亞特蘭蒂斯海底宮殿深處，一個極其隱蔽的秘密大廳內。蝙蝠俠布魯斯韋恩，閃電俠巴里艾倫，鋼骨，媚拉等人正躲藏在此。超人黑化後，到處追殺蝙蝠俠一眾人等。得益於亞特蘭蒂斯的先進科技，蝙蝠俠有條件改良了自己的裝備。鋼骨也利用自己的能力升級了亞特蘭蒂斯的科技力量。
為應對超人的黑化，蝙蝠俠不得不重新考慮起用氪石。不過當時捅死毀滅日的氪石矛已經被毀掉了，如今去哪裡尋找氪石？布魯斯想到了阿曼達•沃勒。作為美國政府的對超人類的全權代理人，她對非凡能力者的情報不比布魯斯少，她一定有辦法找到氪石。但布魯斯不知道，此時的美國政府已經與達克賽德達成協議。布魯斯陷入圈套，這就有了扎導版正義聯盟夢魘世界的場景。布魯斯被超人軍團擒獲在地窖，超人從天而降，泛紅的眼睛射出兩道熱線，兩旁的守衛接連倒地。超人扯下布魯斯的面具，咆哮地質問布魯斯為什麼沒有救路易斯。接著手掌貼在布魯斯胸口用力一按，蝙蝠俠痛苦哀嚎，胸口幾根肋骨斷裂。就在克拉克打算殺掉布魯斯時，一陣熟悉的聲音響起“克拉克？”
超人轉身望去，一臉不可置信，路易斯正站在那裡。可下一秒隨即察覺不對勁，一回頭，蝙蝠俠已經不見，再看向‘路易斯’，卻是一個綠面板的傢伙，正是火星獵人約翰·瓊斯。超人大怒，一道熱視線朝其射去，被約翰·瓊斯輕鬆躲開。約翰·瓊斯快速逃出地窖，超人緊追其後，可當超人飛出地窖。地面除了超人軍團和大量類魔外，毫無其他。就這樣約翰·瓊斯逃脫。憤怒的超人懸浮在半空，手舉蝙蝠俠的面罩將其用熱視線燒掉。
“外星作戰部”（簡稱DEO），是美國政府為應對各種外星罪犯入侵的秘密部門，而這個部門的負責人漢克·亨肖其真實身份正是火星獵人約翰·瓊斯。在達克賽德入侵地球時，上級要求DEO與阿曼達•沃勒的天眼會合作應對危機。阿曼達•沃勒由於對人極度缺乏信任感，所以有關她的行動，都並不想與漢克·亨肖分享。這也導致漢克·亨肖沒能及時得知阿曼達•沃勒對蝙蝠俠的陰謀。當約翰·瓊斯得知蝙蝠俠有危險時，蝙蝠俠已經被擒。於是約翰·瓊斯趕緊聯絡正義聯盟其他成員。就這樣，約翰·瓊斯變成路易斯的模樣吸引超人的注意力，而閃電俠極速將蝙蝠俠救走。
回到秘密基地，蝙蝠俠已經重傷昏迷，還好亞特蘭蒂斯的醫療技術發達，很快蝙蝠俠的肋骨被接好，生命已無大礙。
風暴肆虐海上，一葉扁舟艱難漂行，隨時都要被巨浪吞沒的感覺。而船上一個披著風衣的男人，卻絲毫不慌。不知行駛了多久，當駛過一片海域，剛剛明明一片暴風雨，下一刻眼前卻天氣晴朗，而不遠處，一座島嶼映入眼簾，正是天堂島。男子剛一登岸，就被一群亞馬遜戰士圍住。男子不慌不忙，從口袋裡掏出香菸，點燃一支，接著口唸咒語，滿身的溼漉瞬間變得乾燥。男子猛吸幾口香菸，接著對圍著的亞馬遜戰士說道“girl們，約翰康斯坦丁求見亞馬遜女王。”
