阿里巴巴在千禧年後的異軍突起，與馬雲在企業文化上的巨大投入息息相關。根據螞蟻金服CEO彭蕾回憶，2001年1月13日，星期六，關明生就任阿里巴巴COO的第5天，他問馬雲：“阿里巴巴有很好的文化，有價值觀、使命感。我們有沒有把他寫下來呢？”馬雲想了很久說，“從來沒有。”當天，大家集思廣益把從創業的所有感受、教訓、血淚，都寫在裡面，整整貼了一面牆。從100多條篩選出了20多條，最後精簡到9條，不能再減了。這就是阿里巴巴的獨孤九劍：創新、激情、開放、教學相長、群策群力、質量、專注、服務與尊重、簡易。
關明生上任的時間，實際是臨危受命，當時阿里巴巴已經處於生死存亡之時。2000年，網際網路泡沫破滅，整個行業陷入寒冬。阿里巴巴因為之前擴張太快，備受煎熬。2001年春節剛過，關明生和蔡崇信就飛往全球各地，開始了大批次關停和裁員動作，大陸之外的全球各個辦事處都關停了，大陸在全國各地的辦事處也全部砍掉，只剩下杭州總部和北京、上海少部分人。同時，公司高層帶頭自己工資減了一半，廣告公關零預算。但是，阿里巴巴依然堅持建設文化，甚至在培養他們的新入職的中供鐵軍時，文化佔了一半的內容。
馬雲湖畔大學演講時，這樣評價文化的重要性：公司內部是制度重要，還是文化重要？一定是文化重要。制度是來強化文化的。有哪個人是看了刑法，讀了憲章，知道不許殺人，看了法律說不許殺人，才不殺人的。你從爸爸媽媽那裡，平時的生活習慣中知道了很多事情是不能幹的。你的制度是強調使命、願景、價值觀。如果你做的好，你的制度可以少很多，因為大家知道這東西不用講，大家肯定不會犯。如果你的制度能強化好使命、願景、價值觀。那麼基於這三樣東西，你再來考慮你的戰略。
在馬雲看來，使命要想明白三個問題：你有什麼？你要什麼？你能放棄什麼？能回答清楚這三個問題，就能以此聚集一群按照三個問題去做事的員工，大家圍繞著使命去展開工作。使命，在公司生死悠關、重大利益抉擇面前會發生作用，平時沒有用。使命不是寫在牆上給別人看的，是你骨子裡面的，甚至是變態的。沒有一種變態（超常態）的執著和熱愛，你是不可能在後面孤獨的路上走下去的。
願景，則要有階段性的，體現出五年、十年、二十年後的企業會怎麼樣。願景和使命要同步，願景和使命碰在一起，會像化學反應一樣，激發很多有意思的東西出來。員工覺得工作因此有了意義，點燃自己，才會努力做下去。
最後則是價值觀。馬雲在這裡強調了價值觀和考核的重要關聯：
我們招進來這幫人，你問，我們的使命同不同意？同意；願景好不好？好！接下來就約法三章，我們做事是否講究誠信、講究客戶第一、講究擁抱變化。價值觀是什麼？是我們前進路上的操作方法，是創始人們、是第一波人制定的。價值觀不是虛無縹緲的東西，是需要考核的。不考核這價值觀沒用。文化，是考核出來的。如果你的文化是貼在牆上的，你也不知道怎麼考核，全是瞎扯。
我們十多年來每個季度都考核價值觀。我們的業績和價值觀是一起考核的。每年的年終獎、晉升都要和價值觀掛鉤。你業績好，價值觀不行，是不能被晉升的。你熱愛同學，熱愛你的公司，你因為幫助別人，自己業績沒有完成，那也不行。這兩個都做好了才行。這是一整套考核機制。告訴大家文化是怎麼培養出來的。西方的教堂很有意思，教堂是一個靈魂的東西，那怎麼考核呢？每個禮拜爸爸媽媽都把你帶到教堂，坐在那聽，我們小時候的教育基本上都是靠這種制度進行的。
為了落實核心價值觀，阿里採用了雙軌制的績效評估體系，價值觀考核成績和業績各佔績效50%，這就是阿里要求的“又紅又專”。紅是針對於公司文化的考核，阿里希望每個阿里人把文化、價值理念融入到血液中，落實到行動中。專是針對工作業績方面的考核，每季度、每年每個部門都會制定具體的、可行的目標
價值觀考核以季度考核為主，年終有年度考核。考核組為員工上級、上級的上級、HR。不能夠遵守打分基本要求，不能夠區分員工的管理者，將影響其自身打分情況。
阿里的“六脈神劍”中，除了“認真生活、快樂工作”不考核外，其餘每條都列出若干行為細項。一般來說，前兩條細項為守成項，沒有反例就給分。其餘的細項為進取項，必須有正例才給分。
價值觀得分在合格及以上等級者，不影響綜合評分數，但要指出價值觀改進方向；價值觀得分為不合格者，無資格參與績效評定，獎金全額扣除；任意一項價值觀得分在 1 分以下，無資格參與績效評定，獎金全額扣除。
根據價值觀與業績，阿里建立起了評價員工的矩陣，區分了不同員工。對於價值觀好，但業績不佳的員工，阿里會給予一定的寬容，認為他們“往往是放錯了位置的明星”，給他們改正或轉崗的機會，如果還沒有突破，則淘汰。對於業績好，價值觀不行的員工，阿里認為只以業績為導向，不考慮團隊、客戶利益的人會毀掉團隊，堅決不留。
一旦出現違背價值觀的典型事件，阿里巴巴也曾痛下殺手。2011年2月21日，阿里巴巴B2B公司宣佈，為維護客戶第一的價值觀，捍衛誠信原則，2010年該公司有約0.8%，即1107名“中國供應商”因涉嫌欺詐被終止服務，阿里巴巴B2B公司CEO、COO為此引咎辭職。馬雲對此表示，“誠信，是阿里巴巴最珍貴的價值觀基礎，這包括我們員工的誠信以及我們為小企業客戶提供一個誠信和安全的網上交易平臺。我們希望釋放一個強烈資訊，就是任何有損我們文化和價值觀的行為均不可接受”。在同日一併發出的馬雲致員工的公開信中，他要求所有阿里人對不誠信行為採取零容忍態度。他說：“客戶第一的價值觀意味著我們寧願沒有增長，也決不能做損害客戶利益的事，更不用提公然的欺騙。”這種典型事件的處理震撼了整個組織，使核心價值觀的大旗高高立起，以嚴厲的處罰為阿里的員工們提供了鮮活的警示。
