在二戰爆發前，留給德國海軍的準備時間其實還不足一個月。1939年7月22日，海軍總司令雷德爾還向下屬軍官們傳達了希特勒無意與英國開戰的態度，潛艇部隊司令鄧尼茨在當天提出休假並獲得了批准，可是8月15日他就被緊急召回，被告知戰爭迫在眉睫。
當德國準備再度跨越戰爭門檻時，其海軍實力無論從哪個方面講與即將面對的對手相比都處於劣勢，而且備戰狀態不佳。以能夠執行遠洋破交任務的大型水面艦艇為例，到1939年8月底，2艘“俾斯麥”級戰列艦尚在建造，2艘“沙恩霍斯特”級戰列巡洋艦正在接受改裝，2艘“希佩爾”級重巡洋艦中一艘還在訓練，另一艘直到戰爭爆發後三週才服役。3艘“德意志”級裝甲艦中“舍爾”號恰好大修，無法行動，結果開戰時德國海軍能夠立即參戰的大型戰艦僅有2艘裝甲艦“德意志”和“斯佩伯爵”號而已。潛艇部隊的備戰情況稍好，57艘現役潛艇中有46艘做好了戰鬥準備，但其中只有22艘能夠前往遠海作戰，很難對英國海運線形成有效威脅。
■德國海軍的制服和徽標。
開戰部署：雖然時間短促，德國海軍還是展現出高效、敏捷的行動力，對能夠運用的作戰力量進行了周密部署。為了防止英國海軍在開戰後封鎖出海口，2艘裝甲艦以及配合作戰的補給船在開戰前夕出航，駛向預定海域待機，漢斯·朗斯多夫海軍上校（Hans Langsdorff）的“斯佩伯爵”號和保羅·文納克海軍上校（Paul Wenneker）的“德意志”號在8月21日和24日分別駛離了德國領海。而潛艇早在8月19日就陸續出動，前往英國近海，準備戰爭一爆發就展開佈雷和破交行動。針對首先開始的波蘭戰役，德國海軍派出前無畏艦“石勒蘇益格-荷爾施泰因”號（Schleswig-Holstein）以進行友好訪問的名義在8月25日抵達但澤灣，停泊在維斯特普拉特半島（Westerplatte）附近的運河中，大炮不懷好意地指向不遠處的波蘭要塞。為了消滅波蘭海軍，“紐倫堡”、“萊比錫”和“科隆”號輕巡洋艦被派往波羅的海，但在8月底波蘭海軍的主力——3艘現代化驅逐艦和幾艘潛艇提前撤往英國，以儲存實力。
波蘭戰役：1939年9月1日凌晨4時45分，“石勒蘇益格-荷爾施泰因”號的280毫米主炮對維斯特普拉特半島上的波軍陣地突然開火射擊，打響了第二次世界大戰的第一炮。一支由海軍步兵和陸軍工兵組成的突擊隊隨即發起攻擊，但波軍依託工事頑強抵抗，戰鬥一直持續到9月7日，在此期間這艘老戰列艦始終堅守崗位，提供炮火支援。與此同時，留在國內的波蘭海軍艦艇也被德國空軍掃蕩殆盡。
■1939年9月1日，“石勒蘇益格-荷爾施泰因”號前無畏艦的280毫米主炮對波軍陣地開火射擊。
9月3日，英法對德宣戰，在海上待命的德國襲擊艦和潛艇得到作戰指令，可以展開攻擊，但必須嚴格海戰規則，不能對商船發動不經警告的突然襲擊。必須先截停商船，甚至只有在經過搜查後，才能將載有違禁品的商船擊沉，同時還要極力避免與美國海軍發生衝突。德國海軍是在重重束縛下投入二戰的海上戰爭，在政治上的緊箍咒解除前，無法在海上盡情施展拳腳。
戰端既開，只有全力以赴！宣戰當天，“紐倫堡”、“萊比錫”等5艘輕巡洋艦以及大批驅逐艦、魚雷艇等就開始在北海佈置號稱“海上西牆”的大型雷障。此外，德軍潛艇、驅逐艦、飛機也在英國海岸實施攻勢佈雷，封鎖港口。當時德國在水雷技術上享有優勢，開發並裝備了極難掃除的磁性水雷。水雷戰的效果非常明顯，據英國海軍部統計，在戰爭最初的6個月內，觸雷沉沒的艦隻達115艘，計394000噸。如果不是一架粗心的飛機將水雷丟在了淺水區，使英國人破解了磁性水雷的機密，並研究出相應的掃雷具，德軍的佈雷行動很可能會取得更大的戰果。
