1661年，也就是明朝永曆十五年，清王朝決定借攻陷雲南和南京大敗鄭成功的餘威徹底消滅明朝殘餘勢力。滿清順治皇帝任命大臣達素為“安南將軍”，調集集華北滿洲軍南下。同時命令各省水師齊集廣東沿海，準備對鄭成功南明軍隊的大本營廈門島發動猛攻。
清順治帝。
滿洲八旗和漢人軍隊。
三月份，達素大軍到達泉州，鄭成功命令宣毅前鎮陳澤、奇兵鎮黃昌、援剿左鎮黃應等人防守泉港，又調回南下蒐集糧草的官兵在各處佈防。在當時，由於滿洲大軍人數過多，不少的官兵都十分害怕，明軍軍心不穩，鄭成功後來激勵將士們，說："照得狡虜有必敗之機，在我益當決必勝之算。去歲我師數千裡直抵長江，登岸殺虜，瓜鎮之滿漢精銳，殲滅殆盡。何況虜欲舍弓馬長技， .以與我爭橫於舟楫波濤之間，以廖廖船隻，驅叛兵殘卒而嘗試之。主客之形既不相如，水陸之勢又甚懸絕，其勝敗固已瞭若指掌矣。此天奪虜監而假手於我將士，我將士鼓勇用命，何難滅此朝夕？"這句話的意思就是清朝的軍隊拋棄陸戰優勢，反倒想在海上與我們的水師一決高下，這場大戰在開戰之前就已經分出勝負了！
明代佛郎機火炮。
鄭成功畫像。
鄭成功的這些話很明顯只是激勵部下，鼓舞他們計程車氣，因為之後他們將迎來一場惡戰。
海戰開始。
5月10日，漳州港內的清軍戰船400多艘突然襲擊圭嶼，鄭成功見風向不利於明軍，於是下令明軍戰船繼續保持陣型，到潮平風順的時候才能繼續衝殺，清軍戰船直衝明軍，明軍有多艘戰船遭到了攻擊，其他的明軍戰船沒有得到命令不敢來救援楊元的標銃船被俘虜，閩安侯，陳堯策等人先後戰死，清軍繼續圍攻忠靖伯陳輝的座船，穿著重甲的滿洲八旗攀附而上，明軍死傷慘重，陳輝在絕望中點燃了船裡的火藥，船和人都炸得粉碎，剩下的滿洲士兵驚慌失措地逃開，從此再也不敢主動攻船。
荷蘭人筆下的鄭成功軍隊。
明軍步兵。
激戰到此時，明軍已經付出重大傷亡，但是清軍始終未能攻破明軍船陣，不久，風向轉為有利於明軍的一方，鄭成功隨即下令起碇反擊，明軍戰船蜂擁而出，而此時清軍也大舉進攻，明軍水師稍稍後撤，隨即反擊，明軍將士作戰英勇，先後擒獲哈剌土心等滿洲將領十餘人，清軍先鋒昂拜章紅眼、烏沙、梅勒耿勝的戰船都被摧毀或者俘虜，滿洲將領呢馬勒，石山虎等人被俘，清軍陣線已經被衝散，先鋒船隻大多數都被焚燬或者俘獲，先前被清軍俘虜的楊元的標銃船也被明軍奪回，投降清軍的施琅和黃梧等人十分害怕，不敢出戰。清軍已經完全喪失了戰場的主動權，到了午後，南風又起，明軍援軍從浯嶼一帶趕來增援，明軍戰船一起猛衝清軍，清軍終於潰敗逃走，戰船無路可逃，要麼被鄭成功軍隊擄獲，要麼直接被擊沉，有一艘滿載滿洲八旗的戰船無路可走，三百多清軍乾脆登上島嶼準備負隅頑抗，但是最終還是都被俘虜。
明代佛郎機子銃。
鄭成功軍隊。
明軍步兵。
有一股從同安一帶而來的清軍又在赤山坪一帶登陸，但是遭到了明軍守將殿兵鎮陳璋的拼死阻擊。衛虎、陳蟒、劉雄等明軍將領也趕來助戰，十右虎衛陳鵬和清軍勾結（明末永遠不缺叛徒）拒絕救援陳璋等人，但是其部下萬宏、林雄等人抗命不遵，率部來援赤山坪，前衝鎮劉俊也來救援，此時潮水上漲，上岸的清軍都陷入泥中，大部被殺，明軍戰船也及時趕到，這股清軍不敵，終於潰散而去，退入清軍控制的港口之中。
明軍重步兵。
明清攻防戰。
這場對於鄭成功義軍廈門大本營的圍攻以失敗告終，清朝水師損失了數萬人，另外有大量的滿洲將領被俘或者被殺，鄭氏勢力繼續對抗清廷。這場戰役充分說明了一點，如果沒有數量龐大的漢人偽軍，清王朝是永遠無法佔領明朝的全部疆土，哪怕是後來1683年清廷攻打臺灣，啟用的將領也是原先的鄭氏舊將。
