天啟六年八月，給遼東帶來無盡災難的努爾哈赤病亡，結束了他罪惡的一生。其第八子皇太極接繼了汗位。對於明朝來說皇太極是個比努爾哈赤更可怕的敵人。
努爾哈赤稱汗反明後，迅速獲取了遼東的大量土地。如此廣大的地盤，加上女真稀少的人數，無論是管理、還是經營都需要藉助遼東漢人。努爾哈赤卻堅信“非我族類，其心必異”，出於極度的不信任他選擇了對遼籍漢人實行“抗拒者被戮，俘取者為奴”的野蠻奴隸政策。
這一政策導致廣大遼人與後金政權離心離德，而處於後金後方的毛文龍藉機大量的策反遼人與後金進行鬥爭。在毛文龍的領導下，後金控制區的遼人大量逃亡、起義、誘殺後金官員、在食物裡摻入毒藥，搞得後金陷入極度恐慌之中。
面對這種局面努爾哈赤並沒有嘗試緩和矛盾，反而愈發地對遼東漢人不信任。要求女真人平時要嚴加防範漢人，並收繳漢人的武器。解決不了問題，就開始屠殺。先是區域性報復性的屠殺，然後是對一個地區進行屠殺，最後是對整個遼東的漢人進行無差別屠殺。殘酷的屠殺讓投降的漢人、漢官都覺得朝不保夕，逃亡、起義愈發嚴重。
而毛文龍也依託朝鮮和海路不停的襲擾後金空虛的之處，後金也被搞得苦不堪言。面對這兩重壓力，後金不得不放棄遼南沿海地域，向內收縮。努爾哈赤攻打寧遠取得大勝很快就撤退，有一個重要原因就是害怕毛文龍乘機襲擾後方。
在努爾哈赤生命的最後兩三年遼東是一個比較奇怪的局面，軍事上後金徹底壓制著遼西的明軍，但後金在遼東的統治卻已經岌岌可危。而皇太極徹底改變了這一局面，因為他是一個合格的政治家。
皇太極畫像
皇太極稱汗後，也沒做什麼特別的事情，只是放棄了努爾哈赤的奴隸政策，給予大量漢族奴隸“民戶”的地位，善待逃人、放寬懲治，並鼓勵漢人從事農耕，一切都以保障生產為出發點。
短短兩個月，遼東的形勢就有了巨大變化，逃亡、起義銳減，針對後金的暗殺、投毒也少了很多。原因無它，那個時代的普羅大眾只求能安穩生活、吃飽肚子。何況他們為明朝付出那麼多，明朝卻不能保護他們，又憑什麼要求他們繼續為明朝盡忠呢？
皇太極穩定內部之後，就把目光放在了毛文龍身上。在他看來後金要想繼續壯大首先就得消滅依託朝鮮的毛文龍。但是皇太極也很清楚後金沒有兩線同時作戰的能力，所以他只能等待機會。
努爾哈赤死訊傳來時袁崇煥已官升至都察院右僉都御史、兵部右侍郎、遼東巡撫，對於遼東事務已經有了相當的話語權。袁崇煥也不等朝廷回覆就以探聽虛實為由向瀋陽派出了一個弔唁團。皇太極正想找機會穩住遼西明軍，於是就高規格接待了訪問團，送了大量禮品，表達了自己想要議和的意思。
而袁崇煥也想借機加固關寧防線，更重要的是他想在錦州築堅城以拱衛寧遠。各懷目的的兩人一拍即合，就真的一本正經地談了起來。天啟七年正月，皇太極一面派使者方吉納、溫塔石給袁崇煥送書信，一面命二貝勒阿敏，貝勒濟爾哈朗、阿濟格、杜度、嶽託、碩託發兵入朝大舉攻打毛文龍。
這裡有個問題皇太極為什麼就篤定袁崇煥不會趁機進攻？我覺得他是不能篤定，皇太極是在賭，如果攻打毛文龍時袁崇煥發大軍來攻，那他就退。為什麼要賭？因為不賭他也沒辦法打破兩線夾擊的僵局，與其坐以待斃，還不如搏一把。事實證明皇太極賭贏了。
後金軍攻入朝鮮後，朝鮮方面和毛文龍都向朝廷發出要求策應、救援的文書。面對朝廷“且令以關寧之師直搗虎穴”的嚴令，袁崇煥堅決不同意發兵策應，他上疏辯解說後金發十萬攻打朝鮮，還有十萬在家防守，後金一點都不空虛，這個時候率軍去攻反而落入後金以逸待勞的圈套。
