亞洲有兩個國家特別奇葩，一個韓國一個印度，但電影都特別厲害。1999年6月8號，韓美海上第15次軍事演習時，韓國第三潛艇發生緊急事故，少校李千石因阻止艇長射殺艇員將艇長射殺，遂被控謀殺長官判處死刑執行槍決。
但他沒有死，而是被韓國海軍從鬼門關拉了回來。恢復後他才知道，自己身在韓國絕密的核武基地內，這裡正在秘密研發核潛艇，所有人的餘生都要在這裡度過。他們沒有名字，只有代號，李千石是431號，他的職務是飛彈主任。上任後他才知道，韓國發展核武前，日本已於1996年擁有核潛艇和製造原子彈的能力，但美日卻聯合起來打壓韓國。當年12月，俄羅斯為償還債務抵給了韓國一艘全攻擊型潛艇，韓國趁機把它改造成了核潛艇，命名幽靈號，同時開始研發核武系統。轉眼他們迎來了首航，此行他們要經過壽島和馬裡亞納海溝，對於日本，艦長並不擔心，因為幽靈號的潛深極限遠比日本潛艇深得多，至於美國潛艇，即便是在公海上碰頭，美國也會誤認為這是俄羅斯潛艇不敢貿然行動。但由於艦長改變預定航向，副艦長202大為不滿，可艇長僅僅以他不該知道的就別問為由敷衍了事。
前進中李千石發現，廚師違規私藏照片，依照規定，彼此不能相互打聽身份，更不能私藏有關身份的物品。不過他沒有處罰廚師，而是要其晚上10點送兩碗泡麵到431屋內，恰逢此時，艦長又路過，隨即他把李千石叫到了辦公室。艦長與李千石父親曾是同事，只是其父親後來被人刺殺，他認為李千石來到幽靈號就像他父親的死一樣，都是命中註定的。說完這些，他交給李千石一把鑰匙，並讓李千石絕對保密。
時間來到晚上10點，李千石正在父親遇害的噩夢中痛苦不堪時，廚師送來了兩碗泡麵。他把其中一碗留給了廚師吃，正是這個細微的舉動，讓這個經常受欺負的基層士兵感動得無以言表。不久副艦長揹著艦長召開了一次秘密會議，因為在艇上發現一枚炸彈，所以他們一致決定採取行動。而在聲吶室內，一個士兵因為單調無聊拿著一把錐子，無論怎麼使勁扎自己的手就是扎不到，氣得他毫無辦法。艦長也因為聲吶沒有發現任何動靜感到百無聊賴，於是他把監管權交給副艦長，自己來到了熏蒸室。不料連20分鐘都不到，廣播裡就傳來副艦長的聲音，說潛艇發生叛變事件，艦長遇害，叛變已被鎮壓，潛艇即刻進入一級戒備。話音一落，李千石趕緊跑向飛彈室，正巧遇到493，一問才知道副艦長已經接管全艦，併發布命令準備發射飛彈。聞聽此言，李千石腦瓜子嗡嗡直響，立刻掉頭衝進艦長指揮室，直到這時新任艦長才告訴他只是虛驚一場，說潛艇外面的不是敵人而是一頭鯨魚。等李千石想要檢查老艦長屍體時，艦長直截了當的告訴他，是自己殺了老艦長，原因是老艦長在艇上安裝了自爆裝置，打算讓大家跟幽靈號同歸於盡。
同時他還告訴李千石，上次他們途徑南海時，碰到了日本潛艇，美國跟日本已經知道了幽靈號，總部為了銷燬證據，決定毀掉潛艇。然而更令他震驚的，是艦長說當初他們買潛艇的時候，就與俄羅斯秘密商定，購買了足以毀滅日本的核彈頭數量，現在他們冒險來這裡，就是為了自我毀滅，美國和日本都已接到通報。不過他並不打算這麼做，因為他們國家受過的屈辱和尊嚴掃地，不是隻有一兩次，而是幾百年來一直被日本覬覦、侵略，所以他要一雪前恥滅了日本。對此，李千石情緒激動，說韓國沒有決定核武的權利，艦長則毫不相讓，反問他那又是誰給了日本毀滅韓國的權利？一句話，李千石竟無言以對。就在這時，潛艇到達預定發射地點，艦長當即命潛艇停止前進，並把目標鎖定在了東京、沖繩美軍基地及日本各大城市上。