水面破襲戰：佈雷只是德國海軍對抗英國的諸多手段之一，其最主要的作戰方式仍然是遠洋破交作戰。不過在1939年秋冬，除了2艘裝甲艦和少量潛艇，德國人沒有更多的兵力投入對英帝國生命線的絞殺，但足以讓英法感到頭痛了。根據既定計劃，“德意志”號在北大西洋遊獵，而“斯佩伯爵”號在南大西洋活動，由於希特勒仍幻想與英國談判，兩艦一度暫停行動，直到9月25日才獲准展開作戰。第一批商船遇襲報告在10月底傳到倫敦，英法海軍立即出動大批軍艦，包括3艘戰列巡洋艦、3艘航空母艦和15艘巡洋艦，進行搜捕，可見德國襲擊艦在牽制敵軍兵力方面十分有效。
在這場海上捉迷藏中，獵人們只有透過連續的遇襲警報來推斷獵物的行蹤，在他們抓住目標前將不斷有船隻被擊沉。“德意志”號運氣不佳，在一個月的巡航中只擊沉了2艘商船，俘獲1艘，於11月初奉命返航。“斯佩伯爵”號的戰果要好得多，該艦於12月13日被英國巡洋艦發現前已經擊沉了9艘商船，但在普拉塔河口之戰中被擊傷，退入烏拉圭的蒙得維的亞港，在外交壓力下被迫於12月17日自沉，這是德國海軍在二戰中遭遇的首次重大挫折。
■彩繪作品，表現的是1939年12月17日，“斯佩伯爵”號裝甲艦在普拉塔河口之戰中突圍無望而自沉。
在此前的11月21日，為了減輕“斯佩伯爵”的壓力，試探英國海軍封鎖線的警惕性，完成改裝的“沙恩霍斯特”和“格奈森瑙”號在威廉·馬沙爾海軍上將（Wilhelm Marschall）指揮下首次出擊，行動代號為“北方巡弋”。兩艦在冰島（Iceland）和法羅群島（Faroe Islands）之間的海域活動，並在11月23日輕鬆擊沉了執行巡邏任務的輔助巡洋艦“拉瓦爾品第”號（HMS Rawalpindi）。就在英國本土艦隊傾巢出動時，狡猾的德艦虛晃一槍，向德國領海返航，於11月27日回到基地。
初期的潛艇戰：和上次大戰一樣，德國潛艇的表現遠比水面艦艇更加突出。由於潛艇數量不足，鄧尼茨還無法實施叢集戰術，在戰爭初期仍然以單艇遊獵為主。9月3日，U-30在愛爾蘭西北海域未經警告擊沉了英國客船“雅典娜”號（Athenia），違反了戰爭規則，而且50名遇難者中有23名美國人，引起美國的強烈抗議，迫使德國海軍再度強調作戰務必遵規守法。不過，U艇隨後取得的勝利足以抵消這次失誤，9月17日，U-29擊沉了英國航母“勇敢”號（HMS Courageous），這是德國海軍在戰爭中擊沉的第一艘大型軍艦，10月13日，U-47又成功地襲擊了斯卡帕灣，擊沉了“皇家橡樹”號戰列艦。
■1939年10月13日，德軍潛艇U-47成功偷襲了戒備森嚴的英國皇家海軍基地斯卡帕灣，擊沉“皇家橡樹”號戰列艦。
在航運襲擊方面，潛艇部隊也顯示出強勁的勢頭，從1939年9月到1940年2月，共有199艘商船被潛艇擊沉，計70餘萬噸。考慮到平均只有5～7艘潛艇在大西洋活動，這一戰果已經相當可觀，德國人付出的代價是14艘潛艇被擊沉，400名官兵陣亡。隨著更多的潛艇建成服役，英國的海上航運將面臨更為嚴重的威脅。當1939年結束時，德國海軍有理由感到滿意，雖然損失了一艘寶貴的主力艦，但給對手造成的損失遠遠大於自身，事實證明德國海軍依舊是一支有戰鬥力的海上力量。
