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單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

雖然單細胞測序到現在已經應用到各個研究領域,但是實際的實驗過程中依然會遇到很多問題,比如:

1

很多樣本根本沒有辦法制備單細胞懸液,比如已經在-80℃凍存的樣本;

2

有些樣本製備成單細胞懸液以後現有的單細胞測序平臺無法捕獲,比如心肌細胞、骨骼肌細胞、成熟的脂肪細胞等,由於直徑過大,超出了10x genomics和BD Rhapsody平臺最大能捕獲的細胞直徑;

3

再者有些細胞型別可能在單細胞懸液製備的過程中丟失,比如腦部的新生神經元、腎臟的腎小球足細胞和腎小球系膜細胞等都會在單細胞懸液製備的過程中丟失

……

問題太多,都愁得小夥伴們輾轉反側,別急別急,單細胞核測序來拯救你的樣本了,其實之前小編已經做過一期技術介紹,告訴小夥伴們單細胞測序和單細胞核測序該怎麼選擇,感興趣的小夥伴可以再看看:

選擇困難怎麼辦?一文教你如何快速鎖定單細胞核測序or單細胞測序!

肯定還是有很多小夥伴擔心,這個技術到底行不行啊,有沒有人用啊,我的樣本很珍貴的…..小編用snRNA-seq在pubmed上做了檢索,一共有62篇文獻,其中有51篇是2020年和2021年發表的,這說明單細胞核測序越來越多的被應用到各種研究中。

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

這篇文章對17名死於COVID-19的人進行臨床解剖時收集了11個器官的組織,形成了一個約有420個標本的組織庫。透過對肺、腎、肝和心臟等組織的單細胞測序(sc-RNA-seq)和單細胞核測序(snRNA-Seq),得到了SARS-CoV-2感染後不同組織全面的單細胞圖譜;可見單細胞核測序已經被運用於各種不同的組織型別。

目前吉凱已經積累了各種不同型別樣本的單細胞核測序(snRNA-seq)經驗,並且在單細胞核抽提方面也是一如既往的發揮了吉凱強大且專業的單細胞樣本製備能力,如下圖所示的一些凍存樣本的核懸液製備結果:

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了


PBMC

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了


凍存腎臟組織

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了


凍存肝臟組織

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了


凍存腦組織

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單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了


凍存腸道組織

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凍存肺臟組織

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凍存肌肉組織

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了


凍存心臟組織

單細胞核測序初步質控結果

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

單細胞核測序UAMP降維結果

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單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

單細胞測序懸液製備失敗?別擔心,單細胞核測序來拯救你的樣本了

吉凱基因憑藉多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累,建立的標準化 、工程化 、系統化的GRP平臺,為中國研究型醫生提供科研服務,加快科研成果轉化,其中,單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺,提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞ATAC-seq、單細胞(RNA+ATAC)、空間轉錄組測序等服務。

分類: 汽車
時間: 2022-01-10

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