有道是養兵千日，用兵一時。平定三藩叛亂是一個天賜之機，在這一過程中，康熙先後派出八名親王、郡王、貝勒擔任大將軍。
康熙認為，在戰爭期間，掌握著軍隊統率權的這些王公、貝勒們，只有少數幾個盡到了王公應盡的責任，而大多數表現都很差。
有的人擁兵自重，踟躕不前，結果嚴重貽誤了戰機；有的則干預地方公事，挾制有司，利用手中的兵權和特權在地方上貪汙索賄；更有人到處網路女色，“購女鄰疆，顧戀私家，信使絡繹”；尤其可恨的是重新平定吳道所佔地盤以後，本應該緊急採取措施安定地方，收服民心，而有些王公大臣卻“攘奪焚掠，種種妄行，殊乖法紀”。
戰爭勝利後，康熙未加遲疑，命令議政大臣等拿出太祖、太宗時代制定的軍法，對違犯軍紀的有關人員加以嚴肅懲治。
經奏明以後，康熙批准將寧南靖寇大將軍順承郡王勒爾錦、揚威大將軍簡親王喇布、定西大將軍貝勒董額、安遠靖寇大將軍貝勒察尼以及貝勒尚善等五個人全部削去王爵，而將奉命大將軍康親王傑書罰俸一年。
這樣八名王、貝勒中有五名都削去了爵位，一名罰俸，只有信郡王鄂札、安親王嶽樂立功受到獎勵。這是在戰爭勝利的情況下進行的一系列懲罰措施，不能不說康熙這一政治舉措運作得非常巧妙。
另一限制、削弱諸王特權的措施是對王公世襲爵位的辦法進行更改，即把先皇原來封爵位能否世襲的決定權抓到自己手中——這一招抓住了關鍵，從而在無形之中削弱了諸王的特權。
康熙認為，奉恩將軍以上、親王以下這些特權人員的兒子，年齡到了十五歲，不管是否賢能都要封給他們爵位，並且已經形成了慣例，會使他們不知道這些特權是怎麼得來的，因而起不到激勵作用，對他們將來的成長是有害的。
基於這一理由，二十七年（1688）二月九日，康熙命令議政王貝勒大臣以及親王以下、奉恩將軍以上的所有人員，會同明確議定改革的具體辦法，議定之後將有關方案上奏。
二月二十一日，宗人府議復，應該停止原來的制度，制定新的襲爵辦法。最後議定：親王以下、奉恩將軍以上的兒子，年滿二十歲的時候，要對他們的文藝才能、騎射武藝加以考察，而後選拔出優秀者，向皇上請旨授封爵位。
只有在親王以下、奉恩將軍以上人員薨逝的情況下，才准許他們其中的一個兒子襲封爵位，不必等到他們年齡長足歲數。康熙同意了這一方案，並且補充說：如果諸王貝勒的後代人才出眾卓越，不侷限於年齡長足，也可以特別封授爵位。
從此，康熙取消了宗室王公原來世襲爵位的特權，他們的兒子能否襲封爵位，完全由皇上根據他們的具體條件確定，從而加強了皇權，限制了諸王的特權。
鑑於過去諸王不斷干涉八旗內部事務，透過武職官員在本旗選授的方式，可以左右本旗內部事務的弊端，康熙也決定加以限制和削權。為了限制諸王繼續幹涉旗務，他決定取消都統、副都統只由本旗選授的舊例，將選授級別和範圍升高、擴大到在本翼之內進行，這樣便打破了分旗補授的辦法，擴大了八旗內部武職官員的來源，在旗與旗之間形成了互相牽制的形勢。
三十六年（1697）七月，他又諭令兵部：都統、副都統手握兵權，擔負國家安全的重任，如果選授只侷限於本旗內部，那麼下五旗就可能被本旗內部的王爺所獨斷，辦事會出現不公的現象。以後都統、副都統職位缺額的時候，應該在整個左右翼內各旗之間進行選授，無論是不是本旗人員。
