東林黨的出現，始於明朝萬曆皇帝執政末年。最初，在依從縉紳地主集團的意願，清理掉張居正的殘餘力量後，萬曆皇帝非但未能親政，反而面臨自己與縉紳地主集團的直接對抗的局面。僅憑皇帝一人，顯然是無法對抗縉紳地主的巨大勢力的。不僅無法對抗，連萬曆皇帝自己的性命都堪憂。面對這一局面，萬曆皇帝只能選擇避其鋒芒，裝腿病，躲在深宮不上朝。這一下就持續了三十餘年。
後世只道萬曆皇帝不上朝，是荒淫無度，耽於淫樂，其實萬曆皇帝那實在是不得以之舉。而在古今歷史上，能逼得皇上裝病保命的，也就只有明朝這個縉紳集團了。
萬曆皇帝不上朝，給了縉紳集團進一步為所欲為的機會。它們的權勢愈變愈大，乃至形成黨派。此時形成了宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等多個黨派。這些黨派都是頂層縉紳按地域而形成了小集團。這幾股力量之間相互傾軋，爭奪權勢，並藉助所爭得之權勢為禍鄉里，直逼得老百姓把地變成地主的私田，而老百姓則變成地主的佃戶。
並不是所有人都從這場爭鬥中得了便宜。眼見自己奪權不利，一部分憤懣的縉紳重又組成一個新黨，史稱東林黨。東林黨是由一群地方富豪組成的。他們或有城市工商業背景，或有鄉村地主背景。而其後之復社在這一點則表現得愈發明顯。據小野和子統計，復社絕大多數成員都來自經濟發達地區，且多以養蠶、絲織業為自身之經濟倚靠。
東林黨自一開始便具有極為強勁的自我意識，有強烈的價值主張。他們想消滅其他黨派，一統縉紳集團。也正是因為他們有如此強烈的融合意識，所以，他們一方面反對萬曆皇帝，另一方則著力於扶持自己的政治代言人。這一點與萬曆末年發生的著名的梃擊案直接相關。
萬曆四十三年五月初四的黃昏，有一男子，手持木棍，闖進太子朱常洛居住的慈慶宮，欲刺殺太子，擊傷守門太監，太子內侍韓本用聞訊趕到，在前殿逮捕該男子。馬上有人把此事報告給萬曆皇帝，萬曆歷皇帝當即命令法司提審問罪，巡視皇城御史劉廷元按律當場審訊。
男子名叫張差，薊州井兒峪人，沒說上幾句話，就開始顛三倒四，像一個瘋子。御史再三訊問，可張差總是胡言亂語，什麼吃齋、討封，問了數小時，也沒將實情供出。審判官不耐煩把他交給了刑部定論。交到刑部後，由郎中胡士相等人重新提審。
最後，張差供出，是鄭貴妃手下太監龐保、劉成指使。
六月一日，萬曆歷皇帝密令太監將龐保、劉成處死，全案遂無從查起。一場梃擊案最後就這樣不了了之。
只不過，有一個重要資訊是，該案的苦主太子朱常洛是東林黨力保的政治代言人。所以，這一未遂的宮廷行刺的大案的幕後之主使其實很容易猜到，那就是被東林黨擠壓，不得不極力反對東林黨的其他縉紳黨派。而所謂的鄭貴妃、太監龐保和劉成等，不過是這些黨派推到前臺的替罪羊罷了。需知一旦朱常洛登臺，反對東林黨的其他黨派都將遭受重創。
萬曆皇帝崩後，朱常洛繼位，史稱泰昌帝。扶植朱常洛的東林黨也隨之上臺。東林黨上臺後，即對其他黨派開展政治清洗，導致其他黨派不得不抱成一團，形成了一個反東林黨的政治聯盟。這在後來引發了紅丸案。
泰昌帝新君繼位後，登基僅十天，也就是八月初十日，就一病不起。於是，掌管御藥房的崔文升入內為皇帝看病。他原鄭貴妃宮中的內醫。他本應用培元固本之藥，卻反用去熱通利之藥，使泰昌帝腹瀉不止。
此後鴻臚寺丞李可灼又自稱有仙丹妙藥可治帝疾。對他的藥大臣們大多不主張皇帝服用。而泰昌帝懼怕死亡，決計服用。初服一丸，四肢和暖，思進飲食，再服一丸，於次日凌晨即亡。
這個藥丸為紅色，故稱“紅丸”。它以鉛為主，以參茸為副，兩丸服下，導致本已元氣大傷的皇上的元氣提出，成為脫症。
泰昌帝之死究竟是什麼，始終沒有解釋。“紅丸案”遂成為明宮疑案之一。