袁崇煥這就是故意揣著明白裝糊塗，他到遼東也不是一天兩天了，後金正規軍十萬都不到他怎麼可能不知道，就是不想出兵罷了。實際上袁崇煥也不傻，他很明白皇太極並不是真的想議和，他也不是看不出後金攻擊毛文龍和朝鮮的目的。
他只是覺得毛文龍的價值不如在錦州豎起一座堅城。現在後金急於攻擊毛文龍和朝鮮，他不光可以修築錦州城還可以修大淩河、小淩河等城，一次性把防禦線再往前推二百里。
袁崇煥這埋頭只顧修城，毛文龍就麻煩了，後金湧入朝鮮後將朝鮮軍和東江軍打得潰不成軍。毛文龍的親屬大部分駐留在鐵山，差不多被後金殺害殆盡。危局下毛文龍連連向朝廷告急，並向朝廷再次稟告，後軍大軍目前都在攻打朝鮮和東江軍，留在遼瀋的兵馬不足一萬，這是遼西明軍進擊的大好時機。
但是袁崇煥還是拒不出兵，辯解正在修築的錦州三城無比的重要，一旦建成收復遼東即可望，現在他們正在攻擊朝鮮，正是全力築城的大好時機。又稱已經在三城之間播種屯田，如果不築城守衛，那麼屯田所得就等於送給後金了等等，總而言之東江和朝鮮沒有這三城重要。
兵科給事中李魯生氣憤地斥責他被後金玩弄於股掌之中，朝中官員彈劾袁崇煥的聲音日盛。迫於壓力，袁崇煥派了一支數千人的隊伍前去策應，然後隊伍到了三岔河後就不動了，擺明了不願意出兵。王在晉慨嘆道：“遼撫援鮮，佈置極其可觀。乃官兵望河而止，此真為紙上之兵也。遼兵果可用耶？”
由於沒有援助，到了三月抵抗不住的朝鮮向後金投降，明朝在遼東失去一個重要的戰略盟友。毛文龍的東江軍也被迫放棄了朝鮮的屯田、據點，退出了朝鮮半島。因為失去了糧草供應基地，東江軍只得依靠朝廷發餉和自己搞走私貿易來貼補軍需，這也導致後期朝廷與東江軍矛盾加劇，以至於最後爆發自毀長城的慘劇。
後金入侵朝鮮也被稱為丁卯之戰
打服朝鮮、重創東江軍，解除了後顧之憂的皇太極很快就鎖定了下一個目標：寧遠。他還寫了封信給袁崇煥，大意就是，你一邊派人跟我議和，一邊又修城，到底是什麼意思？分明就是詐稱議和，乘機築城，無心和平，一意想動兵伐我，我不會讓你的野心得逞。
被倒打一耙的袁崇煥算是看清了皇太極的嘴臉，哀嘆：
“奴子妄心驕氣，何所不逞，我準備聯合蒙古人，給蒙古人送錢送物，他即攻蒙古人而伐我之交。我準備借朝鮮人替我在後方作為牽制，他攻朝鮮而讓我的憑藉落空。我準備借和議之機修築大淩河、錦州以扼其咽喉，其則分入侵朝鮮之兵來阻撓我築城。著著皆狠，而著著不後！”
天啟七年五月初六，皇太極率軍出發，初十到達廣寧，第二天就發動大規模進攻。結果明軍很快就放棄了大淩河、小淩河兩城。犧牲朝鮮、東江修的三城轉瞬就只剩錦州孤城了。
鎮守錦州的是總兵趙率教，面對來敵，他並不畏懼，同總兵左輔、副總兵朱梅，力督各營將領沉著應戰。但是皇太極並不想去硬攻堅城，他想透過圍困錦州來實施圍城打援的戰術，將明軍援軍殲滅於野戰中，當明軍無援軍可用時再回頭逼迫守城明軍投降。這一戰術可謂是後金對付明軍的老戰術了，但明軍卻一直沒有有效的破解之法。
之前袁崇煥拼命修城的時候就有人問他，修出來的都是孤城，如果後金派大軍圍困這些孤城，那明軍該怎麼應對？當時袁崇煥頗為自信地說：“逐步而前，更迭進取。戰則一城援一城；守則一節頂一節。步步活掉，處處堅牢。守關與復地不得分作兩截功夫。”
等到後金真的來圍城了，他卻將所有兵力收縮在寧遠一城，至於錦州的生死，只能聽天由命了。而他上疏向朝廷解釋說：
