秦始皇三十六年(公元前211年)、天上有顆流星劃過，有塊隕石墜落在東郡的地面上不知誰在這塊隕石上面刻了幾個字:“秦始皇死後國土就會分裂”。秦始皇聽說了這件事，十分生氣，就命令御史四處查問。可是沒有人敢承認，秦始皇氣急敗壞，派人把當地的居民統統抓起來殺掉，又把隕石燒掉。事後，秦始皇整天悶悶不樂，就讓人幫他寫作《仙真人詩》，外出巡遊時，就讓樂師們演奏唱這首歌。
這年秋天，秦朝的使者在夜晚趕路，被人攔住。那個人遞給使者一塊玉璧，對他說:“今年祖龍將會死去。”使者剛要詢問緣由，那個人轉身就消失了。使者把玉璧交給了秦始皇，並報告了這件事情。秦始皇聽完，沉默了一會兒，說:“也許是個山鬼，只能預測一年之中發生的事。”退朝後，秦始皇又說:“祖龍，就是人類的祖先。”然後他命令有關官員察看這塊玉璧。這幫人仔細一看，發現這塊玉璧是8年前秦始皇外出巡遊、渡長江時不慎落入江中的那塊。秦始皇覺得不是好兆頭，就找人占卜，卦辭上說:必須遷徙，才能夠逃避災難。於是，秦始皇把 30000 家民戶遷往北河、榆中定居，並且每戶賞賜一級爵位。
三十七年(公元前 210年 )，秦始皇出巡左丞相李斯跟從，右丞相馮去疾在京都留守。秦始皇的小兒子胡亥愛玩，也要跟著去，皇上答應了，帶上他一起走。當隊伍到達平原津的時候，秦始皇染了重病。可他不願意聽別人提到死，大臣們誰也不敢提“死”字。後來病情越發嚴重了，秦始皇帝就寫了一封書信，命人送給公子扶蘇，上面寫道:“速來咸陽，辦理我的後事。”書信封好後，加蓋御印，還沒等交給使者，秦始皇就死了。
秦始皇在沙丘去世，李斯擔心各個公子和天下人知道後會發動動亂，就隱瞞了真相，沒有公佈。他們把皇帝的屍體裝進棺材，用既通風又密閉的車輛運載著，由皇上寵信的宦官們親自駕車。所到之處，在外人面前，假裝和原來一樣向皇帝進獻食物。眾地方官也和以往一樣奏事，宦官坐在車裡，審批所奏之事。
隨同秦始皇出巡的胡亥、趙高等人知道這件事。趙高曾經教胡亥讀過書，輔導他學習過刑法律令等，所以胡亥很寵信趙高。趙高和公子胡亥、李斯商量後，偷偷開啟皇帝寫給扶蘇的信。獲悉內容後，便篡改遺詔，對外宣稱李斯在沙丘接受了皇帝的詔，立胡亥為太子。另外寫了一封信，給公子扶蘇和蒙恬，信中列舉了他們的罪狀，並賜他們自殺。李斯等人啟程返回咸陽，從井陘抵達九原。途中正趕上天氣暑熱，秦始皇的屍體散發出臭氣。於是李斯等又命人找來一些鮑魚，放在車上，用來掩蓋屍體的氣味。
回到咸陽，朝廷這才釋出秦始皇駕崩的訊息。胡亥繼承皇位，成為秦朝的第二代皇帝，九月，秦始皇被安葬在酈山。
早在秦始皇剛剛即位時，就已經派人在酈山為自己建造墳墓。天下統一後，秦始皇又從各地 還 調集了 70 多萬個工匠，深挖墓穴，用銅水澆鑄墓穴內的地面，來堵塞縫隙，然後放入外棺。再令人把設好的百官位次的宮殿模型和大量的金銀珠寶安放在裡面。最後，命令工匠們製作帶有機關的弩箭，一旦有人來盜墓，就會自動將其射殺。還用水銀模擬製作成江河湖海，裝上機關，使它們能夠互相連通流動。在墓室的頂壁上，用天文圖案進行裝飾，墓室的下部根據中國地理形狀來佈置。用娃娃魚的脂肪製成蠟燭，因為它能燃燒很長的時間。
皇帝胡亥說:“先帝后宮中那些沒有生過孩子的妃子必須給父皇陪葬。”這樣又賜死了很多人。靈柩下葬後，有人說:“工匠們製造了墳墓裡的機關，肯定十分了解，恐怕會把地宮的秘密洩露出去。”胡亥說:“放心吧!我自有辦法。”安葬完畢，寶物也都埋藏好了，胡亥就命人封閉墓道的中門和外門。工匠們和填充寶物的人全都被封在墳墓裡邊，沒有一個活著出來。最後，胡亥又下令在墓地的旁邊栽滿了草木，裝扮得和普通山沒什麼兩樣。
