提起滿蒙關係，人們最先想到的往往是滿蒙聯姻。實際上，滿清對待蒙古的政策，除了柔性的和親，還有戰爭討伐與嚴密的政治管理，宗教控制。這一系列舉措多管齊下，才讓清朝統治者牢牢控制了蒙古草原。
明清之際，蒙古分裂為漠北、漠西、漠南三大部，其中以漠南察哈爾部地位最顯赫，實力最強。該部首領林丹是黃金家族繼承人，他雄心勃勃，一心想著整合蒙古諸部。
與此同時，東北的滿清勢力也在崛起。努爾哈赤於1608年派長子褚英進攻烏拉部，烏拉部急忙求援科爾沁部，最終褚英退回。
此後，林丹汗多次與明朝聯合，讓後金政權吃盡苦頭。為了全力對付明朝，努爾哈赤極力避免與林丹汗正面衝突，而是懷柔籠絡的手段令科爾沁部，杜爾伯特部，杜萊特部，郭爾羅斯部四部歸附，從側面緩解了林丹汗對的壓力。
1626年，皇太極繼位，在他的手中，對蒙古諸部的策略演進聯姻、勸誘、征討多管齊下。林丹汗殘暴，對周邊部落動輒征討，加上林丹汗被喇嘛沙爾巴呼圖克圖打動，皈依了紅教，更是讓信仰黃教部落十分不滿。為此，喀喇沁部，土默特部，鄂爾多斯部，阿巴嘎部，喀爾喀部一度聯合起來向他進攻，結果力量遭到嚴重損失。
皇太極抓住了這一機遇，對蒙古各部極盡拉攏，獲得了敖漢部、乃曼部的歸附。1628年2月，又親率大軍征討林丹汗，同年9月，糾集敖漢、奈曼、科爾沁諸部，再次出兵察哈爾。林丹汗狼狽逃竄。
四年後，皇太極又一次親率十萬大軍對戰林丹汗。察哈爾部眾大多選擇歸附，林丹汗逃到青海境內的鬱鬱而終。1635年，林丹汗之子額哲出降，漠南蒙古被徹底收服。清軍入關的側翼威脅就此消失。
清朝入關之後，一度忙於征服中原，沒有對漠北、漠西諸部更多關注。
漠西蒙古在明代稱瓦剌，清廷稱為衛拉特或厄魯特，主要有準噶爾、和碩特、土爾扈特、杜爾伯特四大部落。滿清崛起於白山黑水時，準噶爾部控制了天山南北；土爾扈特部西遷到伏爾加河流域，和碩特部則控制了青海。
漠北蒙古（外蒙古）主要是車臣汗部、土謝圖汗部、札薩克圖汗部三大部落。皇太極平定察哈爾後，漠北諸部也進獻了“九白之貢”，算是建立了宗藩關係。
康熙元年（1662年），外蒙古札薩克圖汗部發生內亂，土謝圖汗部趁機接受了他們大批部眾。後來，土謝圖汗又得罪了準噶爾部。準噶爾部的首領噶爾丹一心想恢復蒙古帝國昔日的榮光，力圖統一蒙古各部。見喀爾喀蒙古各部矛盾重重，他當然要趁機插手。
1684年，他私下與札薩克圖汗部會兵。1687年，土謝圖汗殺死了噶爾丹之弟多爾齊扎卜。次年，噶爾丹揮軍東向，進攻土謝圖汗。
土謝圖汗不敵，敗退到漠南，野心膨脹的噶爾丹以此為由，南下至烏蘭布通（今赤峰）。此地距離北京只有二百公里。
在此危急局面下，康熙組織了兩路大軍，分別從喜峰口、古北口出兵，最終在烏蘭布通大敗噶爾丹。
葛爾丹失敗了，漠北諸部汗王餘悸未消，這給康熙解決外蒙古問題提供了契機。1691年，康熙親率官兵並召集外蒙古三大部、內蒙古四十九旗王公，在多倫諾爾（今內蒙古多倫縣）紮營，舉行了盛大的會盟儀式，對漠北諸部大汗、活佛進行冊封、賜宴。
隆隆的大炮聲之後，康熙宣佈赦免土謝圖汗之罪，又令策妄扎布繼承札薩克圖汗位。然後又將漠北蒙古分為三十四旗，與漠南蒙古實行同樣的行政建制。這標誌著漠北喀爾喀蒙古接受了清廷的直接統治。
