藍藻具備光合和固氮功能，在農業投入品的開發上有著巨大的潛力，但是目前對於藍藻的開發也存在困難和風險，其中包括對微囊藻毒素危害的顧慮，英文名稱為Microcystin（MC），擔心在微藻活藻的應用過程中會對作物、人類、牲畜等產生危害。
MC最早發現在水華嚴重的湖泊中，是由於水體富營養化引起的，牲畜和魚類等由於飲食了MC導致肝部腫大，最嚴重的會導致失血休克死亡，常年飲用含有MC的水源，還會增加肝癌、腸癌的發病率；同時MC也會對部分作物造成毒害，如會對茄科作物和豆科作物的根系發育造成影響。
MC是微藻在富營養化的水體內的代謝產物，通過了螯合過量的重金屬離子減輕自身毒害和抑制其它水生植物的生長，MC的分泌需要滿足兩個條件，第一是富營養化的水體，即滿足一定的物化條件；第二是藻種中含有M cy基因，在滿足以上兩個條件的基礎上藍藻才會分泌MC。MC屬於細胞內毒素，在細胞死亡後會分泌到細胞外，目前的研究表明MC容易被光降解，其藍藻自身的藍藻色素也有助於MC的光降解，這也解釋了在正常情況下天然水體中去除MC的機制，此外高有機碳和高粘土含量的土壤是天然的MC吸附和降解材料。
基於MC的產生機制，我們得到以下幾點結論：
第一，不是所有的藍藻都會分泌MC；
第二，會分泌MC的藍藻，也要在一定的物化條件下；
第三，在土壤中如果要對作物產生危害，需要達到一定的濃度，因為光和土壤都會對MC產生吸附和分解，不一定會對作物產生危害。
因此，透過人為的干預，我們在農業生產中選擇的藻種，可以有目標性的選擇特定的藻種，即不含有M cy基因的藻種，在培養上控制物化條件，避免MC可能的產生。
PS:藍藻在富營養化的水體中會分泌多種多樣的藻毒素，MC只是藻毒素中發生頻率最多,最具有代表性的一類，為了方便理解我們以MC為例子。
