古羅馬帝國後期先是一分為二，後來日耳曼人南下覆滅了其中的西羅馬帝國。在這個過程中日耳曼分支之一的汪達爾人先火燒羅馬城然後一路南下劫掠，路過並佔領馬耳他，最後到北非也就是原迦太基地區建立了一個汪達爾王國。但類似這種搶了就跑的分支，一般如“狗熊掰棒子，走一路丟一路”。
緊隨其後的東哥特人佔據了大部分亞平寧半島，並南下吞併馬耳他。東羅馬帝國為了恢復古羅馬的疆域，數次西征，拿回了除高盧、英格蘭以及半個伊比利亞以外的幾乎所有失地，地中海里的諸島更是盡數納入其中，就這樣馬耳他在東羅馬生活了五百年左右。
東羅馬的衰敗，發端在於阿拉伯帝國的崛起，不僅很快喪失了北非，同時也讓東羅馬帝國無暇西顧，使得西方國家有機可乘。最終導致東羅馬帝國越做越小，主體就剩下希臘半島、小亞細亞半島以及地中海東岸狹長地帶。馬耳他在此後即成為阿拉伯帝國的一部分，但時間並不長，隨著阿拉伯帝國的分裂趨勢一步步深化，對於這種緊挨著基督教世界的地中海島嶼，控制力越來越低。
就像當初威廉一世率領諾曼人登陸英格蘭併成功統治一樣，公元九世紀末有一支諾曼人在羅傑一世的帶領下，出來打算探索一個新的王國，他們選擇了西西里。經過幾番戰爭，羅傑一世成為形同國王般存在的西西里伯爵，到他兒子羅傑二世在位時，正式成為了西西里王國國王。
像西西里這種如此大島上的阿拉伯帝國統治都因鬆散而被吞噬，更何況馬耳他。公元1127年，羅傑二世憑藉西西里王國強大的海軍，輕鬆拿下馬耳他。“海軍大元帥”這個官職第一次在歷史上出現，就是羅傑二世設立的。就算是這樣，很多人對於西西里王國當時的影響力認知仍然不足，當時基督教世界就倆帝國，即東邊的東羅馬和西邊的神聖羅馬，而西西里海軍將軍居然可以俘獲神羅皇后。也正是因為這一著名事件，這位馬加里託將軍被當時的西西里國王冊封為第一任馬耳他伯爵。
西西里王國衰敗恰恰起源於它的強大，原因是在它強大的時候順著亞平寧半島的“靴子尖”一路北上，一直打到教宗國接壤地帶。在教皇的承認和冊封下，西西里王國從一個島國變成了島嶼加亞平寧半島南部也被稱為那不勒斯兩大部分組成。而那不勒斯人並不願接受西西里的這個諾曼王朝的統治。
後來契機出現了，歐洲中世紀經常出現因為繼承權問題而爆發的戰爭，當羅傑家族退出諾曼王朝的統治舞臺後，法國安茹人查理奪得了西西里的王位。而按照繼承關係，神聖羅馬帝國的皇帝要求查理交出王位，後來查理被逐，當時法國國王認為他才應該繼承西西里，並且還因神羅與教皇的衝突，而使得法王得到了教皇的支援，同時那不勒斯也藉機站在了法國一邊。
最後居然兩家都沒爭到手，而是讓從伊比利亞趕來的阿拉貢國王捷足先登，馬耳他從此也就隨著西西里成了阿拉貢的領土。這種情況一直要持續到醫院騎士團的到來，將馬耳他變成一個獨立的存在為止。
