經過疫情防控的歷練，核酸檢測大家應該耳熟能詳。但基因測序可能鮮為人知。
究竟什麼是基因測序？基因測序在新冠疫情防控工作中能起到什麼樣的作用？它的重要性又體現在哪裡呢？為了更深入地瞭解基因測序工作，讓我們走近基因測序組的隊員，將病毒“解剖”得更細。讓你認識不一樣的新冠病毒、讓你認識不一樣的疾控人。
“我們中心疫情防控檢測組承擔著全省新冠病毒基因測序工作。省內各市、州核酸檢測機構確認陽性且病毒載量較高的樣本，省疾控中心都將進行新冠病毒基因測序工作。透過檢測新冠病毒的全基因組序列，再將這個序列透過演算法與資料庫中的資料進行比對，可以初步判斷該份樣本地域來源。將序列與既往病例序列進行比對，如果序列在同一進化樹分支上，則可以判斷這些病例來自同一傳播鏈或傳染源”。疫情防控檢測組組長、微生物實驗室主任蘭光給我們介紹以上情況的時候也是剛從實驗室出來不久，忙了一下午，還沒顧得上吃飯，打回來的飯菜已經涼透了……
“我們整個溯源流程包括了樣本的準備、文庫的構建、測序和生物資訊學分析等步驟，每個步驟之間都要求工作人員做到無縫銜接”。
“目前實驗室檢測出來的所有陽性標本都會進行全基因組測序，測序工作結束以後，對序列進行分析，然後將它的序列跟最早武漢一些早期病例的序列做一個對比，分析它的突變類別，基本上可以分析出來是哪個型，比如我們最後確定“德爾塔”型就是透過測序分析出來的。病毒基因序列測定完成後，還要馬上進行生物資訊學分析，將病毒序列與資料庫中的序列進行比對，檢視有無變異位點，進行同源性比較。同時也跟其他省的一些病例進行對比分析傳染的來源、途徑，對後期的防控可以起到一定的指導意義。在完成資料比對後，還要及時撰寫溯源報告。現在二代測序的結果最快15小時左右就出資料了。得到的資料我們要繼續做序列的分析，同時把原始資料傳給國家疾控中心，國家疾控中心用這個序列跟近期各省的病例做了一個對比，把分析的結果再反饋給我們。”
李保娣，病原生物實驗室副主任技師，先後獲得“流行季H7N9防控工作先進個人”“甘肅青年五四獎章”“甘肅省衛生健康行業優秀青年人才”等榮譽稱號。在此次新冠肺炎疫情防控中，衝鋒在現場取樣、實驗室檢測、現場技術指導工作的第一線，和戰友們一起通宵達旦，全力以赴地開展新型冠狀病毒的核酸檢測工作，發揮省級疾控中心一錘定音的作用。本次新冠肺炎疫情發生以來，李保娣她們第一時間趕赴嘉峪關支援開展全員核酸檢測工作，在完成25000餘份標本核酸檢測任務後，又接到了基因測序任務，緊急返回蘭州，開始了全省的新冠病毒陽性病例標本的全基因組測序工作。除了全省新冠病例陽性標本的收集整理、二代測序，更重要的是負責所有全基因組序列的拼接、比對、分析、溯源和所有序列資料的報送等。截止11月7日15:30，甘肅省疾控中心基因測序團隊累計完成19批共計115份鼻咽拭子標本的基因測序及拼接分析，獲得108條全基因組序列。
劉小菊，基因測序組的“排頭兵”。別看工齡不長，幹起工作來卻毫不馬虎。在接到任務的第一時間就進入“戰鬥”崗位，做好接受核酸樣本的所有準備工作。當天的凌晨12點，本次疫情的第一份核酸樣本到了，她就和其他的“戰友”們一頭扎進了實驗室，開始測序建庫實驗。不巧的是，就在實驗接近尾聲時機器卻出現了故障……，真讓人慾哭無淚，心急如焚。埋怨、懊惱、甚至憋屈都放在一邊，排查故障才是第一要務，否則後續樣本測序的進度將受到影響。於是，全組隊員行動起來，聯絡工程師，查閱故障手冊，幾經努力，問題最終得以解決，所有隊員臉上露出了欣慰的笑容。而此時，時針已經指向了第二天的9時，又是一個通宵。當談到這段小插曲時，她的興致很高，完全忘記了當時從身體到精神都接近崩潰的狀態。
陪伴基因測序隊員的除了冰冷的機器、枯燥的工作流程還有大量的測序資料。堅強的意志、超強的耐力，崇高的職業使命感是他們堅守的精神支柱。她們的“抗疫戰場”在負壓新冠病毒核酸檢測實驗室，一份份核酸檢測標本，一個個準確無誤的檢測結果是他們“戰疫”的成果。如果說，基因測序這樣高、精、尖的技術對大家來說只是聽聽，你平時只是偶有聽說，但是這次的疫情防控中配合流調組的疫情追蹤溯源卻發揮了他與眾不同的作用。有這樣一個真實的案例：一個確診病例，我們的流調隊員在流調溯源的過程中，發現他的活動軌跡比較複雜，接觸人員也很多，透過首次排摸，他與近5日內的確診病例並不存在時空交集，經過一再的詢問，終究沒有得到有用的線索。正當大家一籌莫展的時候，基因測序的結果出來了，發現這個病例與我省之前報告的某一個確診病例的基因型是高度同源的。透過流調隊員第二輪的排摸和大資料分析，發現該病例與這個確診病例在某地有時空交集，並從患者那裡得到了證實。至此，細節得以重現，傳播鏈條也得以清晰展現，迅速排查這個點潛在的風險，精準鎖定密接人員讓流調組欣喜異常。基因測序為本病例的流行病學調查提供了有力的技術支撐，功不可沒、居功至偉。
若能護你歲月靜好，疾控人甘願負重前行。這真不是一句口號，而正是全體疾控人正在日夜奮鬥的原因。
