一般而言，RTO自動補新風主要在下述幾個過程：
（1）燃燒室溫度一直高於設定值時，新鮮空氣風門會自動增加稀釋空氣量；
（2）風管壓力低於設定值時，新鮮空氣風門會自動調節以調整風管內壓力維持在設定的範圍內；
（3）RTO出口氧含量一直低於設定值，新鮮空氣風門會自動調節以增加RTO出口氧氣含量。
另外，RTO氧化室在升溫階段（0～750℃）時，旁通風機和閥門開啟，新風閥門開啟，進氣閥門關閉，助燃風機、霧化分級、水迴圈泵開啟。當RTO氧化室的溫度達到 750℃以上，並延時後旁通風機和旁通閥門、新風閥門自動關閉，主進氣閥門自動開啟引入廢氣開始氧化工作。
當RTO氧化室平均溫度達到 870℃及以上時，燃燒器熄火，旁通風機和閥門自動開啟車間廢氣進入末端應急活性炭吸附裝置；當氧化室溫度下降至 750℃時，燃燒器自動點火。
RTO進氣管路安裝了可燃氣體監測裝置用來實時監測進氣濃度，系統進氣階段應嚴格控制進氣濃度在5%LEL~20%LEL，如出現進氣濃度超高則在控制面板上將新風閥門調至手動狀態並開啟，補充新風控制廢氣濃度在上述要求範圍之內直至蓄熱室溫度穩定在820℃，方可將新風閥調至自動狀態。
如果有機氣體濃度達到 25%LEL 以上時RTO系統會依次執行以下操作：關閉主進氣閥門、開啟新風閥門、開啟旁通風機和旁通閥門、燃燒器熄火進入降溫階段，廢氣經過活性炭應急吸附裝置處理後25米高空排放，確保RTO系統安全執行。
（即檢查廢氣進氣濃度，若車間在短時間內大量排放廢氣導致廢氣濃度瞬時過高，會導致焚燒爐內因急劇的氧化反應造成溫度過高報警，這種情況下應及時開啟新風閥通入 新鮮空氣稀釋廢氣濃度。）從上述也可知，其實補新風會影響RTO的基準氧含量數值。
