尚不明確，可能與感染、遺傳、免疫三個方面的因素有關。精神刺激、飲食因素和不衛生習慣可誘發病情加重。
目前尚無特殊療法，無論藥物或者手術都無法對該病進行根治，一般採用支援療法和對症治療。本病於1932年由Crohn等人最早描述，因此被世界衛生組織命名為克羅恩病(以前叫克隆病)。過去曾名“侷限性腸炎”、“肉芽腫性腸炎”。本病多見於年青人，病變可發生於消化道(自口腔至肛門)的任何部位，但以末段迴腸和右半結腸最多見。
關於致病因素以往認為有感染因素、遺傳因素和免疫因素等。現在有一些學者認為，炎症性腸病的發生是由於內源性的細菌。病變可累及從口腔到肛門的消化道各部分，但以迴腸、結腸最多。也可發生面板的轉移性病變，表現在會陰部、腹股溝和手術後腸瘻口附近，主要為面板潰瘍，面板活檢可見肉芽腫性炎症，其他的面板病變有壞疽性膿皮病、結節性紅斑、體質性溼疹、口腔和外生殖器潰瘍。
