萬曆十三年（一五八五年），皇城北京發生極為嚴重的旱情，自去年八月以來，北京城就一直沒有降雨，河流早就乾涸開裂，深井也見底無水。曠日持久的乾旱至使北京老百姓的日常生活極其困難。
當時北京城的人口將近一百萬，這麼多人口長期生活在缺水的狀態下，無疑是嚴重的問題，是急需解決的問題。幹得發裂的京城急需一場甘霖。為緩解天怨，初七，萬曆帝詔令各地審理、平反冤案，釋放龍興之地鳳陽輕犯以及監禁長時間的罪犯。
二月三十日、三月十三日、夏四月初五，地方和朝廷官員接連舉行了三次盛大隆重的祈雨祭祀，但都沒有一絲效果，驕陽高照的天空毫無下雨的徵兆。在連續多次祈雨無果的情況下，萬曆帝決定親往南效的天壇圜丘求雨。
明朝初期，凡是遇水旱災傷等異常之年，皇帝往往會親自向上天躬祈禱，或露天禱告於宮中，或於奉天殿臺階；或者皇帝派遣有關官員祭告於郊廟、陵寢及社稷壇等，沒有一定的儀式。明朝後期，萬曆的祖父嘉靖於嘉靖八年在京城南郊興建天壇圜丘，並制定了祭祀的儀式。
按中國年齡的演算法，這一年皇帝朱翊鈞二十三歲，皇長子朱常洛剛出生不久，因立儲問題引發的，困擾君臣關係長達幾十年的“國本之爭”尚未發生，君臣關係較為和睦。年輕的皇帝勵精圖治，發奮有為，一心渴望做一個像堯舜那樣的明君，留下後世美名，這也是群臣對他的期待。
萬曆帝祈雨的儀式定在夏四月十七。儀式舉行的前三天，萬曆皇帝便從內廷乾清宮移居到武英殿齋戒三日。儀式舉行的前一天，萬曆帝先在皇宮的奉先殿默告祖宗，之後又面稟生母慈聖太后。在致上天的表文中，萬曆親筆稱臣，簽上自己朱翊鈞的名字。表文在舉行儀式的頭一天送至南郊神庫。
祈雨儀式這一天，是萬曆十三年夏四月初七。天剛黎明，萬曆駕到皇極門，皇上的衛士和隨從排開成為一個長方形的隊伍。早已等候在這裡，負責這次禮儀的太常寺的官員向皇帝報告，所有參加祭祀的官員已在大明門整隊完畢，於是皇帝命令隊伍開始步行出發，前往有十里之地的南郊天壇。
祭祀的隊伍有四千多人。與以往有所不同的是，萬曆帝要求所有人員不得使用轎馬，一律步行。萬曆皇帝及他的衛隊和隨從走在隊伍的中間，左邊是兩千名文官，右邊是兩千名武官，都列成單行兩相對稱，浩浩蕩蕩。所有的人員，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿黑色衣袍，平日的金銀玉帶此時全部不用而代之用牛角帶。
四千多人的隊伍綿延數里，在皇帝的率領下，沿著北京的街道蜿蜒而行，宛如一條黑色的巨龍。他們一律黑色衣帽，默然前行；場面盛大，氣氛莊嚴，情景樸素。平時皇帝駕出，會有儀仗隊，舉旗幟，奏音樂，採取除道措施，要求全部店鋪關門、行人斂跡。這一次卻完全不同，沒有儀仗隊，不舉旗，不奏樂，並且也不除道，允許沿途萬民百姓觀看。這些萬民百姓有幸親眼目睹當今天子的龍顏，他們看到的萬曆皇帝是一個相貌端正的年輕人，圓臉短鬚，身材微胖，姿態虔誠，步履穩重，讓看到的人無不為之感動。
對萬曆皇帝來說，這十里長途跋涉當然不是一件輕鬆的事情，因為這是他有生以來第一次長途步行，而且當時的久旱的天氣已讓人感覺十分炎熱。但為了萬民百姓，身為帝王的他願意不辭辛苦。
大約半個時辰後到達南郊的祭祀場地天壇圜丘。萬曆皇帝在這同心圓的建築最下一層臺階上，神情肅穆跪下，然後默然祈禱。四千名文武官員列隊站立在南牆之外，當皇帝跪拜祈禱時，隨著贊禮官在昭亨門傳贊，四千人也一起跟著跪拜祈禱。
