在山本五十六心中,偷襲珍珠港沒有徹底消滅美軍太平洋艦隊航母一直耿耿於懷。只要那些航母一天存在,日本本土包括首都東京就毫無安全可言。雖然日本海軍取得偷襲珍珠港的勝利看似輝煌,但太平洋艦隊航母絲毫未損,他們依然在堅持戰鬥，給聯合艦隊的行動造成巨大威脅。
目前只有繼續展開進攻,徹底摧毀美國太平洋艦隊才能將戰爭持續下去。山本心裡很清楚：最後的勝利當然是毫無希望的,最好是在對己有利的條件下取得體面的言和。
山本相信,引誘美國太平洋艦隊主力出戰的最好辦法是,進攻一個美國人不能放棄的目標,攻敵之必救。首選當然是夏威夷,但軍令部和參謀本部都堅決反對,另外美國人已經加強了那裡的防禦力量,像上次那樣的偷襲行動等於送死。但山本確信,如果攻擊某一個目標,這個目標將使夏威夷處於危險之中,勢必將激起美國人的強硬反制。同時這個目標必須在美軍夏威夷陸基航空兵的防守範圍之外,阻止美國陸基飛機直接介入戰鬥，最大程度保護己方航母，使之全力與美航母決戰，爭取全殲敵航母。
山本的眼睛盯住了一個小島,它的名字叫中途島。恰如其名,中途島位於亞洲大陸與北美太平洋航線的中間點,與美國舊金山和日本橫濱的距離都是5200公里,距珍珠港2100公里,由東島和沙島兩個小島組成,面積僅為4.7平方公里，還沒有威克島的一半大。
1940年美國斥巨資2000萬美元在中途島逐步建起了航空和潛艇基地。在面積較小的東島,三條綜橫交錯的航空跑道幾乎將其完全覆蓋，島上大約有50多架陸基飛機。沙島建有大量軍事設施,諸如兵營、彈藥庫、油庫和水上飛機基地。駐紮在這裡數量眾多的“卡塔琳娜”水上飛機可以向各個方向巡邏,使之與珍珠港、威克島一樣成為美國在太平洋上重要的海軍基地。但由於自身面積太小缺乏縱深,無法部署大規模的陸軍和航空部隊。
中途島的軍事價值不在它的軍事設施,而在於他獨特的地理位置。它是美國在中太平洋重要的軍事基地和交通樞紐,也是美軍夏威夷基地的門戶和前哨陣地。在威克島、關島、拉包爾等戰略要地陷落之後,中途島的地位更加重要。小島一旦落入日軍之手,唇亡齒寒,珍珠港將直接處於日軍的攻擊之下。攻取中途島等於將日本的軍事力量突入到夏威夷群島內部,使之成為下一步攻擊珍珠港的絕好跳板,阻止美軍在夏威夷以西、以北發起偷襲行動,也可以防止他們利用此地進攻威克島。
根據山本大將的想法,戰役的兩大戰術目標為:
一、攻佔中途島,將其改造為日本空軍基地和攻打夏威夷的出發地。
二、誘使美國太平洋艦隊前來救援,透過一場海上決戰徹底殲滅。
山本判斷,如果日軍攻擊中途島的話,美國人絕對不會坐視不理。早在偷襲珍珠港期間,山本就特意派出兩艘驅逐艦對該島進行過炮擊,後來又命令返航途中的南雲艦隊派飛機轟炸，癱瘓中途島美軍的防禦。可惜南雲急於儲存艦隊離開險地,以天氣惡劣為由拒絕執行命令,才使得這裡最終成為他四艘重型航母的最終歸宿。
