明太祖朱元璋洪武二十年（公元1387年）九月，明永昌侯藍玉的大軍在捕魚兒海（這名挺應景，今日的貝爾湖，在呼倫貝爾草原的西南部）捉住了元朝大軍，元太尉蠻子在混戰之中被殺，明軍俘獲北元皇帝脫古思帖木爾（天元皇帝）的次子地保奴及故太子必裡禿妃並公主等一百二十餘人，軍隊七萬人放下武器投降，脫古思帖木兒本人僅僅帶著長子天保奴等以下十幾個隨從逃跑，至此，統治中國98年的大元王朝被徹底摧毀。
明軍騎兵。
朱元璋。
但有人卻認為，明朝實際上並沒有滅亡北元政權，因為明蒙戰爭貫穿了整個明朝的歷史，而黃金家族成員林丹汗的蒙古貴族政權直到崇禎年間才被後金政權消滅，所以北元政權應該和明朝是南北對立的政權（雖然我沒看到有人這麼說過，但是那些持“明朝沒有滅亡北元”論點的人，想表達的應該也就是這個意思，今天他們把宋朝踢出了正統王朝的行列，把北元迎了進來。）
朱棣。
但是有一個很值得思考的問題，捕魚兒海戰役之後的蒙古政權，還能夠被稱為“元朝”嗎？
實際上“元”這個國號出現得很晚，忽必烈至元八年（1271年）忽必烈才把國號由“蒙古”改為“元”，而此前的大蒙古國其性質則接近於朱元璋稱帝之前的吳政權。所以真正意義上的元朝實際上在1271年才正式建立。
忽必烈。
所以是否使用“元”這個國號，則是判斷是否是元朝政權的最低標準。捕魚兒海戰役之後不到一個月，脫古思帖木兒一行來到漠北土剌河，突然遭到瓦刺貴族支援的阿里不哥後裔也速迭兒的襲擊，不久就被捕殺，蒙古政權最高權力被也速迭兒奪取，也速迭兒作為阿里不哥的後裔具有很深刻的蒙古文化背景，因此之後的蒙古統治者都沒有漢文的廟號與諡號了。而且，也速迭兒弒君之後，就相當一部分的人不服從他的統治，南下投降明朝，蒙古政權的實力進一步喪失，同時也加劇了蒙古政權的分裂與混亂。1402年，“有鬼力赤者篡立，稱可汗，去國號，遂稱韃靼雲。”元朝國號被正式廢除。
明軍騎兵。
披重甲的蒙古騎兵。
捕魚兒海戰役徹底摧毀了元朝的國家機構，而篡位的鬼力赤則直接廢除了元朝的國號，所以我們完全可以說，元朝的正統國祚實際上在明初已經終結了。而“元”這一國號的壽命並未因此而終結，大明景泰四年，也先就曾自稱“大元天聖大可汗”，而也先卻並非黃金家族的後裔，所以他這個“大元”並不能被認為是元朝之延續，瓦剌人篡奪了蒙古汗權則招致了蒙古本部貴族，尤其是黃金家族後裔的仇視與反對。
窩闊臺。
而且，正統北元皇帝被殺之後，蒙古陷入割據勢力混戰，無論是瓦剌還是韃靼都曾經接受明朝的冊封，比如瓦剌馬哈木曾受封“順寧王”，而作為“北元”太師的阿魯臺則曾接受“和寧王”的封號，所以無論是瓦剌還是韃靼（蒙古本部）都已經成為了明朝名義上的藩屬。之後“大元”雖然依舊斷斷續續地出現，但這正是因為成吉思汗以及黃金家族在蒙古的巨大影響，所以各派勢力以及君主紛紛掛出這塊金字招牌，以為爭權奪利。而真正的黃金家族連統一蒙古本部的力量都已經沒有了。
萬曆皇帝。
成吉思汗。
正如南明政權一樣，崇禎皇帝殉國之後，萬曆皇帝第三子福王朱常洵之子朱由崧在南京登基稱帝，是為弘光皇帝。弘光皇帝被清軍擒殺之後，唐王后裔隆武皇帝又繼位於福州，隆武死後，紹武餘永曆爭立，不久，紹武皇帝被李成棟殺害，永曆皇帝朱由榔成為真正的明朝末代皇帝，在位十八年後死於吳三桂之手。永曆、弘光是正牌的萬曆皇帝后裔，隆武帝雖然為遠支宗室但其仍然為殘明勢力所承認，所以明朝的歷史可以算到1662年，而臺灣的明鄭政權雖然仍然使用永曆年號，奉朱術桂為監國，但已經不應算入正統明朝歷史之中了。
