區分鱷魚種類主要從牙齒、鼻子形狀和身體比例、顏色等幾方面分辨。
短吻鱷的嘴閉上時，有很少或根本沒有牙齒露出來，你可以看到的牙齒都來自上顎。
另一方面，鹹水鱷魚有很多牙齒，上顎和下顎的牙齒往往都會露出來。
另一個是下顎形狀。從上面看，短吻鱷的嘴更短、更寬，更像“U”形。鹹水鱷魚的嘴相對來說更長、更細，更像“V”形。
第三是身體形態。短吻鱷比鹹水鱷魚更矮、更胖、更“蹲”。與身體相比，頭部相應地更短更寬。
第四，短吻鱷比鹹水鱷魚的顏色更深，雖然兩者都是綠色，但鹹水鱷魚更傾向於卡其色和黃色，而短吻鱷傾向於較暗的綠色、灰色和黑色。
就分支關係而言，它們屬於鱷魚目的不同分支。
有趣的是，短吻鱷和鱷魚，儘管在形態上更相似，但比鱷魚和長吻鱷魚的血緣關係更遠，長吻鱷魚以淡水魚為食，體型較小。
