抗凝藥物的副作用包括：口腔出血、皮下瘀斑、骨質疏鬆，從而產生自發性骨折。肝素還可能引起皮疹、發熱等一些過敏反應，肝、腎功能不全等。
臨床常用的抗凝血藥物是華法林鈉、新型口服抗凝劑及肝素類等，功能及副作用如下：
1.華法林是傳統抗凝治療的首選藥物，臨床上常應用於包括心臟瓣膜病、房顫、肺動脈栓塞、下肢靜脈血栓及心臟瓣膜手術後、靜脈濾器置入術後的抗凝治療。最常見的副作用是會引起自發性出血，輕度出血一般表現為口腔出血、皮下瘀斑、血腫、鼻出血、呼吸道出血等等，如果是重度出血，那麼會表現為腦出血、腹腔出血等等。
2.新型口服抗凝藥，包括利伐沙班、達比加群酯等，達比加群酯可用於非瓣膜性房顫患者卒中和全身血栓栓塞的預防，利伐沙班用於預防髖關節置換手術、全膝關節置換手術後血栓形成及下肢深靜脈血栓的治療。新型口服抗凝藥依然有出血的副作用，但相比華法林出血風險低。
3.肝素類，臨床上常應用於血栓性疾病的抗凝治療及血液透析、各種導管置入術的的預防血栓形成。肝素可引起出血。連續應用肝素這類抗凝血藥物3個月～6個月，會引起骨質疏鬆，從而產生自發性骨折。肝素還可能引起皮疹、發熱等一些過敏反應，肝、腎功能不全，有出血傾向、消化性潰瘍、嚴重的高血壓患者和孕婦都禁止使用。
3、抗凝藥物是指臨床上預防和治療血栓性疾病的藥物，主要用來防治血管內栓塞、血栓、中風等形成的疾病，也常用於外科手術、整形外科術後防治靜脈血栓，也可以用於防止體外迴圈發生凝血等。
