原因是多方面的，最主要的一條是：大蛇丸願意教，佐助願意學。
大蛇丸和佐助不是師徒關係，只是各取所需。大蛇丸這個人最大的好處就是明碼標價，所以看似反派卻還有好多人真心跟隨。
佐助選大蛇丸作為能力提升的途徑，一方面是他在中忍考試看到了大蛇丸的能力、另一方面佐助也不知道大蛇丸打不過鼬、還有一條是佐助當前的引路人卡卡西也有些帶不動他了。
後來，佐助看到鳴人被自來也帶著的巨大提升，加上鼬又來木葉刺激了自己，讓一度被第七班友情軟化的佐助恢復了對力量的渴望，這時候擺在佐助面前的路不多，大蛇丸是最好的選擇。
加入大蛇丸的團隊後，大蛇丸給了佐助完全的自由。
幾年時間裡，佐助依靠大蛇丸的平臺開發出了一套自己的打法，雖然還是依託卡卡西的千鳥，但佐助在體術方面的提升和對咒印的控制也是有目共睹的。
總的來說，佐助果斷選擇大蛇丸還是挺正確的，不管是從劇情發展還是人物成長，人總是要給自己一些改變，一旦安於現狀，佐助將會成為另一個寧次。
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