辛亥革命後，汪瑞闓因維護清廷，思想保守，被罷職，賦閒在家。學生李烈鈞出任江西都督，再三邀請恩師汪瑞闓赴江西任職。汪瑞闓念及師生情誼，決定赴江西擔任民政長（即省長），結果卻把自己置身於歷史的風口浪尖上，差點成為官場鬥爭的犧牲品。
當時，各省軍政大權力集中於都督一人手中。袁世凱為了加強中央政府集權，樹立威望，提出“軍民分治”，即由中央向各省派遣民政長，江西都督李烈鈞率先起來反對軍民分治，要求地方自治。袁世凱當然不是好惹的。1912年12月10日，被李烈鈞剝奪兵權的餘鶴松受袁世凱慫恿，指使部下在南昌發動兵變，反對李烈鈞。李迅速調兵平叛，槍殺了100多人。李知道這次兵變的特殊背景，知道自己還沒有力量與袁世凱公開決裂，希望緩和與中央政府的矛盾，作出讓步，於是就兵變事件向袁世凱引咎自責，並且請袁任命民政長，以便自己專心治軍。李想到了一個人選，即對他有救命之恩的原江西武備學堂總監汪瑞闓。當年就是汪錄取李，後來又推薦李到日本留學。李回國後在江西新軍當管帶時從事革命活動，清廷要抓捕他，身為常備軍統領兼臬臺的汪瑞闓不僅向李通風報信，還資助路費，幫李逃亡，至今令李十分感激。於是，李派人與汪聯絡，並一再敦請，汪同意了。當時汪的哥哥汪瑞高、同鄉楊士琦是袁世凱的紅人，經他們一撮合，袁世凱表示認可。
12月16日，李烈鈞請簡任民政長的電文到達北京才4個小時，袁世凱就釋出了汪瑞闓為江西民政長的任命令。李沒料到的是，其部屬紛紛反對汪到江西來民政長，尤其是水巡總監蔡銳霆，反汪態度最為堅決。蔡原為江西武備學堂的學生，因為違反校紀，被汪開除，當年就曾發狠：“你今天把我趕出學堂，我明天要把你趕出江西！”江西廣饒協會等團體紛紛發表通電，對汪出任民政長表示極力反對，誓不承認。國民黨江西支部則以“省長簡任須經民選”等理由，要求袁將簡任民政長之成命收回。李陷入兩難之中。20日，汪到達南昌，受到共和黨人和西省議會的熱烈歡迎。李表面上也表示歡迎，隆重接待，並在都督府政務會議上，表示將貫徹軍民分治，但會後就反悔了。水巡總監蔡銳霆故意晉謁汪瑞闓，當面對汪譏諷訕笑，語帶威脅。汪行館差役見勢，紛紛離去，迫使汪稱病，閉門謝客。12月 29日，江西軍警兩界數十人召開拒汪大會，由水巡總監蔡銳霆、警察總監陳廷訓任主席，軍界高階將領歐陽武、劉世均等出席了會議，主張武力驅汪出境，勒令其兩日內離省。夜半，南昌廣、惠兩門“匪徒”暴動，全城戒嚴。汪感到安全受到嚴重威脅，於是悄悄離開行館，藏匿起來。第二天，他即寫信給李烈鈞，聲稱要赴滬就醫。李派員假意表示挽留，遭到拒絕。當日午後5時，汪乘輪船離開南昌，經九江、武漢，前往北京陳訴，並先行致電袁世凱，稱病辭職。
袁世凱十分震怒，電令準汪病假20天，嚴厲斥責李烈鈞，要求他從速籌備劃分軍政、民政事宜，敦促民政長儘快養好病，限期到任。李此時才撕下偽裝，公開拒絕汪瑞闓回任。袁下令扣押李從日本訂購的一批軍火，並派兵艦六艘到九江江面示威，又策動江西反李勢力舉行聲熱浩大的集會，聲討李的“十八”大罪狀，要求汪到江西上任，通電主張武力解決江西問題。李也組織人集會，通電反對汪到江西任職，又以冬防為名，派遣軍隊分駐要隘，要求發還軍火，雙方對立，氣氛緊張。副總統黎元洪出面調解，提出“撤兵、迎汪、懲兇”三個條件，李公開通電拒絕，雙方到了劍拔弩張的地步。袁世凱因為要忙於召開國會，選舉大總統，於是作出讓步，如數發還所扣江西軍火，任命趙從蕃任江西民政長（也遭拒絕了），派王芝祥為“查辦使”，南下查辦江西事件，暫停爭端。史稱此事為“江西民政長事件”。
1913年6月9日，袁世凱突然下令，免去李烈鈞江西都督職務，引發“二次革命”，最終以袁全面獲勝告終。袁再次派汪瑞闓到江西任民政長。當時鎮壓二次革命的劊子手、袁稱帝的積極擁戴者李純署理江西都督，採取嚴厲政策打擊國民黨，取締國民黨各級組織、解散省議會、逮捕議員、嚴禁群眾集會、查封報館，南昌出現“逐日刑人”的恐怖氣氛。汪瑞闓臨行前，時為袁世凱的紅人楊士琦告誡同鄉汪瑞闓，要他到江西后要妥善處理好與軍閥李純的關係，汪沒有聽進去，結果落得“群起而攻之”的下場。李純告發他貪汙，汪被解職，於1914年1月再次迫捲起鋪蓋離開江西，上任僅幾個月時間。兩年後，汪又東山再起，任北洋軍閥的參政院參政。