鋼骨這邊則一直在研究第一部結尾巴里艾倫極速穿越時空的現象，他透過對媚拉給予的母盒和自己這邊的母盒的研究，得到一個理論公式。透過這個理論公式，可以讓巴里艾倫速度達到更快，從而穿越更久遠的時空，但唯一的問題是這個公式存在一些自己無法解決的BUG。就在鋼骨陷入難題時，他想到了一個人，蔡瑞安博士（鄭凱飾）。在蔡瑞安博士的幫助下，BUG成功解決。這時鋼骨有個大膽的想法，他提議讓閃電俠回到更早的過去，提前警告蝙蝠俠保護好路易斯，這樣就可以阻止超人黑化。
康斯坦丁被帶到戴安娜的母親希波呂忒面前，希波呂忒因為失去女兒整日陷入悲痛欲絕之中。康斯坦丁告訴希波呂忒，自己可以讓戴安娜。希波呂忒以為康斯坦丁是個騙子，打算將其轟走。康斯坦丁卻從兜裡掏出一個古老的小瓶子，希波呂忒從瓶身嗅出一股古老且熟悉的味道。這瓶子裡的正是宙斯的遺留之血。康斯坦丁將自己的方法告知希波呂忒，他需要希波呂忒的血和戴安娜的遺體與宙斯之血混合，然後透過儀式施以古咒，將戴安娜復活。
希波呂忒告訴康斯坦丁，戴安娜已經火化為骨灰。康斯坦丁聽後卻表示不影響。儀式開始，在開始前，康斯坦丁叮囑希波呂忒，儀式只能讓戴安娜恢復肉體並復活，但靈魂需要指引才能回到戴安娜的身體，而至於如何指引只能靠希波呂忒自己，而且時間有限，超過時間，戴安娜不知道會變成什麼怪物。在康斯坦丁的一番操作之後，戴安娜成功復活，康斯坦丁趕忙讓希波呂忒做出指引，希波呂忒想起小時候戴安娜經常聽得睡前故事，於是講起了故事，終於戴安娜成功復活。而且變得更加強大了。當希波呂忒向康斯坦丁表示重謝時，康斯坦丁只是默默點起煙說道“這是我欠戴安娜的。”
閃電俠這邊，也已經做好‘跑’的準備，鋼骨和蔡瑞安博士除錯好裝置。為了讓巴里有足夠的動能達到指定速度，他們需要藉助母盒的能量。奔跑開始，眨眼巴里便消失在兩人眼前，蔡瑞安看著儀器上的數值越飆越高，突然母盒劇烈震動，隨即爆發出一道衝擊波將蔡瑞安擊暈，殊不知，蔡瑞安的身體正發生奇妙的變化。儀器上巴里的身影已然消失。巴里成功了。
巴里成功回到過去，但卻沒到達指定的時間點。而是回到自己十一歲時的那個夜晚，此時的巴里正站在自己小時候的房子外面，他永遠無法忘記這天，他的母親即將死於一次離奇的恐怖事故，而他父親更被錯誤指認為兇手。出於私心，巴里決定拯救自己的母親。就在巴里準備出手時，一個身影擋住了他。而這個身影竟然是閃電俠自己。身影告訴巴里，你如果上前阻止就會引發連鎖反應，未來的一切將會變得不可控，而自己就因造成這種後果才決定回到這一天阻止下一個巴里艾倫來改變過去。
身影巴里告訴閃電俠，想要改變未來的局面，關鍵不在於過去，過去的已經發生。但未來無限可能。閃電俠有些不明白，身影巴里解釋道，未來就如同薛定諤的貓，在你開啟盒子之前，貓的生死未知，直到你開啟結果才顯現。關鍵在於你是想貓活還是死，活有活的開啟方法，死有死的開啟方法，就看你用哪種方法。
