1901年1月29日，慈禧太后下詔變法，要“取外國之長”、“去中國之短”。清政府開始推行的教育“新政”。在“新政”推行的最初三年裡，比較突出的有一件事，就是廢除科舉考試製度，設立學堂，提倡出國留學。
教育改革是從改革科舉、創辦新學堂和鼓勵出國留學開始的。教育改革的核心在於修改課程。它的主要目標當然是接納西學，而修改過程中突出的趨勢是在“實學”名義下接受西方知識。西方知識在實學的名義下得以在新課程中佔有突出地位，這件事表明西方思想在傳統的思想價值領域中已被承認佔有一席之地。這導致了十九世紀九十年代後期西學的重大發展。在大多數情況下改革是非政治的和技術方面的（包括數學、科學、世界地理和歷史，也許還有西方語言）。
1901年清廷即命各級書院分別改為大學堂、中學堂、小學堂，引進新式教育。1904年1月，張之洞等制定通過了學堂章程，將普通教育分為初等、中等、高階教育，這就是具有近代化性質的“癸卯學制”。從1906年起，停止科舉考試，一律從學堂選拔培養人才。中國延續了1000多年的科舉考試製度，從此結束。
光緒二十七年（1901）七月二十五日，清政府全權談判大臣奕劻、李鴻章，與英、美、俄、德、日、法、意奧、西、荷、比十一國公使在北京簽訂《辛丑條約》。《辛丑條約》主要內容有：一、賠款四億五千萬兩白銀，以關稅、鹽稅和常關稅作擔保，分三十九年還清，年息四釐，本息合計白銀九億八千餘萬兩，被稱為“庚子賠款”。
十九世紀末二十年代初，在資本主義列強日益加重的侵略掠奪下，清政府再次把留學納入革新政治的內容。從光緒二十年（1898）末始，天津武備學堂、上海南洋公學、新方言館、湖北武備學堂、漢陽鐵路學堂等學校都陸續對外派遣留學生。這一階段派遣的留學生除了為繼續培養技術製造和管理人員外，大量的是學習軍事和法政等科目。
辛丑條約簽訂後，國內知識分子受新學傳播的影響，激於日深的民族危機，除了透過官派途徑出國外，還紛紛自費出國，尋找救國振興的真理，留學熱潮逐漸興起。光緒三十年（1904），日本在對俄戰爭中取得了勝利，國人更感到日本的迅速強盛，是因學習西方、維新變革卓有成效，大批的留學生擁入日本，留學熱潮更為高漲。到光緒三十二年（1906），留日的官費、自費留學生猛增至八千人。
撥清華園建遊美肄業館剳文
1904年12月上旬，中國駐美公使梁誠就中國的賠款是用黃金還是用白銀一事，與美國國務卿海約翰據理力爭。談話間海約翰透露出一句：“庚子賠案實屬過多。”這一資訊立刻被梁誠捕捉。這說明美政府已發現其有關部門在上報庚子之亂的損失之中，有“浮報冒報”的現象。梁誠非常機敏地放棄了談判戰略，不再去和海約翰糾纏賠款用金還是用銀的了，而是“乘其一隙之明，籍歸已失之利”。於是他不放過任何機會，在美國國會及議員中四處遊說退還不實賠款。光緒三十年至三十一年間(1904-1905)，美國政府決定退還部分賠款，而時任清政府外務部右侍郎的梁敦彥則力主開辦學堂。梁敦彥的主張恰好與美國政府計劃一致。
兩廣總督周馥為發給廣州府香山縣附生楊耀焜等人赴美護照事致外務部諮呈（1906年12月6日）
1906年初美國伊利諾大學校長愛德蒙·詹姆士送呈總統西奧多·羅斯福一份備忘錄，要求美國政府加速吸引中國留學生到美國去。同年3月6日美國傳教士明恩溥到白宮進謁羅斯福總統。他也建議總統將中國清政府的庚子賠款退還一部分，專門開辦和津貼在中國的學校。1907年明恩溥發表《今日的中國和美國》一書，他在書中指出，應該多讓一些中國知識分子去美國留學。
