在冬天，牡丹處於休眠狀態，這個時候進行修剪對牡丹不會造成傷害，有利於來年春天牡丹茁壯成長和開花效果。對於油用牡丹而言進行修剪要遵循“三枝九鼎”，剪去比較弱的枝條留下生長比較旺盛的枝條，就是每株可以留三個主枝，每個主枝可以留三個側枝，這樣既達到壯苗的效果，又能保證植株的透光通氣，以便到達開花漂亮的意圖。無論是觀賞牡丹，還是油用牡丹，修剪都很重要。修剪到位，牡丹枝條強健，長勢好。觀賞牡丹會愈加凸顯其獨特的觀賞價值。
牡丹以透光通氣為根底，陽光多則枝條多，以適宜的樹型為條件進行修剪。應以先剪後扎，去彎留直，去弱留強（疏芽）。
觀賞牡丹以透光通氣為根底，陽光多則枝條多，以適宜的樹型為條件進行修剪。應以先剪後扎，去彎留直，去弱留強（疏芽）。主要有獨杆型、直立型、開張型、圓球型和匍匐型等五種樹型可作參考。
(1)直立型牡丹
直立型牡丹一般留3-4枝，去掉枯枝、病枝、徒長枝，疏剪密枝，將主杆枝1/5以下進行抹芽處理，以保證主杆枝的強健，促進花芽的形成。
(2)開張型牡丹
開張型牡丹枝條斜立，高可到1.2-1.3m左右。一般10枝以上枝細，簡單曲折。應疏減，去細留粗，保持在6-7枝左右為宜。
(3)圓球型牡丹
圓球型牡丹能看見根部，但頂部狀似圓球。一般留6枝左右，去老枝、枯枝、徒長枝，促使枝條多發新枝。
(4)獨杆牡丹
杆牡丹成長態勢好的時分高可到達1m，頂部枝條如傘，亭亭如蓋。修剪應去1/3，留2/3。
修剪中需注意創傷要齊、圓、平，不該剪成為馬蹄形以及保證側枝和主枝不發生劈叉，創傷整齊可減少蒸騰量以及可促進創傷快速癒合，且不會損傷到樹體。去掉乾燥的葉子，因為枯葉仍然需要水分，且蒸騰快，所以冬天去除葉片能夠讓植株充分休眠。葉片的去除應從下往上，防止傷到花芽。
