傳統上，學者把古埃及人分成黑種、白種和混血種三類，但是經過19-20世紀的學術大討論，學界已經基本達成共識，古埃及人既不屬於黑種人，也不屬於白種人，古埃及南方人的面板稍深，北方人的面板稍淺，很難把他們定義成一個種族，一般統稱為地中海人種，是埃及土著、安納托利亞人和巴勒斯坦人的混血。
前王朝時期，埃及土著的特點如下：長頭顱，橢圓形臉，細高個，頭髮為黑色波浪狀，體毛稀疏。前王朝埃及土著和安納托利亞人及巴勒斯坦人移民長期混居，形成了後來的古埃及人，大體上，古埃及人身材中等、具有大腦殼和強壯骨骼，手腕和腳腕比較粗大，女人通常比較矮小苗條。
透過與南部的努比亞文明進行對比可知，古埃及文明屬於地中海文明，在文明的特徵上，它與它的亞洲鄰居，巴勒斯坦和敘利亞存在更多的相似性。而真正能代表真個非洲文明特點的是努比亞文明。
