到明末，東北邊塞不止是女真與明廷的較量，還包括蒙古諸部的較量。當然，這時期的蒙古諸部還未完全統一，各方勢力你方唱罷我方登場，交替坐大。
蒙古背景
到察哈爾的林丹汗即位，這時的現狀是怎樣呢？
1604年，12歲的林丹汗以長孫身份即位，成為察哈爾大汗，這時候他的威望和實力都很一般，蒙古諸部只是忌憚於其大宗地位，表面臣服，內心是各種算盤。
這個時期，努爾哈赤已經完成建州、東海女真大部分統一，只剩海西女真四部，實力空前強大。但是對付海西女真，這時候他已經和蒙古扯上了關係，因為葉赫本身先祖來自土默特，和蒙古又有姻親關係，所以收服葉赫時間花了很久。這是東邊女真的情況。
蒙古此時達延汗時期的六個萬戶，已經剩不了幾個了。林丹汗的察哈爾算一個，兀良哈已經被肢解，外喀爾喀幾乎獨立，內喀爾喀五部還在騷擾明邊，鄂爾多斯也已經獨自過日子，土默特被察哈爾收服，永謝的喀喇沁也在小打小鬧。綜上，到此刻還有實力並且存在犯邊的只剩察哈爾、內喀爾喀五部、喀喇沁三個部分，外加科爾沁，就四部。
內喀爾喀五部，和爾朔齊的幾個年紀大的兒子紛紛過世，只剩第五子炒花是輩分最高的，其他幾部子侄繼位，尊炒花為頭領。炒花基於同宗，同時懾於察哈爾部實力威脅，開始逐漸臣服於林丹，在1615年的察哈爾對明的聯合軍事行動中，就有炒花的身影。
各部與後金矛盾
林丹汗繼承汗位之後，採取的措施大抵上和他的祖先達延汗類似，即兼併各部，讓自己嫡系接手首領位置，這種造成了很多負面影響。原因有三個：一是此時已經不是達延汗那種外部環境，東邊的女真強大，兼併各部引起恐慌，等於把自己人推向敵人懷抱；二是林丹汗的兼併措施，並不是完全的實力碾壓，此時，至少對於喀爾喀這些實力強悍的部落，很難絕對碾壓，所以強制收割引起對抗、內耗；三是林丹汗手下一些人本來就不太正直，兼併過程盡謀私利，比如林丹手下搶兀魯特明安臺吉的女人，最終也導致他逃向後金。
科爾沁在看到這些情況，立即在天命十一年選擇和努爾哈赤結盟，並且促成大量聯姻，透過婚姻關係穩固後方，這時候包括後來皇太極的老婆哲哲也到了後金。而且，科爾沁不止是停留在盟約，每每後金軍事行動，科爾沁幾乎都隨軍參與，表現得非常忠臣。
內喀爾喀五部在炒花死後，本身堂兄弟關係就不緊密，對外政策也搖擺不定，一會兒幫這個一會兒幫那個。導致努爾哈赤在寧遠之戰失敗後，怨恨內喀爾喀陰助明朝，第二次討伐內喀爾喀，內喀爾喀被打得落花流水。炒花率部西逃，林丹汗嚴厲責備卓裡克圖對自己不忠以及內喀爾喀在明朝和後金之間朝秦暮楚之事，並趁機合併了他的餘部，至此內喀爾喀五部之一的烏濟葉特不復存在。
皇太極繼位之後，內喀爾喀各部以扎魯特為首，又開始與後金作對。皇太極再次出兵征服，林丹汗再度趁火打劫，攻擊內喀爾喀殘部，服從者進行安撫，抗拒者被殺。內喀爾喀已經只剩巴林部和扎魯特部，沒了往日雄風。
喀喇沁部，在恩克之後也逐漸走向務實，選擇向後金低頭臣服，沒有選擇對抗。只是沒像科爾沁那樣聯姻頻繁，關係那般緊密。1628年擋在後金與喀喇沁的多羅特部被後金迅速擊潰，皇太極立即遣使要喀喇沁部速派人商議同盟之事。自此，後金最終掃清了蒙古在遼東的殘餘勢力。
察哈爾的滅亡
察哈爾在兼併各部的同時，是努爾哈赤、皇太極兩代人的不斷挖角。林丹汗幾次正面硬剛打不過後金，只得規避鋒芒，選擇西遷。可是皇太極並未等起穩固下來，就已經派兵征服了他，林丹汗再次遠遁青海。
亡命青海的過程中，林丹汗收拾殘部，積極拉攏，藏巴汗等利用宗教組織聯盟，試圖再次崛起。但是很不幸，他們遇到天災人禍，嚴重缺糧，部眾幾近殺人而食，部下紛紛逃亡後金等地方。同時，為了解決糧食問題，五次劫掠明邊，造成外部環境樹敵過多，同時對後金、明廷開戰，消耗過大，最終他自己也因天花去世。
林丹汗病故後，漠北外喀爾喀的車臣汗碩壘，基於同宗，致函額哲，希望他移帳漠北。林丹汗的遺孀們及他的兒子額哲率領餘部自青海大草灘返回河套地區，但是還在糾結之際，就被皇太極大軍俘獲，察哈爾徹底滅亡。
至此，後金統一了察哈爾、漠南和遼東蒙古，以及科爾沁，漠北七部、鄂爾多斯和瓦剌四部仍然維持。
