太平洋戰爭時期美國海軍潛艇部隊對日本海上交通線的成功破壞，其中有一個重要的因素，就是以“超級機密”為代表的盟軍情報機構對日本海軍航運密碼的破譯與解讀。不同於“超級機密”情報在盟軍北大西洋反潛護航戰中的知名度，在很長的一段時期，這個重要因素對於日本海軍反潛護航作戰失敗的作用被忽視了。
今天人們一提到太平洋戰爭時期的情報戰與密碼戰領域，絕大多數人的腦海中會第一時間想起在日本海軍密碼被盟軍破譯以及其對中途島海戰與擊落山本五十六座機的影響之類的案例上。鮮為人知的是，其實情報戰因素在太平洋戰爭時期日本保護海上交通線作戰失敗中也產生過重大影響
太平洋戰爭時期，日本海軍使用的密碼種類有很多種，其中最主要的就是著名的D密碼，也就是美國海軍稱為JN-25的海軍密碼。除了D密碼之外，日本海軍還有一種S密碼，也是就商船密碼（因為日本商船經常使用某某丸的名稱，所以該密碼又稱為丸密），美國海軍則稱為JN-39密碼。
此外，日本陸軍也有一種海運密碼，主要用於管理日本陸軍徵用的商船（就是所謂的A船）運輸活動，美國海軍將其稱為WTC-2468密碼。7以上三種密碼，再加上1943年3月1日之後開始啟用的JN-11密碼，1構成了太平洋戰爭時期日本海軍用於保護海上交通線的反潛護航作戰通訊時使用的主要密碼。考慮到太平洋地區的地理空間過於遼闊，美軍潛艇部隊由於兵力限制，無法時刻監控所有的海域。因此，要準確引導潛艇攻擊日本海上交通線，其中的重要前提條件就是獲得日本護航船隊的準確位置，以便美軍能夠集中兵力加以應對。
太平洋戰爭爆發之前，美日兩國就開始了激烈的秘密情報戰與密碼戰。2早在1920年，美國情報機構“黑室”的負責人亞德利就破譯了日本的外交密碼。這使得美國方面提前掌握了日本政府在1922年華盛頓會議期間談判的底線，成功地迫使日本政府在《華盛頓海軍條約》簽字，將日本海軍艦艇總噸位限制在美國海軍的六成水平。
1940年9月，美國陸軍通訊情報處處長威廉·弗裡德曼，經過20個月的努力，依靠日本一向認為不可能破譯的“紫密”密碼機（日本外務省一直使用的九七式密碼機）原型，終於破譯了日本外務省的外交密碼。在當時的陸軍情報處長安德森將軍的提議下，美國方面決定使用“魔術”這個代號來表示這種密碼的全部破譯工作。正是在“魔術”的幫助下，美國對於日本外交電報內容瞭如指掌，洞悉了日本方面在美日談判問題的上的底牌。
1941年1月20日，美國海軍情報人員偽裝成海關人員，以檢疫與檢查可卡因之類的違禁品為名，登上了駛進舊金山薩克拉門託河口裝載石油的日本油船“日新丸”號，強行拿走了位於船長室保險櫃裡面的《船舶密碼本》等機密檔案，並將其複製了一份。由於《商船密碼本》是由日本海軍編制、分發以供戰時或緊急情況下海軍與商船之間秘密通訊使用的機密檔案。因此，獲取這些密碼本不僅使得美國海軍瞭解日本海軍密碼的特點，還成為日後破譯保密程度更高的密碼所需的重要資料。
珍珠港事件之後，美國海軍太平洋艦隊情報部無線電通訊部門與美國海軍作戰部下設的密碼破譯機構——海軍通訊辦公室工作。該部門由美國海軍著名的密碼專家約瑟夫·羅徹福特海軍中校領導，主要任務就是破譯日本海軍在1940年底新啟用的D密碼。61942年1月20日，美國海軍在澳大利亞北部的達爾文港外海擊沉了一艘日本潛艇伊-124號。美軍潛水員從海底的潛艇殘骸中獲得了日本海軍密碼本，其中就包括了《戰略密碼本》、《戰術密碼本》、《商船密碼本》等絕密情報資料1這個收穫對於美國海軍太平洋艦隊情報部的密碼破譯工作幫助很大。
至1942年4月中旬，該部門終於破譯了日本海軍的D密碼，提前掌握了日本海軍下一步的進攻方向，為美國海軍獲得1942年5月的珊瑚海海戰與6月的中途島海戰勝利奠定了堅實的情報基礎。1然而日本人並沒有想到，不僅是日本海軍的D密碼已經被盟軍破譯，日本商船使用的S密碼（JN-39）很快也會被破譯。
太平洋戰爭爆發之後，直到1942年為止，日本商船隊一直都在使用與外交密碼（早已被盟軍破譯的“紫密”）一樣並不十分安全的JN-39密碼。1942年9月，JN-40密碼取代了之前的JN-39密碼，並在兩個月後的1942年11月被美軍破譯。JN-40密碼的成功破譯，使得美軍獲得了日本商船隊的航海情報，掌握了日本商船隊的活動規律。