皇帝上香之後，又向上天叩頭四次。這時獻上祭祀用的薦品，一頭熟牛。三獻禮，九奏樂，同時有一百名黑衣黑帽的童子，手執白色羽毛繞壇而舞。所奏之樂《雲門之舞》，為帝堯時期傳下的樂曲，周朝的禮官選定其為祈雨祭祀儀式的所奏之樂，取“雲出於天氣，雨出於地氣”之意。
儀式至此告一段落。隨後，皇帝召集大學士、六部尚書和其他高階官員在左欞星門外所設的帳篷內發表最高指示。萬曆高聲說道：“今天我們在這裡舉行了隆重的祭祀活動，是為了解決眼前這場百年未遇之大旱。千萬百姓在焦渴乾裂的土地上艱難地生活著；朕心懷萬民，日夜焦慮，深感天命在身，責任重大。”年輕的皇帝語氣一變，厲聲道：“天之所以大旱無雨，固然是因為朕缺乏德行，也是因為各地有官員貪婪妄為，盤剝百姓，因而引發天怒，至使上天久旱不雨。今後在選官用官上，一定要謹慎再謹慎。”
皇帝講話後，首輔申時行代表全體官員做了即席發言。申時行說：“臣等工作不力無序，以致天降大旱。皇上代表全體臣民祈禱，一定會上格天心。皇上訓示，臣下等一定會牢記在心，今後如果還有官吏不能仰體皇上的誠意，仍然不縮手不自糾，膽敢貪婪妄為者，臣等一定會嚴加重辦，發現一起，堅決查辦一起，絕不姑息，絕不容忍。臣等一定竭盡所能，堅決做到讓皇上放心。”萬曆當即指示把這次簡短的御前會議內容公之於天下，以此震懾示誡貪婪的官吏。又下詔令免除天下受災地區一年田租。
祈雨的儀式全部結束，準備起駕回宮，這時宦官們安排了御轎抬到萬曆跟前，皇帝拒絕乘轎堅決不坐，仍和百官們步行回宮。
等回到早上出發的大明門時，正式是下午最炎熱的時候。隊形剛剛解散，兵部的一個主事官員滿臉汗水，因為熱不可耐，急不可待地從寬大的衣袖裡抽出一把摺扇，使勁地揮動。這個舉動當即被負責糾察的御史發現，認定其時隊伍才剛剛解散，如此不能忍耐，應該屬於失儀，必須予以處罰。這位兵部主事被當場問責，罰薪俸半年。
皇上來回步行二十里，他的這次祈雨到底有沒有效果？明史有確切的記載，將近一個月的五月初六，北京終於降下了一場久違的甘霖。
萬曆皇帝在生前就有許多關於他的謠言，有的還記錄於史書。這些繪聲繪色捕風捉影的故事在當日不僅口耳相傳，而且印成書籍，傳播廣遠。
其中之一說，皇長子朱常洛的生母恭妃王氏，是一個年長的女人，在和萬曆邂逅相遇的時候就已經消失了青春。此後她又一目失明，所以不能繼續得到皇帝的寵愛。萬曆病重，自覺即將一病不起，有一天一覺醒來，皇帝發現自己的腦袋正枕在他素來嫌棄的恭妃王氏的胳膊下，恭妃王氏的臉上的淚痕未乾，而他平日寵愛的貴妃鄭氏則無影無蹤。
這一極度煽情的情景劇意味無窮，令人感慨，切合大眾口味，聽之者深信不疑。恭妃王氏和萬曆相遇時是否已青春不在，在四百多年以後定陵的發掘中才得到澄清，她的墓誌上清楚地記載著她的出生年月，據此推算，她和萬曆相遇的那一年剛剛十六歲，萬曆則是十八歲。
一個謠言得得以在四百多年後澄清，另一個謠言卻在四百多年後又起。傳說根據這次定陵的發掘，發現萬曆皇帝的腿骨一長一短，依據“現代科學”，判定萬曆有先天腿疾。當年那位年輕的皇帝，如果真有先天腿疾，行走不便，他會在炎熱的天氣裡，萬眾矚目下，長途步行二十里？這反過來又需要四百多年前那次有幸目睹了皇帝祈雨的民眾來澄清？
