應天府秀才，他與鄭貴妃的伯父有某種關聯，於是沈一貫找來親信刑部尚書蕭大亨，意思是讓其在審案的時候，引導皦生光把事情往郭正城身上引，但還是沒有得逞。沈一貫又命令人對皦生光嚴刑逼供，要他指證郭正城，皦生光倒還大義凜然地說道“死則死耳！奈何教我迎相公指，妄引郭侍郎乎！”但是，一連多日酷刑，使得皦生光終於受不了了，無奈之下，他屈打成招，求得一死，算是解脫了。萬曆三十二年（1604年）四月，皦生光被凌遲處死。可憐皦生光，一個柔弱秀才，莫名地被人拉來做了個替死鬼。
這次案件的牽涉範圍之廣，使一開始持明確態度要求嚴查的萬曆皇帝也感到驚心不已。他到這時才發現，由於國本之爭，由於他多年的拒不理政，朝廷上的黨派之爭已經達到了令人吃驚的程度。這時他已經無力改變這種狀況，而且萬曆皇帝還夢想著讓各黨互相牽制，以利於穩固自己的統治。他這種姑息放任的態度更加促進了黨爭的發展，最終明王朝就在黨派之間的吵吵鬧鬧之中滅亡了。
那麼妖書令朝野震動，攪翻了後宮，究竟是何人所為呢？有的說此書出自清流之手，想傾覆沈一貫；有的說此書是想誣陷清流領袖郭正城，因為郭正城見忌於沈一貫，這是一個陰謀；還有說沈一貫聽命於鄭貴妃，這妖書是鄭貴妃指人所為。各種說法不一而同，到底是出自哪裡，有何目的，或許真的只能是一個謎了。不過，因為這場“妖書案”而拷掠牽連，眾多朝官遭受荼毒、慘不忍睹倒是事實。