具體來說，這些情報的內容包括了護航船隊在出發地港口的編成、護航船隊中每艘商船的名稱、護航兵力的組成、預定經過的航線與最終目的地等資訊。更為重要的是，每個護航船隊都接到指示，每天必須在特定時刻（早上8點與晚上8點）兩次報告船隊的位置。此外，護航船隊的指揮官、各船船長與護航船隊目的地港口的港務部長，以及其他對護航船隊提供適當保護的水面艦艇和護航部隊相關的單位，都獲得了緊急情況下護航船隊航線變更計劃與每個護航船隊的預定航線情況，所有這些資訊都透過無線電通訊的方式傳達。
1943年3月1日，當JN-40改為第二版時，與之並行使用的JN-11密碼也被引入護航船隊通訊體系。其理由是,在這之前使用的商船密碼缺乏可靠性，加上外交密碼的使用，加劇了通訊網路的負擔。在此之後，日本商船隊的無線電通訊絕大部分都採用JN-11密碼，其餘的潛艇與小艦艇則繼續使用JN-40密碼。JN-11密碼的啟用，給了盟軍密碼專家以極大的驚喜。當時已經明確證實，JN-25密碼加密表的加密數字均為三的倍數。這大概是因為這個新系統也被認為使用了類似的附加的、相同的密碼錶。
盟軍密碼專家透過相關研究，結果發現了以下特點：JN-11密碼的第一個版本JN-11A，使用的是（三的倍數加一)的四位數字組合的密碼錶。也就是說，JN-11密碼雖然不像JN-25那麼重要，但從盟軍密碼專家的角度來看，同時期進行的對日本陸軍商船密碼WTC-2468的破譯，對於JN-11密碼的破譯有著極大的益處，兩者可以相互補充對照。透過破譯WTC-2468密碼，也可以同時破譯JN-11密碼，雖然兩者的原理不太相同。
但是，盟軍密碼專家根據破譯與對比兩份電信原文中出現的同一艘潛艇埋伏的位置和時間，就可以準確地告訴破譯人員答案。而且透過破解JN-11密碼，一旦確立了破譯方法,密碼本的複寫作業要比JN-25密碼簡單。因為JN-11的密碼數僅是JN-25的八分之一。因此，之前破譯JN-25密碼的方法僅僅需要最小限度的調整，就能夠適用於破譯JN-11A密碼。就這樣，到1943年早期為止，與日本海軍商船相關的龐大密碼體系都被盟軍破譯了。
除了日本海軍商船密碼之外，還有一種新的密碼（WTC-2468）於1942年12月1日正式採用。這種密碼採用四位數字的密碼錶，主要用於與日本陸軍徵用的商船進行通訊聯絡。但是這種密碼有一種致命的缺陷：即對這個密碼機的字盤輸入時需要進行兩次不同的加密。
由於盟軍從沉沒的日本陸軍運輸船中獲得了密碼本，所以WTC-2468密碼於1943年5月被盟軍破譯。4該密碼由於使用無限亂數表，所以被日軍認為不可能破譯，然而其被盟軍破譯的原因如下：其一，該密碼的原理與德軍的“恩尼格瑪”類似，後者早已被波蘭的密碼專家解讀。因此，盟軍可以透過參考“恩尼格瑪”的破譯方式，來破譯WTC-2468密碼。其二，WTC-2468密碼主要用於商船隊的通訊，因而不可避免地涉及到了商船的位置資料，例如地理上的經緯度，所以很容易被破譯。
其三，是密碼使用者的懶惰原因。其為了圖方便，將亂數表的符號位置保持在3-4周之內。本來，密碼中的亂數，如果是一次性的使用，就變成無限亂數，但如果反覆使用，就不再是無限亂數，因而變得有規律性。因為亂數表的符號位置在3-4周之內一直使用，這就給麥克阿瑟將軍下屬的情報部門提供了破譯原文的線索。
其四，美國陸軍情報部門在研究了與美國陸軍運輸相關的資訊基礎上，事先研究了與日本陸軍運輸相關的專有術語，在此基礎上破譯了WTC-2468密碼。此外，該密碼被破譯還有其他的原因，例如日本海軍徵用的商船（B船）與日本陸軍徵用的商船（A船）經常混編在同一個護航船隊中，所以陸軍徵用的商船與海軍徵用的商船，經常同時向海軍護衛司令部與陸軍船舶司令部發送同樣內容的電報，前者一般使用JN-25或者JN-11密碼，後者則使用WTC-2468密碼。電報的內容，主要是護航船隊中商船每天正午的位置、速度、方向等資料資訊。
