2016年開始試點建設迄今為止，基礎科學中心專案是國家自然科學基金委員會定位最高、資助力度最大的科學基金專案。截止2020年，僅批准立項36項，資助總額高達37億元。
2021年9月，國家自然科學基金委員會組織專家，開始對新一批基礎科學中心專案進行現場考察。據不完全統計，北京大學、上海交通大學、武漢大學、合肥工業大學、華中科技大學、哈爾濱工業大學、廈門大學等多所高校官宣，該校基礎科學中心專案透過現場考察，專家組討論決定，建議立項啟動。
北京大學
9月13日，由北京大學、北京石墨烯研究院（BGI）聯合申請的國家自然科學基金委“石墨烯製備科學”基礎科學中心專案現場考察會。
專案負責人劉忠範院士彙報了“石墨烯製備科學”基礎科學中心專案的研究方向、研究內容、研究目標、團隊基礎等情況。專家組經討論一致認為，“石墨烯製備科學”專案符合國家自然科學基金委基礎科學中心的定位和要求，目標明確、意義重大，有望在石墨烯製備科學領域取得國際領先的原創性成果，培養出具有國際影響的中青年領軍人才，形成國際一流的石墨烯製備科學研究基地。依託單位與合作單位均具備充分的實施基礎和保障條件，能夠為專案的實施提供保障，建議立項啟動。
北京大學副校長黃如表示，北京石墨烯研究院是依託北大成立的新型研發機構，是探索基礎研究、工程化研究和產業化應用的重要機制創新，北京大學加北京石墨烯研究院的協同創新模式具有顯著的互補性和交叉性。北京大學將調動相關資源，為專案開展與合作提供全方位支援與充分保障，全力促進專案順利實施。
上海交通大學
9月24日，國家自然科學基金基礎科學中心專案“核酸資訊材料”現場考察會在上海交通大學舉行。
專案負責人樊春海彙報了“核酸資訊材料”基礎科學中心專案的研究方向、研究內容、研究目標、預期成果等情況，並就DNA編碼、DNA合成與DNA儲存的研究進展與成果進行彙報。專家組一致認為“核酸資訊材料”專案符合國家自然科學基金委關於“基礎科學中心專案”的定位，建議立項啟動。
上海交通大學林忠欽表示，上海交通大學一直支援原創性科技發展與創新，學校各職能部門將協同促進“核酸資訊材料”科學中心建設與發展，為專案開展與合作提供全方位支援與充分保障，全力促進專案順利實施。
武漢大學
9月25日，國家自然科學基金基礎科學中心2021年度建議立項專案“近地空間天氣多尺度過程和機理”現場考察會在武漢召開。
專案負責人、武漢大學竇賢康院士彙報了基礎科學中心專案的總體情況、研究方案、預期目標和可能取得的成果，並代表專案組承諾將按照實施方案深入開展相關研究。專家組在認真聽取專案申請人彙報、充分提問和實地考察的基礎上，形成了現場考察意見，一致建議“近地空間天氣多尺度過程和機理”基礎科學中心專案批准立項。
合肥工業大學
9月28日，國家自然科學基金委員會管理科學部在合肥組織對“智慧互聯絡統的系統工程理論及應用”基礎科學中心專案進行現場考察。
合肥工業大學黨委書記餘其俊代表學校致歡迎辭。他指出，合肥工業大學近年來各項事業快速發展，服務國家戰略需求和經濟社會發展的能力不斷提升，需求傳導型政產學研用“合工大模式”進入升級版，為經濟社會發展作出了重要貢獻。
現場考察專家組聽取了專案負責人梁樑教授的彙報。專家組經過充分討論後認為，專案團隊面向國家重大需求與國際學術前沿，取得了一批高水平研究成果，為基礎科學中心專案的設立提供了堅實的基礎；專案團隊成員之間的研究方向具有較強的互補性與協作性，研究條件和軟硬體環境良好；專案研究具有原創性，研究目標明確，研究方案可行。該專案順利透過現場考察，有望成為安徽省首個主持的國家自然科學基金基礎科學中心專案。
