利用線粒體D_Loop序列研究全世界山羊母系遺傳多樣性及系統發育

為從分子水平上進一步理解世界範圍內山羊母系遺傳多樣性、基因流變遷、群體結構和群體擴張歷史。

西南大學動物科學技術學院俄廣鑫教授團隊利用已公佈的4165個來自於全世界196個品種的山羊線粒體D_Loop序列，進行核苷酸多樣性、單倍型構建、單倍型多樣性、群體系統發育學研究、中性檢驗及群體遺傳距離等一系列遺傳引數進行評估。在全部個體的401 bp片段長度的D_Loop區域內共鑑定得到301個多型位點，總體核苷酸多樣性為0.03471；構建獲得並構建2409個D_Loop單倍型，單倍型平均多樣性為0.9983。系統發育分析表明，98.92%的單倍型被聚類為已知的6個山羊線粒體D_loop單倍型簇，其中單倍型A所佔比例最大(86%)，D_Loop單倍型B簇在中國山羊中出現頻率最高。中國西南地區山羊群體中發現了兩個未知的D_Loop單倍型簇(Unknown I和Unknown II)。分子方差分析(AMOVA)和群體間成對差異(PiXY)研究結果表明，不同品種家養山羊間群體變異較小，群體遺傳分化與地理分佈不完全一致，表明群體間廣泛存在遺傳物質交流。中性檢驗(Tajima‘D和Fu’Fs檢驗)和錯配分佈研究結果表明，單倍型簇B、C和G存在群體擴張歷史。較其他野羊，Capra aegagrus與家養山羊系統發育關係最為密切，並可能貢獻于山羊A、B、C和F單倍群簇的馴化起源。本研究表明線粒體D_Loop單倍型B簇可能起源於中國或在山羊馴化早期已遷至中國，在中國西南地區山羊群體中兩個未知的D_Loop單倍型簇的發現表明中國西南地區可能具有獨特的山羊母系背景或馴化歷史；Capra aegagrus是最可能的家養山羊野生祖先，並可能貢獻于山羊A、B、C和F單倍群簇的馴化起源。

故而，本研究利用大樣本量全世界山羊線粒體D_Loop序列資料集分析有助於更好的理解世界範圍內山羊母系馴化起源及基因流動的歷史變化，為進一步明確世界山羊群體遷徙的演變歷史及種群系統發育定位提供了寶貴的理論依據。

論文連結：https://www.chinaagrisci.com/Jwk_zgnykxen/fileup/2095-3119/PDF/JIA-2021-0354.pdf

引用本文 >>>

GUO Yi, GONG Ying, HE Yong-meng, YANG Bai-gao, ZHANG Wei-yi, CHEN Bo-er, HUANG Yong-fu, ZHAO Yong-ju, ZHANG Dan-ping, MA Yue-hui, CHU Ming-xing, E Guang-xin. 2022. Investigation of Mitochondrial DNA genetic diversity and phylogeny of goats worldwide. Journal of Integrative Agriculture, in press.