在明恩溥等人的推動、鼓吹下，羅斯福給國會提出了一個諮文，指出：“我國宜實力幫助中國厲行教育，使此巨數之國民能以漸融洽於近世之境地。援助之法宜招導學生來美，入我國大學及其它高等學社，使修業成器，偉然成才，諒我國教育界必能體此美意，同力合德，贊助國家成斯盛舉。”
1908年5月25日，美國國會透過羅斯福的諮文。同年7月11日，美國駐華公使柔克義向中國政府正式宣告，將美國所得“庚子賠款”的半數退還給中國，作為資助留美學生之用。留下的那部分“實應賠償”，內容包括美國出兵中國的軍費賠償及美在華商人與傳教士的損失賠償。
當時為什麼美國人想用退賠的庚款辦學呢？美國伊裡諾大學校長詹姆士在1906年給羅斯福的一份備忘錄中聲稱：“哪一個國家能夠做到教育這一代中國青年人，哪一個國家就能由於這方面所支付的努力，而在精神和商業上的影響取回最大的收穫。”“商業追隨精神上的支配，比追隨軍旗更為可靠。”因此他敦促美國政府採取措施透過吸引中國留學生來造就一批為美國從知識和精神上支配中國的新的領袖。
奏報收過美國賠款提撥遊美學費預算應支數目
1908年10月28日，兩國政府草擬了派遣留美學生規程：自退款的第一年起，清政府在最初的4年內，每年至少應派留美學生100人。如果到第4年就派足了400人，則自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完為止。被派遣的學生，必須是“身體強壯，性情純正，相貌完全，身家清白，恰當年齡”，中文程度須能作文及有文學和歷史知識，英文程度能直接入美國大學和專門學校聽講，並規定他們之中，應有80%學農業、機械工程、礦業、物理、化學、鐵路工程、銀行等，其餘20%學法律、政治、財經、師範等。
美國用心良苦的教育計劃，成效卓然。考取庚子賠款（胡適是第二批）而留美的中國學生，在後來的幾十年間成了中國學術界最閃亮的明星，而他們的言傳身教，又深深地影響了後來者。
改遊美肄業館為清華學堂的剳文
1909年清政府成立了遊美學務處，負責直接選派學生遊美，同時著手籌設遊美肄業館。1910年11月，遊美學務處向外務部、學部提出了改革遊美肄業館辦法。其中提到，因已確定清華園為校址，故呈請將遊美肄業館名稱改為“清華學堂”。
1910年，遊美學務處為申呈第一次學生到美入學情形致外務部的呈文
1909年起，美國將所攤浮溢部分本利退回，充作留美學習基金，到1924年6月退回餘款本利1250餘萬美元，作為中國教育文化基金。1917年12月起，大部庚款緩付5年，德奧部分因戰敗取消，和俄國緩付部分，都撥作國內公債基金。1924年5月底蘇聯政府宣告放棄俄國部分庚款，於清償所擔保債務後，完全充作提倡中國教育款項。1925年法﹑日﹑英﹑比﹑意﹑荷等國都先後宣告退回賠款餘額，並訂立協議，充作辦理對華教育文化事業，或充作外國銀行營業費用和發行內債基金之用。這種退回庚款的實際使用，大都由中外合組的管理委員會主持。
1911年初，利用庚款而專門為培養赴美留學生的清華留美預備學校正式成立。在清亡以後繼續利用庚子賠款選拔留學生。1949年掌管“清華基金”的教育家梅貽琦先生到臺灣後，又利用這筆款項創辦了新竹清華大學。
1909年第一批庚子賠款留學生
隨後，英國、俄國等國也有庚子賠款，也是用於教育，具體多少錢無法準確核實了。1908年，梁敦彥代表清政府與美國簽約，中國自1909年起每年選派100名留學生赴美學習，直至1940年。根據中美協議，清政府成立了“遊美學務處”，梁敦彥還推薦同為第一批留美幼童的唐國安主持赴美留學事宜 。
1909年清政府成立了遊美學務處，負責直接選派學生遊美，同時著手籌設遊美肄業館。唐國安參與“庚款留美”的具體組織工作，擔任外交部、學部所共屬的“遊美學務處”會辦，進而成為清華學堂副監督、監督，清華學校第一任校長。
