1994年夏天，包括卞軍在內的一批十七歲即將從上海市少體校畢業的足球小將來到江灣，和申花青年隊一起訓練。1994年年底，卞軍有兩個去向，一是申花青年隊，一是浦東隊。考慮到申花青年隊剛剛有吳承瑛、謝暉等一批隊員升到申花隊，又考慮到浦東隊當時可以參加成年人比賽(乙級聯賽)，卞軍去了王后軍指導執教的浦東隊報到。
卞軍是浦東隊的主力前鋒，1996年打了一年甲B聯賽，卞軍頭頂腳踢有不少進球。能去申花也蠻巧的，卞軍那時候在八運隊參加集訓當時的教練沈自強指導讓他當隊長，但只當了一個星期。那時候申花隊訓練缺人，謝暉他們幾個都去國家隊了，所以申花就來八運隊借調了四位球員過去練練，也算培訓一段時間，所以卞軍就去申花隊了。
那時的甲A聯賽中，各俱樂部的首發前鋒大多都是外援把持著。雖然當時卞軍已被霍頓招進國奧隊，可當時國家隊的謝暉都是替補，剛進隊的年輕前鋒卞軍就更是替補了。卞軍在申花隊坐了三年冷板凳，也讓他學會了思考自己的足球路。
2000年，在賈秀全指導來到申花俱樂部擔任領隊兼助理教練之後，負責球隊防守訓練的賈秀全指導，將卞軍從前鋒線上解放出來成功轉型為一名中後衛，自此，卞軍在新位置上找到了全新的自我。在隨後的幾個賽季裡，卞軍一直是申花的主力中後衛，特別是在忻峰轉會深圳健力寶隊之後，卞軍便一直和杜威搭檔，是申花隊防線的中流砥柱。
身披申花七號戰袍的卞軍
球場上拼勁十足的卞軍
2005賽季結束後，為了培養年輕隊員和新老交替的需要，申花俱樂部決定卞軍掛牌上榜。卞軍就被租借到了上海聯城，之後他就與俱樂部發生了薪酬糾紛，直到2007年初才獲得調解賠償。事情發生過後不久，申花聯城兩傢俱樂部就合併了，卞軍這個時候無法重返人員過剩的新申花，就很快結束了自己的球員生涯。
在此後十多年的時間裡，他一直紮根於青少年足球培訓事業。除了近年來偶爾和從前的隊友參加一些公益比賽和活動，幾乎音訊全無。2017年，卞軍加盟英格蘭狼隊俱樂部，成為狼隊中國區的青訓總監。卞軍現階段的主要職責就是在中國地區選拔一些優秀的足球苗子，根據他們年齡、身體、技術特點各方面作個評估，找一個適合他發展的平臺，然後他們送到狼隊及亞洲、南美和歐洲其他國家的優質平臺進行培養。
狼隊中國區青訓總監卞軍
期待卞軍能借用良好的青訓平臺為中國足球培養更多優秀青年才俊。