一系列抑制諸王特權措施所產生的一個直接後果，是使參與議政的宗室諸王人數日益減少。康熙十一年時，議政宗室的王公有：和碩安親王嶽樂、和碩康親王傑書、和碩莊親王博果鋒、多羅惠郡王博翁果諾。多羅溫郡王孟峨、掌宗人府多羅順承郡王勒爾錦、宗人府左宗正多羅貝勒察尼、多羅貝勒董額、多羅貝勒尚善等多人。
在康熙限制諸王特權的政策作用下，一些王公明智地體會到了皇上的意圖，開始主動交出議政王權力。十一年十二月間，莊親王博果擇、多羅惠郡王博翁果諾、多羅溫郡王孟峨，上疏皇上要求辭去議政王一職，馬上得到了康熙的批准。
其中博果鋒雖然在平定三藩叛亂以後又回到了議政，但到了二十年八月議政職務又被康熙罷免。如此這般，加上對戰爭中出現差錯的領兵諸王、貝勒的處理，在議政這一方面，及至二十四年，原有的議政宗室諸王便只剩下了康親王傑書。
康熙三十六年傑書去世，自此以後一直到康熙朝結束，議政機構裡面已經沒有任何議政王了。這樣，清朝初年原有的聯旗合議的殘餘便被完全清除，議政機構也被改稱為議政大臣會議，而且這個機構已經成為一種普通機構，實際權力完全被康熙所操控。
綜而觀之，康熙玄燁禁抑諸王特權，打擊他們利用手中權力在地方上橫行的行為，無疑具有進步意義。但由於根本目的在於鞏固和加強專制全權，在處理削弱王公大臣許可權的方法上也有失當不公的地方，這自然是為了達到根本目的而有意識地忽略了某些東西。
譬如在平定三藩叛亂中，康熙第一個派出的大將軍就是勒爾錦，在十九年奉命進攻重慶的時候，勒爾錦中途返回，這固然嚴重違犯了命令，應當進行適當處罰，但對於勒爾錦的另一件事的認定卻未免有些過分。
十三年春天，勒爾錦剛到荊州的時候，敵人也是遠道而來，人馬疲睏，守備還未堅固，康熙就責難勒爾錦沒能乘機進攻敵人，並且佔據湖南常德等地，認為這貽誤了國家大事，罪情重大。
如果具體分析當時的形勢，敵人雖然遠道而來，但事實上人馬並不像康熙所說的那樣疲睏，而是聲勢強大，銳不可當，加上己方軍心確實還處於浮動狀態，佔據險要的地方認真把守方是上策。
而且勒爾錦到達荊州以前，吳三桂的軍隊就已經佔有了湖南、四川等地，谷城的楊來嘉也已經背叛朝廷，依附了吳三桂，這就造成了荊州三面受敵的危險境地。如果勒爾錦貿然過江進攻湖南常德、澧州，不但沒有必勝的把握，而且有喪失荊州的危險，荊州是交通咽喉之地，戰略地位非常重要，一旦喪失，後果不堪設想。
在分析認定這些情況時，議政工們的眼睛也都看到了，認為勒爾錦和其他一些統兵大將軍還是立了很大功勞的，不應受到那麼重的處罰。十九年十月，議政王大臣在全面衡量領兵請王功過的基礎上，並且考慮到戰爭已經取得勝利，應該一律從輕處理戰爭中有過錯的統兵大將軍，結果遭到了康熙的批評。
對於勒爾錦問題，康熙還親自決定，削去郡王以及議政、宗人府方面的職務，仍然下令拘禁，這很大程度上有了故意貶抑的嫌疑。
在經濟上和政治上，康熙對諸王的特權都有相應的抑制，並借種種機會加以懲治，根本目的就是為了削弱他們在國家政治生活中的地位和影響，以免他們居功自傲，勢力膨脹，將來不好收拾。