閃電俠恍然大悟，身影巴里接著說道，我不能告訴你方法，但我可以給你提示，未來的關鍵就在關鍵的那一天。
閃電俠再次奔跑，卻發現自己的身體有些不一樣了，巴里輕鬆達到極速，他腦袋裡想著“關鍵的那一天”是什麼意思。時間洪流在巴里的身體周圍流逝，巴里在時間洪流中看到蝙蝠俠正在瀏覽自己和海王神奇女俠的資料的畫面，以為這就是關鍵。趕緊衝過去對著布魯斯喊道“你的想法是對的....路易斯是關鍵....."布魯斯聽得一臉懵逼。巴里見狀道”我是來早了嗎？”接著巴里又繼續跑，跑到蝙蝠洞遇襲的那天，看到了重要的一幕。狄薩德準備殺掉路易斯，路易斯卻突然腹痛，是要生了。盧瑟見狀趕緊阻止，他內心有了新的計劃，他帶走了即將生產的路易斯，並製造了假的路易斯屍體。
閃電俠回到亞特蘭蒂斯，將自己在蝙蝠洞遇襲那天的場景告訴蝙蝠俠，蝙蝠俠得知路易斯沒死，而且還有可能已經產下克拉克的孩子。如果能找到並救出路易斯，說不定能讓超人迴歸正常。
夜晚的夜晚，蝙蝠燈突然亮起，天空映射出巨大的蝙蝠。蝙蝠俠在電腦螢幕看到蝙蝠燈的亮起，卻發現異樣。蝙蝠燈光下面有一個特殊圖案，那是刺客聯盟的標誌，而點亮蝙蝠的正是喪鐘。喪鐘與蝙蝠俠成功結盟，布魯斯眾人也從喪鐘口中證實了路易斯活著的訊息，並且路易斯確實已經產子。
眾人商議如何解救路易斯，但現在連路易斯在哪裡都不知道。布魯斯想到了小丑，於是海拉，喪鐘，閃電俠，和蝙蝠俠一眾前往陸地與小丑匯合。這正好呼應正義聯盟後面的彩蛋。小丑和蝙蝠俠一見面，二人便相互陰陽怪氣對方。小丑諷刺布魯斯，而布魯斯指責小丑間接害死了哈利奎茵。最終二人達成聯盟。就在這時超人發現了眾人。就在超人準備大開殺戒時。布魯斯告訴超人路易斯還活著並且有了超人的孩子。可超人已經被騙過一次，哪裡還會相信，直接就和眾人打了起來。
閃電俠，鋼骨和媚拉拖住超人，讓小丑帶著蝙蝠俠和喪鐘趕緊去找到並救出路易斯。超人實在太強，眾人不敵，這時火星獵人及時出現拖住超人給蝙蝠俠逃脫爭取到了足夠的時間。盧瑟還不知小丑已經和蝙蝠俠合作，就這樣小丑透過盧瑟找到了路易斯及其孩子。而蝙蝠俠在救援行動中，為保護路易斯們撤退，犧牲了自己。
蝙蝠俠的犧牲拯救了路易斯，超人徹底清醒，正聯最強迴歸。超人清醒後，利用自己假裝黑化的假象，成功偷取最後一個母盒。超人與眾正聯成員，再召集媚拉的亞特蘭蒂斯大軍與戴安娜的亞馬遜戰士，大戰達克賽德。超人最終利用母盒滅掉了達克賽德。達克賽德的手下見達克賽德死亡，匆忙帶著達克賽德的屍體逃離。
片尾彩蛋（1），超人為自己和露易絲的孩子取名為布魯斯，並在20年後，在蝙蝠俠逝世的週年紀念日，他們把布魯斯·肯特帶到蝙蝠洞，告訴他：“你這樣做吧，你的布魯斯叔叔會為你感到驕傲的。”
片尾彩蛋（2），宇宙邊緣，一個名為"普羅米修斯星系"的特殊區域，一雙猩紅色的眼睛突然睜開，接著他拼命掙扎，試圖從這黏住他的牆上逃離。
全劇終。。。
