《理學叢書：二曲集》作為中國古代教育名著，應當說是有其獨特的思想內容和學術價值的。在學術思想方面，它提倡明體適用、真體真用之學，提倡學以經世宰物，主張結會集社，提倡以經世致用為讀書目的，批評當時學者空談心性的空疏學風，既有其理學家的保守性，又有其重實際的一面。
在價值取向上傾向陸王心學，主張學術相容幷包，在“明體適用”的原則下改造教育內容。這些應當是可以肯定的。但是，《理學叢書：二曲集》所主張的默坐澄心、悔過自新、明心識體等道德理論和道德修養方法，具有唯心論的神秘色彩和封建禁慾主義本質，這些是與明末清初的反理學啟蒙思潮不相容的，表現出它的落後性和侷限性。