“賊奴圍錦州甚為嚴密，關寧精兵已被賊軍攔斷兩處，賊奴有累勝之勢，而我在積弱之餘，十年以來戰慄畏敵，如今僅能辦一‘守’字。責之赴戰，力所未能。而寧遠、松山、杏山、塔山四城為山海關之藩籬，如若寧遠有失，則山海關必定震盪，可謂天下安危所繫，故臣不敢以四城之兵而遠救錦州。”
趙率教堅守了幾日，發現沒有援軍趕來，就開始不停的寫信向袁崇煥求救。挨不住求援的袁崇煥派了四千人由尤世祿、祖大壽率領前去救援，結果這批援軍剛和後金軍接觸就一鬨而散。
救援失敗後，袁崇煥就有些亂了方寸了。向朝廷上了個奏疏，先是說夏天快到了，天氣一熱，建奴就挨不住，到時候我們聯合蒙古人就可以擊潰他們。接著又說萬一錦州陷落，寧遠就會被包圍，現在應該抓緊調薊鎮、宣府、大同的兵到山海關，準備出關援救。這已然是覺得守不住錦州了。
然後袁崇煥就丟擲了一個大計劃，他覺得於其坐看錦州、寧遠陷落，建奴圍攻山海關，還不如現在就發大軍出關決戰錦州。他要求朝廷將保定、薊鎮、宣府、大同，甚至包括京營的軍隊都投入進來，只要“拼此三萬五千人以殉敵”，就可以戰勝建奴了。
薊遼總督閻鳴泰道：
“錦州地處偏僻，原非扼要之地。當日討論修建已屬失策，如今竟要以此區區彈丸之地而撓動乾坤半壁，就算僥倖取勝，也是岌岌乎危及天下。竊認為，今日錦州只可懸為虛著，萬不可墮為實著，只可設為活局，萬不可拘泥為死局。”
遼東鎮每年消耗幾百萬軍餉，佔了朝廷全部軍餉的絕大部分，結果開戰馬上就要求全國一半的主力來支援，不知到底怎麼想的。
至於袁崇煥那一句“拼此三萬五千人以殉敵，則敵無不克”，閻鳴泰更是指出了他的荒謬，打仗時說拼就拼，說贏就贏的？薩爾滸時明軍集中了西北精銳，還是敗了，現在的軍隊還不如薩爾滸那陣，拿什麼去拼去贏？而且你袁崇煥前一個奏疏還說，“責之赴戰，力所未能”，轉眼又欲決一死戰，是明知不可而在冒險賭命了。
這個時候又有朝臣說，如果能下令毛文龍聯合朝鮮，走海路攻擊建奴後方，即可挽救危局。然後朝鮮已經投降。
最後討論的結果就是袁崇煥的策略不靠譜，目前不能從外調大軍去援救。袁崇煥此時覺得非但錦州沒救了，寧遠也快步錦州後塵了。然而奇蹟發生了，沒幾天後金主動撤軍了。原因不復雜，毛文龍又在後金的後方搗亂了。
朝鮮投降後，就協助後金圍攻了東江軍所在的鐵山、義州，兩地均被攻克。不過毛文龍因為得到情報，提前將主力轉移到雲從島，東江軍軍隊損失不大（但是依附東江軍的平民、家屬損失嚴重，僅毛文龍的家屬就有三百七十多口被屠殺）。
隨後毛文龍又在雲從島抵抗住了後金阿敏的進攻，阿敏又遷怒朝鮮不協助，轉而劫掠朝鮮義州、安州並向朝鮮王京移動，朝鮮王只好嚮明帝國請罪並請求援助。天啟下詔要求毛文龍不計前嫌救援朝鮮。
毛文龍奉詔開始反擊後金，戰鬥非常慘烈，雙方在雙方在宣州、義州一帶反覆拉鋸，隨著天氣轉暖，河冰解凍，戰事開始有利於水軍佔優的東江軍。東江軍依靠河流，多次重創後金，並在千家莊、瓶山一帶與後金主力大戰，取得瓶山大捷。
後又在鴨綠江截殺返回的阿敏，五戰五勝，並將戰線推回遼東。現在，皇太極盡發主力攻打錦州，毛文龍又盡出精銳襲擊昌城。皇太極由是被迫撤軍。
看看袁崇煥怎麼說的：“孰知毛文龍徑襲遼陽，旋兵相應，使非毛帥搗虛，錦寧又受敵矣！毛帥雖被創兵折，然數年牽制之功，此為最烈！”
寧錦大戰（也有人說是寧錦大捷）就這麼落下帷幕，戰後覆盤，御史紛紛彈劾袁崇煥，天啟批覆為：“袁崇煥暮氣難鼓，物議滋至，已準其引疾求去。”剛剛高光的袁崇煥就這麼下崗了。