萬事俱備只欠東風，不料關鍵時刻，李千石即便是被人拿槍頂在頭上也拒絕交出發射按鈕鑰匙。硬的不行，艦長又來軟的，他遞給李千石一張照片，說是從老艦長室內找到的，當年他父親也獻身於這個潛艇計劃並得到國家秘密支援，但美國佬知道後為了阻止韓國擁有核武器，支援哪些反對此計劃的人把他父親連同其他人全都暗殺了，老艦長便是兇手之一。除此之外他還說，人渣和羞辱總是不斷地在歷史上反覆重演，如果不下決心擺脫美國，歷史將會不斷重演，沒完沒了。可不論他怎麼勸說，李千石都認為潛艇上根本沒有核彈頭，這樣做只會讓韓國遭受報復死傷更多人。結果李千石沒有勸說成功，他們又遭遇了另一個危機，一艘日本潛艇正迎面向其逼近，距離只有2300米。可等他們全速迎擊時，日本潛艇又掉頭而去，一想到這是日本潛艇專門來監督他們到太平洋自毀，艦長怒火中燒。等兩艇相距1500米時，他命令發射兩枚魚雷一舉摧毀了日本潛艇。就在這時一名士兵報告，說鑰匙在廚師981身上，當即他就派人擒獲了981，但981為了忠人之托把鑰匙吞進了肚裡。艦長一怒之下打算把981麻醉後，手術取出鑰匙。但這時140方向出現了大型潛艇，並且探測到了他們，可麻醉卻需要10分鐘，於是他以日本鬼子即將開戰為由，不顧李千石的阻攔和醫生的猶豫不決，自己將981開膛破肚從中找到了鑰匙。
屋內是李千石痛心疾首卻又無能為力，指揮室裡則是艦長插上鑰匙準備發射飛彈，只不過由於對方潛艇打開了魚雷發射孔，他不得不緊急轉向130，反向全速後退，同時解除飛彈發射狀態。艇內戰鬥警報剛剛拉響，聲吶室又報告320位置還有一艘潛艇，在其身後130位置，已經接近到了2000米。結果他剛命潛艇規避，前面的潛艇就發射了兩枚魚雷，更糟糕的是後面的潛艇也發射了兩枚魚雷，4枚魚雷前後夾擊，他當機立斷命潛艇130方向全速前進。等先前的魚雷相距800米時，他命潛艇迅速規避，同時發射煙幕魚雷干擾，之後潛艇向右大角度轉向，就這樣魚雷被引爆，潛艇則在巨大的衝擊波下一陣劇烈顫抖。不料幽靈號剛剛死裡逃生，320方向又出現一枚魚雷，距離只有400米，如果不轉向，10秒後就會被撞上。艇員急得滿頭大汗，他卻命令方向不變迎面撞向對方潛艇。 結果對方潛艇突然轉向，隨即他也命潛艇向右轉向，就這樣兩艘潛艇擦肩而過，對方潛艇被魚雷擊中。
等幽靈號行進到一處海底峽谷時，對潛艇進行了損害評估，貨倉燃料有洩漏，飛彈發射口暫時不能再開啟，修好需要一個小時。無奈之下，他命幽靈號停止前進，全力搶修，而對於日本自衛隊的另一艘潛艇，他們判斷對方可能是誤認為他們在剛才的爆炸中已經葬身海底，所以趁對方沒有發現自己，他們隱藏後開啟了釣魚模式，把天線向上放到了150米水深的位置，之後命全艦保持安靜。
果不其然，自衛隊的潛艇走到幽靈號上方也沒有發現異常，結果天線被攪入螺旋槳，瞬間動彈不得。但在收到這個好訊息的同時，他也收到了李千石逃掉的壞訊息。瞭解完日本潛艇最大潛深300米，他一邊命艇員將其拖拽到600米深度，一邊命人務必找到李千石。等水深超過300米後，他將自衛隊潛艇被水壓擠爆的聲音，透過擴音器直播給了每一位艇員，並將當天視為洗刷恥辱的日子，同時激動的正告李千石，很快他就能聽到日本本土粉碎的聲音。最終自衛隊潛艇墜入海底，泛起一團亮光。由於此時貨倉修復還要20分鐘，他便命命潛艇繼續向南7海里，打算到時再發射飛彈。而在龐大的艙室內，李千石扮作搜查士兵的模樣，躲過其他士兵後，又躲進了冷藏室內老艦長屍體的後面。之後溜進老艦長屋內從一堆檔案中發現了自爆裝置的位置，並在拆除後帶在了身上，接著又給艦長打去電話要其立刻關閉飛彈系統，否則他就引爆炸彈讓艦長的夢想蕩然無存，說完再次消失。