此案其實也很容易解釋。泰昌帝朱常洛在此事件中被毒殺，而幕後之主使當顯然反東林黨的政治聯盟。所以，梃擊案與紅丸案其實是兩個派別鬥得你死我活的兩個標誌性事件。而這兩個標誌性事件都是圍繞一個人展開的，那就是由東林黨推出的代言人泰昌帝朱常洛。
朱常洛死後，天啟皇帝朱由校繼位。天啟皇帝為了壓制勢頭巨大的東林黨，任用魏忠賢，並支援由魏忠賢組建閹黨。閹黨實為皇權與反對東林黨的其他黨派聯合組成的一個政治聯盟體。於是，在明朝末年，在閹黨與東林黨之間，形成了一個對立的政治格局。
閹黨在天啟皇帝的支援下，對東林黨開展清洗。閹黨所用之手段極為殘酷，欲置東林黨於死地。但令人奇怪的是，在閹黨的大力鎮壓下，晚明的政局竟漸有中興之氣象。不僅東北的戰事得到平定，乃至於取得了“寧遠大捷”，南方多年不納的稅款也開始收得上來了。國內更是趨向太平穩定，一片漸趨繁榮的景象。
然而，不久之後，天啟帝離奇落水，得病死亡。
當時，天啟皇帝與在魏忠賢等人的陪同下，去西苑泛舟，卻被一陣狂風颳翻了小船，不小心跌入水中，差點被淹死。雖被人救起，經過這次驚嚇，卻落下了病根，多方醫治無效，身體每況愈下。後來尚書霍維華就進獻了一種名為“靈露飲”的“仙藥”，因其味道清甜可口，朱由校便天天飲用，以致得了腫脹病，逐漸渾身水腫，最終臥床不起。
這事其實也很好理解。誰想破壞閹黨的根基，誰就是這事的主謀。而這一線索直接指向東林黨的繼位者復社。
受復社之鼓動，繼位的崇禎皇帝反過來開展了對閹黨的清洗。這一清洗使得閹黨及黨同在其側的各大集團遭受重創。
崇禎皇帝採用這一政治策略，本想與復社形成政治聯盟。但是，他又不只想成為復社之傀儡，而是有自己的政治主張。劉宗周曾勸他說：
“陛下求治之心，操之太急。醞釀而為功利，功利不已，轉為刑名；刑名不已，流為猜忌；猜忌不已，積為壅蔽。正人心之危，所潛滋暗長而不自知者。”
此言中所謂“求治之心，操之太急”云云，便是在說崇禎皇帝過於有自己之主張，不聽從復社所代表之政治勢力的想法，不願成為臺前的傀儡。
雙方因此而產生裂隙。而在雙方之磨合不能完成的情況下，崇禎皇帝終於還是走了天啟的老路，以溫體仁代周延儒，行閹黨壓制東林之故事。
雙方之隔閡也因此日深。此事在多件事上可以見到蹤跡。
第一是南遷問題。當時明廷已岌岌可危，崇禎皇帝想要向南遷都。於是，他找來文臣們商量。但文臣根本不想再把崇禎當皇帝，而是想他死在李自成或清軍手裡。所以，文臣都不贊同這個想法。結果，崇禎只能坐困紫禁城，並最終在無奈之下吊死在煤山。
第二是籌集軍餉問題。當時，因為軍費緊張，崇禎皇帝找文臣們商量，請他們捐一些錢上來。結果這些縉紳地主不願出錢，紛紛說自己家貧無財。結果，後來李自成進京後，大加拷略，竟從這些人家中搜出鉅萬之財。
第三是弔喪問題。崇禎皇帝死後，前往哭臨的不過二三十人，而皇帝的梓宮發引時，唯有太子與二王前往東華門送行，“百官無一執紼者。”相反，宮中的太監卻有數十人紛紛請求給崇禎守陵。當時，李自成的人看到這個情況，都不禁感慨嘆氣。
所以，崇禎皇帝在吊死煤山前大喊：
“文臣個個可殺”。
這句話確非虛言。東林黨人所代表之縉紳集團實為導致明廷覆滅之罪魁禍首，而他們所作之道德文章皆是荒謬的歷史反諷。
據史載，天啟皇帝在臨終時曾對崇禎皇帝有一番囑託。天啟皇帝曾謂：
“（忠賢）恪謹忠貞，可計大事。”
想來，天啟皇帝非不知閹黨之禍，奈何在此亂局下，唯一的維持之道系保持局面上的平衡。可惜崇禎皇帝沒有聽從天啟皇帝的遺言，乃至於明廷終於走向覆滅。
日後，明朝覆滅後，清初著名的五先生之一的朱舜水曾反思道：
“明朝之失，非韃虜能取之也，諸進士驅之也。”
這句話的意思是，明朝的失敗，不是因為清軍進攻所致，而是因為縉紳地主的貪得無厭所致。這句話真深中時弊也！