在削去王、貝勒、貝子、公等爵位的時候，往往同時也削去了他們在其它方面的職務，特別是議政和宗人府的職務。
而全部或者部分撤去他們所屬的位領，也就是限制了他們在八旗軍隊裡面的影響。對於這些特權王公貝勒貝子來說，他們的爵位某種程度上雖然還可以讓兒子襲封，但是地位和影響已經遠遠無法與父輩相比了。
這樣禁抑請王特權，最直接的後果是宗室諸王的平均年紀小齡化，並且沒有什麼軍事征戰方面的功勞，以後就很難嶄露頭角了，其屬下也很難會信任和敬重他們。
正如我們前所述及，康熙不斷敲打舊時分封的諸位王公、貝勒，目的是為了使他們的勢力不致於膨脹起來，以免將來無法收拾。然而他的目的還有另外一面，他在以種種藉口懲辦違法王公的同時，也把收繳到手中的權力下放給另外一些人。
當然，他在這樣做時少不了有一個標準，即這些人必須是自己最為貼近、絕對服從自己的人才行。自然，他採取了積極扶持自己親兄弟和眾多皇子的方式，將爵位分封給他們，並且讓他們擁有管理軍隊的權力，讓他們參與議政、管理八旗事務和領兵出征打仗，使他們在實際軍政活動中得到鍛鍊，成為將來皇權的直接繼承人或者輔助者。
正緣於此，在康熙六年（1667）、十年，康熙分別封皇兄福全為裕親王、皇弟常寧為恭親王，並且分給他們一部分住領，命令他們參與政事。
二十九年（1690）七月噶爾丹進犯到烏蘭布通的時候，康熙打破慣例，沒有像以往那樣派遣軍功卓著的舊時王爺領兵出征，而是命令裕親王福全為撫遠大將軍，以皇長子為副職輔助福全，作為一路大軍出古北口向目的地進發；恭親王常寧為安遠大將軍，以簡親王喇布、多羅信郡王鄂札為副職，出喜峰口，迎戰噶爾丹。
三十五年二月，康熙親征準葛爾蒙首領噶爾丹時兵分三路，中路大軍由他親自統率，下面所屬的八旗大營中，其中有四旗讓皇子分別統領。此外他又命令皇長子與索額圖共同統領八旗前鋒軍、漢軍火器營、四旗察哈爾兵以及綠旗軍先行出發，進一步改變了由開國諸王子孫掌握軍權的傳統。
五十七年（公元1718）十月，康熙降下聖旨指責各旗的都統、副都統，說他們這些軍事將領中，有些人出身微賤，專門借用手中的權力做徇私舞弊的事情，身在其職，不負其責，只想貪圖安逸，使國家公務受到曠廢。
因此對八旗的軍隊將領進行了調整，讓皇七子淳郡王允接管辦理正藍旗滿洲、蒙古、漢軍三旗的旗務；讓皇十四子敦郡王允褆辦理正黃旗滿洲、蒙古、漢軍三旗旗務；讓皇十二子貝子王允榔辦理鑲黃旗滿洲、蒙古、漢軍三旗旗務。聲稱此舉是便於督促各旗相互競爭學習，自覺勤奮處理軍務。
按照原來的制度，旗務廢弛時，應該由本旗的王公、貝勒進行整頓，現在皇上卻打破陳規派遣皇子們接管辦理旗務，此舉自然大大削弱了本旗諸王、貝勒的權力，使八旗又進一步直屬皇上統轄。
康熙所採取的這一系列措施，雖然當初起到了禁抑諸王特權、加強皇權的作用，但是也逐漸使其弊病暴露出來，權力膨脹的皇子們為了將來有更多的權力，甚至能夠繼承皇位，不但欺凌與自己政見不合的舊時親王、貝勒，而且加緊結黨營私，從另一方面侵犯了皇權。
這些是後話，而以當時的動機而論，康熙限制、削弱特權貴族的目的畢竟是達到了。