所以，一旦日本海軍的JN-11密碼被破譯，盟軍就可以根據同樣內容的電報，以此為參考，進而破譯日本陸軍的WTC-2468密碼。另外，隨著太平洋戰爭後期美軍開始反攻，日軍佔據的島嶼逐漸被美軍攻克，美軍在攻佔日佔島礁後，往往可以搜尋到尚未被日本陸軍銷燬的密碼本，從而破譯日本陸軍的密碼。
因此，隨著日軍航運密碼逐漸被盟軍破譯，從1943年開始，美軍潛艇在準確情報引導下，對日“無限制潛艇戰”開始漸入佳境。透過破譯日本商船密碼，美軍可以在太平洋的茫茫大海中與日本船隊進行準確接觸，並向美國潛艇下達指令。美軍潛艇部隊得到日本船隊的大致位置情報後，在附近起飛偵察飛機確認其位置，3-4艘潛艇採用“狼群戰術”，提前將潛艇部署在適當的海域，以便在日軍護航船隊的必經航線上進行伏擊。其中一個典型例子，就是1944年4月末至5月初，發生在新幾內亞西部地區附近海域的“竹”號護航船隊連續被襲擊。
1944年4月14日，麥克阿瑟將軍的西南太平洋戰區司令部情報部門，透過“超級機密”情報得知日軍即將向新幾內亞地區大舉增援，抽調自中國戰場的日本陸軍第32師團與第35師團，將從上海乘船出發，一起開赴新幾內亞西部地區進行部署，強化這第一地區的防禦體系，以便阻止盟軍沿著新幾內亞地區的反攻。
這個情報被及時轉發給美國海軍第七艦隊潛艇部隊。因此，美軍潛艇得以提前部署在日軍護航船隊必經的海域，等待獵物送上門來。1944年4月21日，“竹”號護航船隊從上海出發，經過菲律賓附近海域南下，前往新幾內亞西部地區。新幾內亞西部地區的陸軍第32師團主力與第35師團一部。整個護航船隊由海防艦“倉橋”號、第22號、第23號、佈網艦“白鷹”號、驅逐艦“藤波”號、“白露”號、“朝風”號等12艘艦艇擔任護航任務。第6護衛船隊司令部的指揮官梶岡定道海軍少將負責指揮。24月26日黎明時分，“竹”號護航船隊在呂宋島西北附近海域遭到了美軍潛艇的攻擊，“第一吉田丸”號被擊沉，其搭載的步兵第210聯隊主力與船舶炮兵聯隊的3800人中，共有2700人陣亡。
34月27日，護航船隊進入菲律賓馬尼拉港休整，並增加了來自第三南遣艦隊的2艘驅潛艇（第37號、第38號）與來自聯合艦隊的1艘驅逐艦“五月雨”號，強化了護航兵力。當初計劃前往棉蘭老島的第32師團，改為部署在馬尼拉。
5月1日，搭載第32師團的“竹”號護航船隊從馬尼拉港出發，經過蘇祿海與蘇拉威西海繼續前往新幾內亞西部的哈馬黑拉。美軍透過“超級機密”情報，再次掌握了“竹”號護航船隊的準確動向，並再次調集潛艇部隊前往攔截。
5月6日，“竹”號護航船隊在蘇拉威西海東南部再次遭到了美軍潛艇的猛烈攻擊。搭載第32師團司令部與步兵第212聯隊本部的“天津山丸”號、搭載第35師團各部“亞丁丸”號、搭載第35師團步兵220聯隊主力的“但馬丸”號先後被擊沉。三艘船隻的沉沒，其搭載的人員中，大約8000人陣亡，其餘6000人被其他艦船救助，不過大量物資隨船沉沒。遭受極大損失的“竹”號護航船隊，被迫在邦加錨地進行躲避。
5月8日，“竹”號護航船隊從邦加再次出發，並於5月9日平安抵達瓦市裡港。1滯留菲律賓的第35師團則由日本海軍聯合艦隊的驅逐艦陸續分批向新幾內亞西部地區運輸。“竹”號護航船隊在美軍潛艇的連續襲擊下慘重損失，是太平洋戰爭時期美軍潛艇在“超級機密”情報引導下重創日本護航船隊的典型戰例。
第32師團與35師團的兵力在運輸過程被大幅削弱：第32師團的9個步兵大隊只剩下5個，4個炮兵大隊只剩下一個半，第35師團只剩下4個步兵大隊能部署在哈馬黑拉島，炮兵部隊幾乎全部損失。這些損失直接導致了日軍防守新幾內亞西部地區的計劃徹底失敗，日本大本營制定的“絕對國防圈”防線出現了一個大窟窿。其背後同時也凸顯了日本海軍反潛護航作戰情報戰的失敗。
1944年6月初，為了調查“竹”號護航船隊連續遭受美軍潛艇襲擊的原因，日本海軍派出了相關人員到馬尼拉進行調查。調查的最終結論是護航船隊的通訊密碼沒有洩露，船隊遭受美軍潛艇襲擊的原因是敵軍在馬尼拉潛伏的間諜傳送的情報。
因此，基於此種錯誤判斷，日本海軍沒有變更相關密碼，這就為美軍潛艇繼續破壞日本海上交通線提供了便利條件。令人諷刺的是，直到戰爭結束，日本海軍都不知道其商船航運密碼其實早已被盟軍破譯了。