在葛爾丹的威脅下，漠北諸部保住了清廷的大腿，這讓清朝對準噶爾汗的優勢更加明顯。康熙三十七年（1696），清軍三路大軍齊出，於昭莫多大敗噶爾丹。眾叛親離的噶爾丹不得不服毒自盡。
雍正年間，清廷攻滅了盤踞在青海的和碩特部。到了乾隆年間，清軍趁著準部內訌，進軍天山南北。乾隆為了根絕後患，下令對準噶爾部實行種族滅絕。“凡病死者十之三，逃入俄羅斯、哈薩克者十之三，為我兵殺者十之五，數千裡內遂無一人。（《嘯亭雜錄》）”。
1771，土爾扈特部東歸，首領渥巴錫於承德避暑山莊朝見乾隆。乾隆帝十分高興，作《土爾扈特部全部歸順記》，命人刻碑存放於普陀宗乘之廟，又將土爾扈特部分散安置於北疆。至此，漠西蒙古各部接受了清朝統轄。
清廷治理蒙古，地方依靠盟旗制。早在努爾哈赤時期，他們就仿照八旗制度，對歸附的蒙古各部編定旗分了。皇太極時期，盟旗制度進一步發展，到了乾隆時期，這一制度推行到所有蒙古地區。
所謂盟旗制，就是蒙古地區原有的社會制度與滿洲八旗制度結合，在蒙古各地按不同顏色劃分各旗，各旗之間有旗界，所轄牧民不可越界，每旗由札薩克或總管統領的制度。內蒙古各旗受參贊大臣、駐防將軍管轄，外蒙古各旗之上設立部盟。後者的主要作用是“簡稽軍實，巡閱邊防，清理刑名，編審丁冊”， 但對各旗沒有管轄權。
1636年，皇太極設立蒙古衙門，以加強對漠南諸部管理。兩年後，蒙古各部歸附日眾，於是更名為理藩院，規模同樣得以擴大。清朝時在中央設定的管理蒙古事務的機構。
康乾之際，理藩院的組織機構漸趨完善。理藩院分為典屬司、柔遠司、徠遠司、旗籍司、王會司、理刑司、司務廳、銀庫、稽查內館，外館、蒙古翻譯房、蒙古官學等機構，其長官理藩院尚書可以參與議政。
在管理蒙古地區時，清朝統治者採取了依俗而治的策略。利用蒙古人對藏傳佛教的尊崇，加強思想上的控制。
皇太極登上汗位後，專門在盛京建立了實勝寺，還曾派人去西藏迎請達賴喇嘛。皇太極此舉，是清朝利用藏傳佛教的先例。此後清帝相繼在北京、承德等地修建了大量的喇嘛廟，還時常接見藏傳佛教活佛。
清朝控制蒙古後，不但大量興建喇嘛寺院，還設立了兩大活佛系統，分別是漠南的章嘉活佛系統、漠北的哲布尊丹巴活佛系統。章嘉一世於1642年誕生於青海，由五世達賴賜法名。28歲以後開始在藏區到處講經說法。多倫會盟之後，康熙召章嘉進京，授予札薩克達喇嘛之職，掌管京師藏傳佛教事務。此後，又在康熙任命下，負責營建多倫諾爾匯宗寺。由此，章嘉活佛的地位在內蒙古地區確立。
哲布尊丹巴一世於1635年出生於土謝圖汗部。15歲時由四世班禪受戒，此後開始在西藏學法。返回漠北後，到處進行傳教活動，成為外蒙古地位舉足輕重的喇嘛。
清廷知道他的影響力，需要藉助他加強對外蒙古的控制，所以格外尊崇他。後來，在葛爾丹進軍漠北時，漠北蒙古王公有的打算投靠俄羅斯，但在他的勸說下，這些貴族選擇南下投靠康熙帝。
對藏傳佛教的喇嘛，清廷予以種種特權，不但活佛凌駕於蒙古各部王公之上，許多上層喇嘛同樣擁有令人乍舌的財富。在豐厚的經濟刺激下，當喇嘛竟然成了草原牧民最希望孩子從事的職業。所以，大量蒙古男丁選擇出家，這蒙古草原人口急劇減少。到清末，蒙古各部人口僅有171萬，居然比清初還少。
解放初期內蒙地區實有寺廟
