玻璃器皿又分為一般的玻璃器皿和特殊玻璃器皿
附著玻璃器皿上的汙垢大致有兩類，一類是用水即可清洗乾淨的，另一類則是必須使用清洗劑或特殊洗滌劑才能清洗乾淨的。在實驗中，無論附在玻璃器皿上的汙垢屬哪一類，用過的器皿都應立即清洗。
盛過糖、鹽、澱粉、泥砂、酒精等物質的玻璃器皿，用水沖洗即可達到清洗目的。應注意，若附著汙物已乾硬，可將器皿在水中浸泡一段時間，再用毛刷邊衝邊刷，直至洗淨。
玻璃器皿沾有油汙或盛過動植物油，可用洗衣粉、去汙粉、洗潔精等與配製成的洗滌劑進行清洗。清洗時要用毛刷刷洗，用此洗滌劑也可清洗附有機油的玻璃器皿。玻璃器皿用洗滌劑清洗後，還應用清水衝淨。
對附有焦油、瀝青或其他高分子有機物的玻璃器皿，應採用有機溶劑，如汽油、苯等進行清洗。若還難以洗淨，可將玻璃器皿放入鹼性洗滌劑中浸泡一段時間，再用濃度為5%以上的碳酸鈉、碳酸氫鈉、氫氧化鈉或磷酸鈉等溶液清洗，甚至可以加熱清洗。
在化學反應中，往往玻璃器皿壁上附有金屬、氧化物、酸、鹼等汙物。清洗時，應根據汙垢的特點，用強酸、強鹼清洗或動用中和化學反應的方法除垢，然後 再用水沖洗乾淨。使用酸鹼清洗時，應特別注意安全，操作者應帶橡膠手套防護鏡，操作時要使用鑷子，夾子等工具，不能用手取放器皿。
光學玻璃表面發黴，是一種常見現象。當光學玻璃生黴後，光線在其表面發生散射，使成像模糊不清，嚴重者將使儀器報廢。光學玻璃生黴的原因多是因其表 面附有微生物孢子，在溫度、溼度適宜，又有所需″營養物″時，便會快速生長，形成黴斑。對光學玻璃做好防黴防汙尤為重要，一旦產生黴斑應立即清洗。
消除黴斑，清洗黴菌可用0.1～0.5%的乙基含氫二氯矽烷與無水酒精配製的清洗劑清洗，溼潮天氣還要摻入少量的乙醚，或用環氧丙烷、稀氨水等清洗。
使用上述清洗劑也能清洗光學玻璃上的油脂性霧、水溼性霧和油水混合性霧等。
