1958-1965年，我國進入“大躍進”和調整國民經濟時期，這個時期地方政府在機構設定和管理體制上發生了一些變化。
1.以人民公社替代基層政權。
1958年，中共中央作出決議，在農村建立人民公社，打破原來鄉政權的區域界限，實行鄉黨委就是社黨委，鄉人民委員會就是社務委員會的“政社合一”的體制。
並決定:人民公社是我國社會主義社會結構的工農商學兵相結合的基層單位，同時又是社會主義政權組織的基層單位。
從1958年夏季開始，只經過幾個月時間，就將全國74萬多個農業生產合作社改組成26000多個人民公社，參加公社的有1.2億多戶，佔全國各民族農戶總數90％以上。以後經過幾次調整，公社數量穩定在4.7萬個上下。
2.擴大專署許可權。
為了適應農業、地方工業和文教事業的發展需要，中央決定，根據改進行政管理體制的精神，在某些省、自治區適當地擴大專署許可權。
主要內容是:
(1)建立專區財政，平衡專區收支；
(2)專署對所轄縣、市的財政預算執行，可以作必要的調劑；
(3)原由省委託專署管理的企事業，劃歸專署直接管理；
(4)興辦適合於專區管理的企業和事業；
(5)專區範圍內的國民經濟計劃和物資分配計劃，由專署編制彙總並調劑；
(6)專區範圍內的人員編制，在省控制的總指標內，專署可以在地區間和部門間進行必要的調劑；
(7)每一個專區應有一個工業城市作為經濟、政治、文化中心，省和自治區可以根據具體情況，將直轄的若干中等城市委託專區領導。但專署仍然是省和自治區的派出機關，不是一級政府。
3.實行市管縣體制。
1959年9月17日，第二屆全國人大常委會第九次會議決定，直轄市和較大的市可以領導縣和自治縣。這是第一次以立法形式確認市管縣的行政管理體制。上海、遼寧、河北等省、市先後實行市管縣體制。
到1960年全國的市管縣數達到243個。1961年中央決定調整市鎮建制，縮小城市郊區，市管縣體制也停止推行。到1966年時，全國僅剩25個市實行這一體制，共領導縣72個。
4.建立經濟協作區機構。
1958年，中央作出關於加強經濟協作區工作的決定成立了西北、西南、中南、華東、華北、東北六大區的經濟協作機構，稱協作委員會。
下設計劃經濟辦公廳，作為辦事機構，受國家計委和國家經委的指導。
由於協作委員會僅僅是一個經濟工作的協商機構，工作範圍和權力都有限，因此，1960年中央政治局決定，成立上述六大區的黨的中央局，以加強對六個戰略性地區的各項工作，特別是對建立區域性的比較完整的經濟體系工作的領導。
5.向地方下放企業。
為了改進工業管理體制，根據中央、國務院的要求，中央機關共向地方下放8000多個企業以及一部分事業單位。
為管好這些企事業單位，各地相繼成立了治金、機械、化工等專業管理部門。
6.黨政機關大精簡。
1962年中央精簡小組對國家機關提出了精簡方案，要求地方國家機關在260餘萬人的基礎上，減為170餘萬人，精簡35％。
執行結果，地方國家機關減為180萬人，實際減少80萬人，精簡30％。其人員多數下放到農業生產第一線和地方企事業單位。