1911年4月9日，清政府批准將遊美肄業館改名為清華學堂，並訂立章程。4月29日，清華學堂在清華園開學。1912年10月，清華學堂更名為清華學校（Tsinghua college），歸北京政府外交部管轄，校園建築體現出“中西文化，薈萃一堂”的特點。學制8年，分中等、高等兩科，高等科學生畢業後一般插入美國大學二、三年級。
1916年清華學校正式提出改辦完全大學，1925年設立大學部，同年設立國學研究院，開始向完全的大學過渡。清華建校初期，以外籍教師為主。後來，中國教師逐漸增多併成為教師隊伍中的主幹。在教學上受美國影響較大，課程、教材、教學法等仿照美國，重視英文訓練，教學嚴格，考試頻繁，淘汰率高。高等科重視英文和數理等自然科學，到高等三、四年級，主要學習美國大學的若干課程。高等科畢業生一般可以插入美國大學二、三年級就讀。
1925年，清華學校設立大學部，“純以在國內造就今日需用之人材為目的，不為出洋遊學之預備”。1925年設立研究院，作為成立大學院之預備，研究院盡其始終僅設國學科，世稱“國學研究院”。開辦研究院旨在“研究‘中國固有文化’，使中國文化與西方文化相溝通”。研究院實行導師制，開創了國學研究中西融匯、古今貫通新風氣。1929年停辦。
大學部成立之後，新招學生不再是留美預備生，稱新制生；原有學生歸於留美預備部，稱舊制生。從1909年起，至1929年留美預備部結束，清華共培養、選送留美學生1280人。
1928年，清華學校更名為國立清華大學，由教育部、外交部共管。1929年5月，南京國民政府決定，國立清華大學專屬教育部管轄。至1937年已發展為一所擁有文、理、法、工四個學院16個學系的綜合性大學。
到了30年代，美國已超過日本，成為中國留學生最多的國家。而同時，美國人在中國建立了12所教會大學，這其中包括赫赫有名的燕京大學。教會醫院則出現了協和醫院，洛克菲勒基金會則資助了中國學者們的農村調查與考古行動。
(此後發展歷史略)
胡適在1947年10月10日平津六科學團體聯合年會上的演講中，最後一段話是這樣的：
基爾曼於1902年辭掉他已作了廿五年的校長，在那個典禮上，基爾曼講演，他說：約翰斯哈布金給我們錢辦大學，可是沒有告訴我們大學的一個定義。我們要把創見的研究，作為大學的基礎。這時，後來任美國總統，也是那個大學的第一班學生威爾遜站起來說：“你是美國第一個大學的創始者，你發現真理，提倡研究，不但是在我們學校育成績，給世界大學也有影響。你創始了這師生合作的精神，你是偉大的。”同時，以前曾被邀參加創辦大學意見的哈佛大學校長艾利阿特發表談話，他說：你創立了研究院的大學，並且堅決的提高了全國各大學的學術研究，甚至連我們的哈佛研究院也受了你的影響，不得不用全體力量來發展研究。我要強調指出，大學在你領導之下是大成功，是提倡科學研究的創始，希望發現一點新知識，由此更引起新知識，這年輕的大學，有最多的成績，我最後公開承認你的大學政策整個範圍是對的。
在中國，自清朝的教育改革開始，不僅是清華大學的前身遊美肄業館，中國的大學都成了外國人辦的大學了。那麼此時中國的大學又是怎麼來定義的呢？恐怕沒幾個人能說明白的吧？阿域淺顯的理解，包括胡適在內的這些所謂新時代新思想的激進分子，似乎都成了西方文化以至美國文化的代言人，這是這些中國大學的成果？更為突出的一點是，這些大學輸出並培養出的帶有西方價值觀的所謂知識精英，最後很多都成為中國現代大學的領導和師資。中國的現代大學到底是誰的大學？
（未完待續）
