1、 急性感染性腸炎：各種細菌感染導致。常有流行病學特點（如不潔食物史或疫區接觸史）、急性起病常伴有發熱和腹痛，具自限性（病程一般數天至1 周、不超過6周）；消炎藥物治療有效；糞便檢出病原體可確診。
2、 阿米巴腸病：有流行病學特徵，果醬樣大便，結腸鏡下潰瘍較深、邊緣潛行，間以外觀正常黏膜，確診有賴於糞便或組織中找到病原體， 非流行區患者血清抗阿米巴抗體陽性有助診斷。高度疑診病例抗阿米巴治療有效。
3、 腸道血吸蟲病：有接觸史，常有肝、脾腫大。確診有賴糞便檢查見血吸蟲卵或孵化毛蚴陽性； 急性期腸鏡直腸乙狀結腸見黏膜黃褐色顆粒， 活檢黏膜壓片或組織病理見血吸蟲卵。免疫學檢查有助鑑別。
4、 其他：腸結核、真菌性腸炎、抗生素相關性腸炎（包括假膜性腸炎）、缺血性結腸炎、放射性腸炎、嗜酸粒細胞性腸炎、過敏性紫癜、膠原性結腸炎、白塞病、結腸息肉病、結腸憩室炎以及人類免疫缺陷病毒（HIV）感染合併的結腸病變應與本病鑑別。
還要注意，結腸鏡檢查發現的直腸輕度炎性改變，如不符合UC 的其他診斷要點，常為非特異性，應認真尋找病因，觀察病情變化，如有異常儘快就醫。
