GC-MS聯用技術只適用於分析可以汽化的樣品，難用於極性、熱不穩定、難揮發的生物大分子（如蛋白質、核酸、聚糖等）及極性小分子。液相色譜的應用不受沸點的限制，並能對熱穩定性差的試樣進行分離分析，然而其定效能力弱，與靈敏度高、定效能力強的有機質譜聯用，其意義是顯而易見的。LC-MS聯用需要解決問題主要有兩個方面：一是液相色譜流動相對質譜工作條件的影響以及質譜離子源的溫度對液相色譜分析試樣的影響。二是液相色譜的分析物件主要是難揮發和熱不穩定物質，這與質譜儀常用的離子源要求試樣汽化是不相適應的。為了適應這些成分的分析及生命科學基礎研究的需要，質譜技術研究的熱點集中於兩個方面：一是發展新的軟電離技術，以分析高極性、熱不穩定小分子或難揮發的生物大分子；二是發展液相色譜與質譜聯用的介面，以分析生物複雜體系中的痕量組分。
LC-MS介面裝置
大氣壓電離質譜（API-MS） 樣品在大氣壓條件下電離，然後將離子引入質量分析器進行質譜分析。由於離子化是在室溫下進行，因此不存在試樣的熱解現象。
LC-MS中的串聯質譜法
串聯質譜含有兩個質量分析器。前級質量分析器主要用於分離，在樣品電離後，它只允許被分析的目標化合物的母離子或特徵離子碎片透過。經過碰撞後，由二級質量分析器分析裂解後產生的子離子碎片，從而獲得透過前級質量分析器的組分的質譜圖。串聯質譜法可以分為兩類：空間串聯和時間串聯。空間串聯是兩個以上的質量分析器聯合使用，兩個分析器間有一個碰撞活化室，目的是將前級質譜儀選定的離子打碎，由後一級質譜儀分析。
