在手持式X射線熒光光譜儀的發展史上，作業系統的選擇一直遠遠落後於手機、平板等產品。即使是對穩定性和安全性要求遠高於手持式光譜儀的汽車車載系統也已經完全投入了安卓系統的懷抱了，為什麼還有那麼多的手持式光譜儀繼續採用Win CE作業系統？為什麼不建議手持式光譜儀再執行在Win CE上了？
森沙儀器的HX-5，採用了Android作業系統+APP設計
Win CE作業系統是微軟推出的針對行動式裝置使用的作業系統。目前絕大多數手持式光譜儀使用的Windows CE都是Win CE 6.0，也有少數採用5.0版本的。
Windows CE相對安卓來說有幾個特點：
- Win CE主要支援Intel CPU。由於微軟和英特爾從上世紀開始的聯盟，Windows作業系統是一款主要面向Intel CPU開發的作業系統。我們日常使用的絕大多數電腦就是採用了英特爾的CPU和微軟的Windows作業系統。所以Win CE的開發初衷是一款非常採用Intel CPU的作業系統，但是不支援高通和華為的ARM CPU。
- Win CE所需要的硬體配置極低。目前最新一代的Win CE 6.0是15年前的2006年9月推出的。對於一年半效能翻一倍的半導體來說，現在半導體效能相當於15年前的2000倍。因此執行Win CE所需要的記憶體、硬碟、CPU主頻要求也非常非常低。對於現在一款記憶體為8G的安卓手機來說，執行Win CE只需要8M就足夠了。
- Win CE支援的螢幕與安卓系統不同。由於最新版是2006年推出，Win CE不支援大螢幕和可滑動的電容屏。因此絕大多數Win CE的手持式光譜儀會配一支觸屏筆，相對手指來說操作起來更方便。但是因為Windows在電腦作業系統上太成功了，所以Win CE保留了太多的電腦版Windows的內容，這就導致一種在小螢幕上操作檯式電腦的感覺，非常得不方便侷促，感覺手指頭太粗只想用觸屏筆。
手持式光譜儀是一種用於產品質量控制、判別產品分類的手持式精密儀器。對於以十萬為單位的一臺分析儀器來說，安全性及穩定性是最重要的。而儀器執行的軟體作業系統相當於一臺儀器的大腦，需要足夠的技術支撐來保證這個安全性和穩定性。但是很顯然，Win CE是達不到這個要求的。
首先，微軟已經停止對Win CE 進行支援。
WIN CE的核心是Windows 95, 這個版本釋出的時候有些讀者可能還沒出生。而一個古老而又失去廠商支援的作業系統是有很多漏洞的，對於以安全性和穩定性為主的手持式光譜儀來說是一個非常重要的問題。
其次，絕大多數手持式光譜儀使用的Win CE 6.0釋出於2006年，而第一代智慧手機iPhone釋出與2007年。也就是因智慧手機帶來的人類最新科技一個都沒法應用於Win CE上。這個誕生於iPhone之前的停產作業系統已經阻礙了手持式光譜儀的技術進步。
第三，產業鏈斷裂。我們如果觀察一下週圍會發現，幾乎沒有一臺移動式裝置是安裝Win CE的。而一套完整的作業系統是需要一套獨特的晶片系統來支援的。正是因為Win CE開發平臺Intel CPU供貨的停止才導致目前絕大多數Win CE只能執行在少數幾個晶片供應商推出的CPU上。而這些小眾CPU廠商能否長久得提供晶片是值得懷疑的。對於一個使用壽命長達十年的手持式光譜儀來說，保證作業系統執行CPU的穩定供貨是非常重要的。而採用Android系統+高通CPU的手機供應鏈，不僅可以分享到手機更新換代帶來的新技術，也能與手機共享一條穩定的產業鏈。從經濟學上說，這也是提高生產效率的一種通用的方法。
因此從分析來看，Win CE作業系統已經完成了它在手持式光譜儀上的時代使命，現在應該被新的作業系統所取代。而Android系統因為手機帶來的不斷革新，而中國又是世界上最大的手機研發、製造國家。也是世界上最先進的Android作業系統開發國，擁有了最龐大的Android開發工程師隊伍。現在正是手持式光譜儀市場拋棄Win CE進入Android的大好時機！
