MEMS的製造是從半導體器件製造中的工藝技術發展而來的，即基本技術是材料層的沉積，透過光刻（photolithography）和蝕刻（etching）以形成所需形狀的圖案。
矽材料
消費電子產品中大多數積體電路在使用矽（silicone）材料。MEMS的應用藉助了已經規模化、廉價的高質量材料，合併了矽基電子產品的功能，發展比較迅速。另外，矽還有單晶形式，是一種幾乎完美的胡克材料（Hookean material），這意味著當它彎曲時，幾乎沒有滯後，因此幾乎沒有能量耗散。除了實現高度可重複的運動外，矽非常可靠，因為矽幾乎不疲勞，使用壽命可達數十億至數萬億次，而不會破裂。特別是在微電子學和MEMS領域，基於矽的半導體奈米結構越來越重要。透過矽的熱氧化製造（thermaloxidation of silicon）的矽奈米線在電化學（electrochemical ）轉化和儲存方面，包括奈米線電池和光伏系統中，引起了人們的進一步關注。
聚合物材料
即使電子工業為矽工業提供了規模經濟，但結晶矽仍然是一種複雜且生產相對昂貴的材料。另一方面，可以大量生產具有多種材料特性的聚合物。MEMS裝置可以由聚合物透過諸如注射成型（injection molding），壓紋（embossing）或立體平版印刷術（stereolithography）的方法制成，並且特別適合於微流體應用，例如一次性血液測試盒(disposable blood testing cartridges)。
例子：採用化學氣相沉積（CVD）技術把聚對二甲苯（Parylene）製造成結構輕薄的薄膜結構元器件。聚對二甲苯以其化學惰性、電阻率、低透溼性和公認的生物相容性而聞名。幾十年來，聚對二甲苯塗層已經作為電子產品的防水絕緣材質在惡劣環境中廣泛使用，這一類別越來越多地包括生物醫學植入物。聚對二甲苯還表現出低的固有應力、光學透明性、機械柔韌性以及與幾種標準微加工工藝的相容性，因此，在基於聚合物的生物醫學微機電系統（bio-MEMS）的增長領域中，聚對二甲苯已被用作結構材料。
（連結：http://biomems.usc.edu/research.html）
金屬材質
金屬也可以用於製造MEMS元件。儘管金屬在機械效能方面不具備矽所顯示的某些優勢，但在其限制範圍內使用時，金屬可以表現出很高的可靠性（high degrees of reliability）。金屬可以透過電鍍（electroplating）、蒸發（evaporation）和濺射工藝（sputtering processes）沉積。常用的金屬包括金（gold）、鎳（nickel）、鋁（aluminium）、銅（copper）、鉻（chromium）、鈦（titanium）、鎢（tungsten）、鉑（platinum）和銀（silver）。
