明神宗朱翊鈞繼位後，張居正接任首輔一職，在公元1573年進行了大規模的政治、經濟改革，取得了很好的效果，國勢漸見中興，處於統治危機中的明王朝出現了短暫的復甦和繁榮。可惜好景不長，張居正死後，反對改革的官僚紛紛起來攻擊、誣陷張居正。神宗於是下詔追奪了張居正的封號和溢號，查抄了張家。改革由此被廢止，朝廷又一天天走向沒落。
隆慶初年徐階、高拱、張居正三駕馬車的內閣。徐階和高拱之間發生了尖銳的對立。在這次政治鬥爭中，徐階失敗，高拱大權在握，開始大肆排斥異己，張居正因為與徐階的關係密切，他知道下一個高拱對付的就是他，張居正如坐針氈，但是單傾自己的力量是無法同高拱集團抗衡的，張居正把目光看向了宦官。
明代宦官機構龐大，號稱“內府”，共有二十四衙門，即十二監四司八局。其中尤以司禮監的權力最大，司禮監可以根據皇帝旨意批答官員們的奏章，傳詢聖旨。司禮監設掌印太監、秉筆太監和隨堂太監。掌印太監的地位最高，人稱“內相”。
馮保在嘉靖朝時已經是司禮監的秉筆太監了，穆宗繼位後，屢次想升其為掌印太監，但因高拱從中作梗，一直未能如願。張居正透過賄賂馮保，且政治目標一致所以他們迅速達成同盟。
穆宗死後，僅十歲的太子朱繃鈞即位，是為神宗，即萬曆皇帝。高拱、張居正、高儀三人以顧命大臣的身份輔政。
神宗登基後，馮保成為司禮監的掌印太監，集司禮監、東廠兼總內外大權於一身。
高拱無法容忍自己大權旁落，向小皇帝上疏，請求削減司禮監的權力，還之於內閣。高拱還命他的門生故吏等同黨一起上疏彈劾馮保。馮保見狀向張居正請教對策，張居正獻策扳倒高拱， 三位顧命內閣，高拱被逐，高儀病故只剩下張居正一人，理所當然地成了內閣首輔，再無人與之分庭抗禮。
而此時沿海的倭寇雖然已經解決，但北方的韃靼對明朝威脅很大。張居正派戚繼光鎮守薊州，戚繼光大力發展長城邊防要塞，多次擊敗韃靼的進攻。韃靼願意和好，要求通商。明朝封俺答為順義王，此後的二三十年間，明朝和韃靼之間沒有發生戰爭，北方的局面安定下來後中原地區黃河水常常氾濫，加之大地主兼併土地，逃避稅收，國庫日益空虛，張居正決意進行改革。
張居正於公元1578年下令清查全國土地，清查結果，全國的耕地此時已大大超出了明朝初年。張居正又下令，全國推廣一條鞭法，力求將賦稅完全徵收。
一條鞭法主要有以下幾點：
1.賦役合併。將田賦和各種明目的謠役合在一起徵收，並將部分丁役負擔攤入田畝。
2.農民可以出錢代役，力差由官府僱人承應。
3.田賦徵銀。田賦中除政府需要徵收的米麥以外，其餘所有實物都改為用銀折納。
4.賦役徵收由地方官吏直接辦理，廢除了原來透過糧長、里長辦理徵解賦役的辦法。
張居正花了十年的時間推行改革，國家的糧倉存糧充足，足夠支用十年。萬曆一朝成為明朝最為強盛的時期之一。這些改革措施從根本上觸動了大官僚、大地主的利益，引來舊黨的諸多怨恨，反對的聲浪日益激烈。張居正是一個很有遠見的政治家，他知道單靠個人的力量無法完成變革，必須聚攏一批能人賢才、志同道合之人才能完成這項壯舉。在改革初期，張居正稱得上是唯才是舉
張居正一直大權在握，漸漸長大的明神宗卻閒得沒事幹。有一次，神宗喝醉了酒，無緣無故把兩個小太監打得半死。皇太后知道後，馬上拿來《漢書·霍光傳》叫神宗讀。西漢霍光輔政的時候，曾廢掉過一個皇上。現在張居正的地位就像當年的霍光一樣，神宗想到這裡，嚇得渾身哆嗦。後來張居正做主，把一些引誘神宗胡鬧的太監全部趕走，太后還讓張居正代神宗起草了罪己詔（皇帝責備自己的詔書）。這件事雖然過去了，但是明神宗對於張居正，漸漸從懼怕發展到懷恨了。
公元1582年，58歲的張居正終於沒能抵得住死神的召喚，遺下他嘔心瀝血取得的改革成果和未竟的事業，溘然長逝。張居正一死，馮保也就失去了靠山，協助張居正改革的新黨官員，如吏部尚書梁夢龍、禮部尚書徐學漠、兵部尚書張學顏、刑部尚書潘季馴、工部尚書曾省吾、薊鎮總兵戚繼光、寧遠伯李成梁等人被認為與張居正結黨，全被罷官。而早先因反對張居正改革或得罪張居正而遭懲處的舊黨官員們，則被一一平反起復。
為了徹底消除張居正的影響，不讓改革繼續下去，舊黨開始為張居正羅織罪名，有一種說法竟是指責張居正生前有謀反篡位的野心，而總兵戚繼光的精銳部隊就是政變的後盾。歷來，皇帝最怕的就是謀反兩字，神宗隨即下令，把張居正的官爵全部撤掉，查抄家產。張居正的改革，當然也遭到了破壞。在北京派來的查抄大員還未到達江陵之時，早已聞訊的荊州府和江陵縣的官員就把張府的大門封了。等查抄大員到達，開啟門一看，發現張家已經有十餘口人被活活餓死。張宅被查抄一空，張居正的長子自殺，次子充軍。
圍繞著張居正改革而展開的這場驚心動魄的新舊黨爭終於煙消雲散了，明王朝在改革的基礎上的確有振興之勢，但新舊黨爭的愈演愈烈，神宗的中途轉變，改革終遭失敗。
