牡蠣首載於《本經》，其曰：“主傷寒寒熱，溫瘧灑灑，驚恚怒氣，除拘緩，鼠瘻，女子帶下赤白。久服強骨節，殺邪鬼，延年。”其為牡蠣科動物長牡蠣、大連灣牡蠣或近江牡蠣的貝殼，其質重沉降。平肝潛陽、重鎮安神、軟堅散結均宜生用，收斂固澀宜煅用。
牡蠣鹹而微寒，具有重鎮安神、平肝潛陽、軟堅散結等功效，煅用能夠收斂固澀。主要用於：①心神不安、驚悸失眠等，最常與龍骨同用，伴口苦、咽乾者，宜配伍柴胡、黃芩、半夏等，如柴胡加龍骨牡蠣湯；伴汗出、惡風者，可配伍桂枝、芍藥等，如桂枝加龍骨牡蠣湯。②肝陽上亢之頭暈目眩，配伍龍骨、白芍等，如鎮肝熄風湯。③痰火鬱結之痰核、瘰癧、癭瘤等，配伍浙貝母、玄參，即消瘰丸。④煅用時可用於自汗、盜汗、滑精、尿頻、崩漏等病證，可根據不同病證而辨證加減。
《本經》載牡蠣主治“驚恚怒氣”，《名醫別錄》主“煩滿”，《海藥本草》“去煩熱”，《傷寒論》之柴胡加龍骨牡蠣湯主治“胸滿煩驚”，桂枝甘草龍骨牡蠣湯主治“煩躁”，桂枝去芍藥加蜀漆牡蠣龍骨救逆湯主治“驚狂，臥起不安”，都說明牡蠣具有鎮驚安神作用。再從古籍描述來分析，似乎牡蠣主治“煩”的機率較大，而煩躁一症屬熱者比較多，似在提示牡蠣具有清熱除煩作用。
因為牡蠣一般入煎劑，所含的碳酸鈣難溶於水，所以，研究單純的牡蠣煎劑，毫無價值。
牡蠣常在複方中配伍應用，如桂枝甘草龍骨牡蠣湯、桂枝去芍藥加蜀漆牡蠣龍骨救逆湯、桂枝加龍骨牡蠣湯、柴胡桂枝幹薑湯等。
因為熱的作用，使血管擴張，腦動脈充血，患者表現為頭脹痛、頭暈而煩躁不安，這些均屬於肝陽上亢的表現，也在內熱所致煩躁的範圍之內。所以，牡蠣同時具有平肝潛陽與清熱鎮驚安神的功效，實際上兩個功效是一回事。
此外，牡蠣具有軟堅散結作用，大部分中醫治療瘰癧、甲狀腺結節等方面，都在使用牡蠣。還有一點，煅牡蠣研末沖服可治療胃酸過多。因為煅牡蠣含有大量的碳酸鈣，能夠直接中和胃中過多的胃酸，從而具有制酸作用。不過，這種作用是針對胃酸過多這一疾病之標而言的，對疾病之本並無多大幫助。
