隨著基因測序技術的發展，癌症已成為目前基因測序的第一大市場。基因檢測的好處顯而易見，為患者制定個體化治療方案提供了參考依據。然而，基因檢測的結果並非金標準，有可能存在錯誤，如果用一份並不準確的檢測報告去指導患者用藥，那結果可能是不容樂觀的。今天我們給大家分享一篇《JTO》雜誌的報道，講的是MET基因14號外顯子測序錯誤的問題。
圖1.MET基因14外顯子跳躍突變假陽性報道
基因檢測有兩類錯誤，假陰性和假陽性。
假陰性錯誤：基因突變沒測出來
假陰性是指，腫瘤裡存在基因突變，但是沒測出來。造成這種情況一般有兩個原因：
- 第一：患者的樣本有問題，比如，穿刺腫瘤時沒取到足夠的癌細胞；或者如果採取血液檢測，患者進行了化療後，血液裡有大量的正常細胞基因碎片，干擾了腫瘤細胞的基因片段訊號。
- 第二：基因測序技術的問題，基因檢測公司生物資訊分析能力弱，沒有對檢測結果進行全面的準確的解讀，這種情況在規模較小的基因公司比較常見。
假陽性錯誤：無中生有
假陽性是指，患者本來不存在某種基因突變，但是檢測報告卻給出了基因突變的型別，還推薦了靶向藥物。這種情況一般也有兩個原因：
- 第一：基因測序公司根本沒有進行檢測，只是根據患者的病情特點，偽造了一份基因檢測報告。只要去進行檢測的患者，都“存在”突變，都有藥可用，“皆大歡喜”。 這是一種極為惡劣的做法，部分唯利是圖的公司，利用患者急於求醫問藥的心理，昧著良心賺錢，不僅讓患者白花錢，更嚴重的是耽誤了患者的後期治療。 曾遇到一位40多歲的肺癌患者，她所檢測的10個基因裡竟然有6個基因都存在突變，其中包含KRAS基因。當時諮詢了北京一家知名醫院的專家，專家根據檢測報告建議直接使用昂貴的進口藥物。患者表示懷疑，因為根據基本的腫瘤基因突變常識，一個腫瘤不可能存在那麼多的驅動基因突變。 經過考慮，患者在另外兩個知名度較高的基因公司進行驗證性檢測，結果之前的六個基因一個都沒有檢測到，只存在EGFR基因的20外顯子插入突變，也就是最開始的那份基因檢測報告是偽造的。如果沒有後面的驗證性檢測，患者直接去購買昂貴卻不對症的藥物，即使傾盡了家產也無法醫治。
- 第二；同樣是測序技術的問題，一份正規專業的基因檢測結果也並非完全就是真相，可能只是接近了真相而已。在檢測過程中，由於檢測樣本或其它原因，會造成誤差，這樣也有可能產生錯誤的結果。比如下面《JTO》雜誌報道的MET基因14號外顯子跳躍突變就是這種情況。
MET基因14外顯子跳躍突變
Oncomine DxTT採用的是第二代基因測序技術，被美國FDA批准進行肺癌治療前的相關診斷，已經在全球範圍內使用。在568個被Oncomine DxTT測序技術檢測的樣本中，研究者選擇了50個樣本進行重複檢查。這50個樣本中，有26個被Oncomine DxTT判斷為MET基因14號外顯子跳躍突變陽性，24個被Oncomine DxTT判斷為MET基因14號外顯子跳躍突變陰性。對這50個樣本，又使用了Archer MET和RT-PCR技術進行驗證檢查。Archer MET是一種伴隨試劑盒，用來檢測MET基因14號外顯子跳躍突變。RT-PCR是一種實驗室傳統的分子檢測技術。
圖2. 三種檢測技術的結果比較
結果表明，Archer MET和RT-PCR檢測結果是一致的，但是有8份樣本的檢測結果與Oncomine DxTT存在差異。用Oncomine DxTT技術檢測，這8份樣本“存在”MET基因14號外顯子突變，但是Archer MET和RT-PCR驗證檢測的結果卻是陰性。Oncomine DxTT是被美國FDA批准的應用到全球的二代基因測序技術，竟然也會出現這種錯誤，在有的患者裡，“無中生有”，測出了本不存在的MET基因14號外顯子突變。這個問題可能是由於Oncomine DxTT剪接供體位點的均聚錯誤引起來的，這裡技術術語比較複雜，有興趣的朋友可以下載參考文獻瞭解更多。
圖3. 二代基因測序技術假陽性的可能的原因
基因檢測的結果只能是參考，不要絕對化
由於國內基因檢測市場魚龍混雜，基因測序公司水平良莠不齊，MET基因14號外顯子測序錯誤，應該會更常見。我們不能否定第二代基因測序技術的價值，但是也不要將檢測結果絕對化，無論多先進的技術都有出現誤差的可能性，何況還有很多無法掌控的因素。患者在確定使用靶向藥物之前，要謹慎對待首次的基因檢測報告結果，可以考慮進行驗證性檢測，以確保準確性。更多基因檢測知識，歡迎大家來癌度app交流學習。
參考文獻：Takashi Teishikata, MD, et al., An Alert to Possible False Positives With a Commercial Assay for MET Exon 14 Skipping，Journal of Thoracic Oncology Vol. 16 No. 12: 2133–2138
