1961年8月，巴基斯坦薩果達基地開始接受美國空軍的第一批2架F-104，隨後，巴空軍陸續從美國空軍接受10架F-104A和2架F-104B：它們隸屬美國空軍，交付巴空軍之前沒有安裝機炮，巴空軍堅決要求加裝J-79-11A發動機、火神機炮、AN/ASG-14T1火控系統和新型彈射座椅；巴基斯坦空軍也是全世界第一個獲得F-104的非北約空軍單位；
巴基斯坦空軍高度重視F-104們的到來：它們屬於第9中隊，它們全部是巴空軍的精銳飛行員——由於第9中隊中隊長的努力，它在巴空軍屬於訓練和後勤最優良的戰鬥飛行中隊；很快，第9中隊就敲定了第一個戰果；
F-104的爬升率很快、機動性很差，它只能以突襲方式進行空戰：只要敵機稍微機動，它就不得不改出再次發起攻擊。所以，戰前幾次演習中，巴空軍F-104與亞音速戰鬥機的空戰都以失敗告終；
1965年9月3日，一架F-104在雷達指引下攔截一架印度“蚊納”：星式戰鬥機多次以高速在印度人頭頂掠過，印度人覺得自己遭受多架敵機圍攻，於是，它選擇一個巴基斯坦廢棄機場迫降然後投降；
1965年9月6日，2架F-104在克什米爾地區上空截擊空襲巴軍哨所的印度戰鬥機：當時，4架“神秘4”印度戰鬥轟炸機正在攻擊地面目標，憤怒的F-104立即拋掉副油箱，俯衝而下：阿拉姆.汗駕駛的F-104死死咬住兩架印度戰鬥機，然後發射AIM-9B導彈擊落一架印度戰鬥轟炸機、其餘敵機逃跑——這是巴基斯坦空軍首次採用空空導彈擊落敵機、也是世界上2馬赫戰鬥機首次擊落記錄！
1965年9月7日清晨，巴基斯坦空軍薩果達基地的F-104/86全部起飛應對印度人的空襲：F-104負責外圍、F-86負責機場上空安全。可是，第一批印度戰鬥機卻沒有被它們攔截，直到第二批印度戰鬥機出現才被攔截：把空軍F-86搶先擊落一架印度戰鬥機；接著，印度多批次戰鬥機與巴空軍輪番空戰，巴空軍取得基地保衛戰的勝利，損失了一架F-104A戰鬥機；從此，印度空軍再也不敢在白天空襲薩果達基地了；
第9飛行中隊渴望多殺傷敵人、創造新的擊落記錄，可是，他們發現只要F-104一起飛，印度戰鬥機們就紛紛降落——印度空軍甚至對在10000米高空飛越自己基地的F-104視而不見——也不願意起飛與它較量；F-104在第二次印巴戰爭中牢牢控制了中、高空的制空權；
後來，印度、巴基斯坦簽署了《塔什干停火協議》：1965年9月23日凌晨3點，所有戰鬥結束。巴基斯坦空軍在150：900的絕對劣勢下贏得了勝利——12架星戰士們捍衛國家主權和領土完整，創造了一個奇蹟！
美國空軍則吸取了巴基斯坦空軍的經驗：為所有戰鬥機重新安裝了機炮吊艙或者機炮。