華中科技大學
10月12日，國家自然科學基金委員會組織專家對華中科技大學首個基礎科學中心專案“機器人化智慧製造”進行現場考察。
基礎科學中心專案負責人丁漢院士進行專案彙報，介紹了基礎科學中心的基本情況、專案研究背景與預期目標。專家組經過討論後一致認為，該專案面向學科發展前沿和國家重大需求，可望在機器人化智慧製造理論與技術方面取得重大突破，產出一批具有重要影響力的原創性成果，在5至10年內形成引領機器人化智慧製造研究的學術高地，符合基金委基礎科學研究中心專案的定位和要求，建議儘快立項啟動。期望依託單位進一步完善創新機制，全力保障專案高質量完成。
華中科技大學黨委書記李元元向基金委多年來對學校的大力支援表示感謝。他指出，華中大始終堅持黨管人才，堅持科技創新，建設世界一流大學。學校將會全力支援科學中心建設工作，並希望透過建設科學中心，培養出更多高階製造領域的領軍人才，提前謀劃佈局，進一步為推進製造強國和人才強國戰略貢獻華中大力量。
哈爾濱工業大學
10月13日，國家自然科學基金委基礎科學中心專案“高階全驅系統理論與航天器控制技術”現場考察會分別在北京主會場和哈爾濱分會場召開。
基礎科學中心專案負責人段廣仁院士彙報了專案的研究方向、研究內容、研究目標、團隊基礎等情況。專家組經過討論認為，基礎科學中心專案研究目標明確，意義重大，具有潛在應用前景，對推動我國引領該領域發展與應用具有重要戰略意義。專案研究團隊實力雄厚、結構合理、優勢互補，已經取得了一系列具有重大國際影響的研究成果。專案依託單位與合作單位具有密切相關的國家級研究平臺，能夠在科研條件、科研管理、政策支援等方面為專案的順利實施提供強有力的保障。專家組認為該專案符合基金委關於基礎科學中心專案的定位和要求，一致同意透過考察，建議專案立項，並對專案下一步的實施提出了建議。
韓傑才在線出席會議，代表學校感謝基金委和各位專家長期以來對哈工大的支援和幫助。他說，該中心是哈工大第一個、也是黑龍江省第一個基金委基礎科學中心專案，匯聚了哈工大與合作單位的優勢資源，學校非常重視該專案，一定會按照基金委的定位和要求，充分整合學校的學科優勢和人才優勢，全方位、全員、全過程支援專案實施，為圓滿完成各項研究任務提供全力保障。
廈門大學
2021年10月15日，國家自然科學基金委員會基礎科學中心專案“海洋碳匯與生物地球化學過程”現場考察會在廈門召開。
考察會上，專案負責人焦念志院士作專案彙報。該專案圍繞海洋碳匯這一國際基礎科學前沿，瞄準應對氣候變化的國家重大需求，聚焦海洋碳匯形成過程與調控機制，在團隊所提出的“海洋微型生物碳泵”原創理論的基礎上，充分發揮合作團隊學科優勢，推動海洋碳匯有關的學科間交叉融合，深入系統地研究海洋碳匯形成過程、影響和調控機理、對氣候變化的響應與反饋，建立海洋增匯理論方法與技術方案，服務國家重大需求。
經過討論後，專家組一致認為中心科研隊伍實力雄厚、合作基礎紮實，專案組成員的原創性理論得到國際學術界高度關注，具備深度交叉融合條件，專案依託單位和合作單位保障有力、實施條件完備，有望取得該領域的原創突破，形成該領域人才高地，服務國家重大需求，佔領相關領域國際發展的制高點，符合基礎科學中心專案的定位和要求，建議立項啟動。