但這樣的舉動非但沒有嚇到艦長，反而激怒他下命令立即打開發射艙口。李千石眼見不能阻止，又給飛彈室打去電話，將最後一線希望寄託在了432身上，他勸說432不要叛變，更不要助紂為虐殺害無辜的日本百姓，並與之約定在第3爐艙見面。與此同時，因為貨倉沒有完全修復，發射艙口一開啟，巨大的水壓導致燃爐室再次發生險情，不僅蒸汽發生洩漏，管子也開始斷裂，再不關閉艙口很可能艇毀人亡。萬般無奈，艦長決定冒著被發現的危險上升到發射深度再發射。轉眼十個艙口全部開啟，資料也開始向10枚導彈輸入，並在距離發射點還剩3分鐘的時候完成了全部輸入。就在這時，432找到了李千石，但他不是來跟李千石商量的，而是來置其於死地的，他根本不認為毀滅日本有什麼錯，反而是李千石用炸彈威脅大家，讓他極其反感。遺憾的是他沒有殺掉李千石，反而被李千石一個絕地反擊，將他置於了死地，直到這時李千石才明白，一艇人，只有他不想滅日本。
而在控制室裡，不僅目標鎖定了全日本，密碼也已完成輸入，第一枚導彈已經進入發射倒計時，30秒後就會依次發射。但他們不知道的是，李千石也啟動了定時炸彈，結果導彈還沒發射，炸彈就爆炸了。瞬間燃爐室不僅發生大火，海水也開始倒灌，數名艇員當場身亡。等他抱著一顆炸彈來到控制室，要艦長緊急上浮救大家時，艦長卻反問他難道要我們跟死敵求饒逃生嗎？對此，李千石認為，發射核彈不但改變不了什麼，還會讓更多人遭受報復。與李千石不同，艇上的每一個成員，都做好了為國家犧牲的準備，與其為了討好美日讓自己為潛艇陪葬，不如讓日本為他們陪葬，從此揚眉吐氣。但現實跟歷史一樣殘酷，更殘酷的是，李千石阻止了他毀滅日本，卻沒想到馳援的自衛隊潛艇已經向他們發射了兩枚魚雷。得知這個訊息，艦長心痛至極，他說我們沒有被魚雷嚇住，卻被自己的恐慌打敗。還說不能強大就要承受欺凌，我們的國家一直處在恥辱和壓迫之下，誰敢保證歷史不會重演，恥辱不會再來？驕傲的大鼻子，卑鄙的倭寇，讓這個擁有五千年曆史的國家裝滿了血和淚，民族間的恨更是遙遙無期。面對艦長的悲憤疾呼，李千石還是認為艦長這些話，都是藉口。同時還反駁道一個人改變不了世界，剩下的全都會留給活下來的人承受，我們承受了，他們就不會再承受壓迫。聞聽此言，艇員相繼自殺，絕望的艦長也在毫無意義的僵持中，扣動李千石手中的扳機飲彈自盡。最終毀滅日本的計劃不但毀於一旦，從此還無人知曉。
電影中我們看到了三種人，一種甘願為韓國強大不惜犧牲自己的人；一種韓國公知，假意愛國卻甘願做美日幫兇，自廢武功的人；一種熱愛和平，不願累及無辜的人。作為韓國的鷹派，他們不甘於美日脅迫下的屈辱，更是無法忘記日本幾百年間侵略朝鮮，給朝鮮人民帶去的傷痛、苦難。在李千石看來，忍辱偷生比尊嚴重要，在韓國公知看來，委身強權才是正道，在和平愛好者看來，艦長是極端主義者，但在不甘忍受屈辱壓迫的人看來，他們又未嘗不是歷史的締造者。不少人覺得韓國現實不咋的，電影中無所不能，事實上從經濟和科技上來看，韓國實力不容小覷。儘管這部電影道盡了韓國無奈的現實，但也讓我們不得不深思一個問題，侵略者不思悔改，誰能保證歷史不會重演，屈辱不會再次來臨？
《行動代號：幽靈》，於1999年在韓國上映，由鄭雨盛、崔民秀主演。
