電腦版的三國志孔明傳結局只有兩個，第一個之前已經說過了，就是史實結局，諸葛亮病死五丈原，這結局玩家自然不想看到，並且這結局還不容易出現，必須要玩家之前撤退的次數過多，把諸葛亮屬性欄中的紅星全部消耗掉，才會出現這結局。第二個結局就是幻想結局，看似圓滿的結局，但有些地方還是讓很多玩家覺得憋屈，下面來具體說說，孔明傳的幻想結局，看看具體是哪裡讓玩家感到不滿。
在葫蘆谷戰役中，如果諸葛亮的紅心沒有被消耗完，那麼這關過後就進入了幻想線了，如果消耗完，自然結局就是史實。所以看結局具體是哪條路線，就看這場戰役有沒有剩下紅心。
五丈原戰役開始前，諸葛亮叫眾人去休息時會暈倒，如果接下來的劇情有找到姜維交代遺言，那之後諸葛亮就去世了，自然結局是史實。但如果沒有找姜維交代遺言，而是眾人在商量去留時，諸葛亮重新來到營帳，並且制定計策，接下來就是幻想線劇情了。
如果說對話按太快，沒有留意到的話，那接下來五丈原戰役，第六回合時，諸葛亮上場，出現在下面營寨，然後說了句“司馬懿，你上當了”。至此，就可以確定進入幻想線了。因為史實線的話，諸葛亮是出現在山上，並且不會說話。
幻想線的劇情都是原創的，並且有新人物登場，諸葛亮和趙雲的子嗣會在抵禦東吳時登場，而諸葛亮的兒子諸葛瞻在這個遊戲中，絕對不是個膿包。在之前的劇情中，會有幾次選擇培養諸葛瞻的方向，把諸葛瞻培養成軍師的話，那是絕對的強力。至於培養成騎兵或者步兵，這點小編沒有嘗試過，強不強就不清楚了。因為騎兵本身就過多了，而步兵在遊戲最後並不好用，尤其是城戰，那移動太慢了，跟不上大部隊。
同樣加入的還有孟獲祝融兩口子，之前七擒七縱的劇情裡，每次都抓住孟獲的話，那麼在巴西戰役中，孟獲兩口子會帶著人來支援，然後加入隊伍直到遊戲結束。當然，巴西戰役後，後面總共也沒有幾關了，孟獲和祝融的等級註定會和主力部隊有點差距，但因為南蠻騎會治療的關係，升級還是比較快的。
感受最深的就是伐吳這段劇情了，如果是按照玩家的想法，那一定是把東吳滅了，要知道遊戲中的東吳本身就是反覆無常的小人作風，加上之前關羽敗走麥城引發的一系列後果，更是讓玩家對東吳無法原諒。但是諸葛亮在江陵打敗孫權後，卻沒有選擇繼續進攻，而是和孫權和解，一心只是想著攻打魏國，從而光復漢室。從這點上來看，諸葛亮沒有一點私心。同樣，玩到這裡時，也終於體會到劉備想為關羽報仇結果沒有成功的心情，因為玩家這時也想的是滅吳。
司馬懿是最後的boss，這點玩家早就猜到了，徹底打敗司馬懿後，他想起周瑜曾經的一句話“既生瑜，何生亮”，問自己配不配做諸葛亮的對手。這點絕對毋庸置疑。
故事結尾，居然是迎回獻帝，讓獻帝繼續當皇帝，等於是辛苦了一輩子，把成果雙手奉上給一個什麼都沒做的人。如果結局是劉禪的後人登基，或許更能讓玩家接受一點，一方面是對劉備的偏向性，另外一方面就是劉禪登基的話同樣讓玩家感覺難受，還不如諸葛亮自己登基。
聽說其他版本有諸葛亮當皇帝的路線，但結局不怎麼好！而電腦版因為沒有徹底消滅東吳加上最後是迎回獻帝，這結局自然就讓很多玩家不滿了。但是至少還是讓諸葛亮完成了劉備的夢想，也算是圓滿了吧。
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