這個女人跳下山崖身負重傷，之後又求男人殺了自己，而男人不救她，卻在一旁挖了一個大大的土坑，將女人放了進去，這是想要將她活埋，而這個女人是他的未婚妻，究竟是什麼原因，能讓他下此狠手呢?北平鎮上的警察馬多餘40多了還沒有沾過女人的身子，為此他花了幾十塊大洋，從隔壁的半截溝領回來一個女人巧妹，剛回到鎮上，百姓們就告訴他剛才土匪來過，他們殺了過路的商人，還將他們的心臟掏出來示威，把百姓們嚇得大氣也不敢喘，馬多餘自知鬥不過那群土匪，就讓百姓們把人埋了，然後準備和巧妹拜堂成親。在兄弟二喜的催促下，巧妹不得以和馬多餘拜了堂。
這時，有人突然進來報信，水井那邊又有人死了，等到馬多餘趕到時，一個人用僅剩的一口氣告訴他殺他的是一個後生，出槍又快又狠，而這個後生就是柱子。他是一個逃兵，聽說師長派了三個人送金條，他就一路尾隨殺了他們，然後拿走了金條，可奈何金條太重，柱子就拿了一根，剩下的都藏了起來。之後他來到北平鎮找到了巧妹，巧妹對他的到來十分驚訝，他們小時候定過娃娃親，只是後來柱子去參軍了。她等了五六年，因為父母雙亡，不得以就把自己賣給了馬多餘，巧妹並不想跟他走，因為她已經和馬多餘拜堂了，但柱子不聽，強行將她放到馬背上帶走了。
馬多餘回來後發現巧妹不見了，從百姓口中聽說是被一個後生帶走的，他和二喜根據馬蹄印很快就追了上來，最後他們在一處隱蔽的地方發現了抱在一起的兩人，馬多餘將柱子銬起來，連同巧妹一起帶了回來，柱子掙扎時金條掉出了來，馬多餘問他是哪裡來的他也不肯說，趁馬多餘出去的時候，他反殺了二喜，裝作還活著的樣子將他吊在城門上，之後他又威脅馬多餘交出巧妹，否則就殺了二喜，馬多餘信以為真，等到柱子帶著巧妹遠走高飛時，他才發現二喜已經死了。
正當馬多餘給兄弟下葬時，一夥土匪浩浩蕩蕩地來了，要他把金條交出來，馬多餘將柱子給的金條遞給他，土匪卻說一共有200根才對，馬多餘解釋金條是柱子給的，他還劫走了他的女人，土匪顯然不信，給他10天時間，讓他把剩下的金條找回來，否則就要殺光鎮上的人，土匪走後，馬多餘也騎上了馬，說要將柱子找回來。
土匪和警察都在到處尋找柱子和巧妹，而他們此時正藏在一戶農戶的家裡，農戶給柱子包紮了傷口，還答應替他們保密，這時馬多餘找到了這裡，拿著柱子的畫像詢問，農戶說沒有見過，孩子卻說就在屋裡，馬多餘直接闖進屋裡，打算帶走柱子，可一個不留神被柱子打倒在地，腿上還被打了一槍，之後柱子準備帶巧妹離開。臨走時衝屋裡開槍警告，責怪農戶一家出賣了他，農戶一家被嚇得躲在角落瑟瑟發抖，馬多餘一瘸一拐地回到鎮子上，在沒有麻藥的情況下，讓大夫強行給他取彈包紮，剛包紮好，土匪又來問金條的下落，見金條還沒找到，就開槍打傷了大夫的腿，算是對整個小鎮的警告。
另一邊，柱子走到一半突然餓了，看到兩個小孩在放羊，就開槍打了一隻，兩個小孩害怕地想要逃跑，柱子卻毫不猶豫開槍打死一個，巧妹見狀趕忙攔住，這才救下了另一個孩子的命，柱子的改變讓巧妹心生恐懼，她不明白他為什麼殘忍地殺掉一個孩子，柱子卻不以為然，巧妹對他很失望，打算離開他。柱子將她放在馬上，又一次強行帶走了她，此時後面已經追來了三個土匪，他們也是為金條來的，柱子一槍一個，不費吹灰之力就把他們解決了。
半路上他們遇到一個老人，他殺了老人的狗，威脅他給他們弄些吃的，柱子吃飽後在床上睡著了，巧妹跑出來求老人帶她離開，否則遲早有一天自己也會被他殺了，老人一時心軟答應了，可兩人剛走，柱子就醒了，他迅速追了上去，巧妹立刻下馬求他放過老人，但柱子毫不留情的開了槍。不久後馬多餘找來了，而柱子早有預料，在門上放了一盆土，等到馬多餘一開門，就被砸了一臉，柱子想要殺了他，巧妹立刻阻攔，只要不殺他，自己就心甘情願地跟他走，柱子沒有殺他，卻把人綁在木頭上，像這樣的天氣，如果沒有人及時給他鬆綁，無疑是死路一條。
柱子帶巧妹跑了很久，巧妹一直沒有放棄逃走，她看到不遠處有一個人，就跳下馬跑了過去，柱子再次舉起了槍，只不過這次的男人不一般，他一聲口哨，召出了許多兄弟，柱子只能倉皇而逃，僥倖逃脫的巧妹在這裡居然發現了馬多餘。原來他奄奄一息之際，被路過的人救了，晚上巧妹出去上茅房，不死心的柱子竟又趁其不備帶走了她，心灰意冷的巧妹跳下了山崖，身負重傷的她求柱子殺了她。誰知柱子卻挖了一個坑，要將她活埋，這時馬多餘也跟上來了，他連開幾槍制止他的動作，之後兩人展開了激烈的槍戰，打到最後槍裡已沒了子彈，於是兩人開始肉搏，但馬多餘的力氣不敵柱子，很快就處在下風。柱子狠狠勒緊他的脖子，馬多餘動彈不得，就在這千鈞一髮之際，巧妹從坑裡爬了出來，搬起石頭狠狠砸死了柱子，柱子一死，金條的下落也就沒人知道了，那群土匪一定不會放過他們，馬多餘不願讓巧妹跟著他送死，就勸她離開，巧妹卻毅然決然的選擇跟他回去一同面對。
百姓們心急如焚，如今是十日之限的最後一天，土匪說不定馬上就到了，他們要如何是好，馬多餘決定和土匪決戰到底，百姓們被他的氣勢所鼓舞，紛紛準備好武器，設下埋伏，準備和土匪決一死戰，土匪們一進來，他們就往下扔土塊，飛揚的黃土遮擋了他們的視線，接著大家往下扔酒罈，白酒流了滿地，這時巧妹放火點燃整條街道，他們拿起所有能用的武器，與土匪抗爭，在大家的齊心協力下，所有的土匪都被抓獲。
不久後，馬多餘辭去了警察一職，帶著巧妹遠走高飛了，電影沙漠講述了兵荒馬亂的年代裡，軍隊、女人和土匪之間的愛恨情仇，賦予了人性最原始的狀態，適者生存的年代裡，只有馬多餘還保留一些人情味，他不拋棄百姓，不放棄妻子，帶領全鎮人反抗土匪，雖然其貌不揚，但他充滿了高光點，這也是巧妹最終選擇跟他的原因，可見只要人格偉大，外貌根本不值一提。
